转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 40 / 164 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001723 Chr03 NC_080389.1:23135180-23135194promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 23133489-23134569(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAGCGGTAGGTGGA
SmilChr01G004961 Chr01 NC_080387.1:67701375-67701389promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 67695315-67697559(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr06G001365 Chr06 NC_080392.1:14257218-14257232promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 14257905-14260772(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGTTAGGTGAA
SmilChr07G002043 Chr07 NC_080393.1:18525213-18525227promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 18525935-18527535(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAAAGGTAGGTGAA
SmilChr03G003741 Chr03 NC_080389.1:56465757-56465771promoter 内 2840-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56460675-56464610(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G004680 Chr07 NC_080393.1:59751220-59751234promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 59749431-59750062(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAAAGTAGGTGGA
SmilChr08G000331 Chr08 NC_080394.1:2313739-2313753promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2311707-2312515(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCCACCG
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37231558-37231572promoter 内 2643-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 37227166-37230214(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58710617-58710631promoter 内 2365-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 58707117-58708995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGTTAGGTGAA
SmilChr02G000446 Chr02 NC_080388.1:5844355-5844369promoter 内 1860-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 5841578-5842228(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGCTGGTAGGTGCA
SmilChr02G003111 Chr02 NC_080388.1:52088784-52088798promoter 内 1741-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 52085105-52086538(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCATTTG
SmilChr03G003742 Chr03 NC_080389.1:56465757-56465771promoter 内 627-641 bp - 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56469131-56472688(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr07G001278 Chr07 NC_080393.1:9848184-9848198promoter 内 554-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9841209-9844751(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACTACCA
SmilChr01G005760 Chr01 NC_080387.1:73705310-73705324promoter 内 460-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 73700573-73701783(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr04G000747 Chr04 NC_080390.1:9172638-9172652promoter 内 344-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9163082-9168995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTATCA
SmilChr01G001226 Chr01 NC_080387.1:24540564-24540578promoter 内 276-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 24534961-24536853(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr02G003797 Chr02 NC_080388.1:59609205-59609219promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59607839-59609133(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGACCTACCAACCT
SmilChr02G003769 Chr02 NC_080388.1:59389254-59389268promoter 内 3911-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59387920-59389178(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGACCTACCAACCT
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54646988-54647002promoter 内 3902-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54645464-54646903(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACACATT
SmilChr05G002288 Chr05 NC_080391.1:24677184-24677198promoter 内 3894-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24664322-24677091(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCTAGGTAGGTAGA
SmilChr06G001474 Chr06 NC_080392.1:15649605-15649619promoter 内 3876-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15645269-15649494(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr06G002965 Chr06 NC_080392.1:42436858-42436872promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42432502-42436727(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr08G001720 Chr08 NC_080394.1:14427525-14427539promoter 内 3804-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14427722-14432121(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCCATTC
SmilChr07G003772 Chr07 NC_080393.1:46161901-46161915promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46149339-46161669(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr05G003756 Chr05 NC_080391.1:50737950-50737964promoter 内 3725-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50723266-50737688(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr02G005502 Chr02 NC_080388.1:75155815-75155829promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75156160-75159521(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr06G003204 Chr06 NC_080392.1:44877884-44877898promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44876099-44877553(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr05G001478 Chr05 NC_080391.1:13556050-13556064promoter 内 3634-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13556417-13563119(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr07G000522 Chr07 NC_080393.1:3650822-3650836promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3651294-3653090(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6533230-6533244promoter 内 3522-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6527470-6532765(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGGTAAA
SmilChr08G002585 Chr08 NC_080394.1:25183215-25183229promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25183708-25187363(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr01G005526 Chr01 NC_080387.1:72131686-72131700promoter 内 3500-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72128404-72131199(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G001981 Chr08 NC_080394.1:17524504-17524518promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17525053-17528898(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTAAGTAGGTGGA
SmilChr07G001712 Chr07 NC_080393.1:14500541-14500555promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14501095-14502625(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGTTAGGTGAA
SmilChr02G002046 Chr02 NC_080388.1:36865028-36865042promoter 内 3382-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36865647-36866610(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCACACC
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71335608-71335622promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTGTGC
SmilChr07G002014 Chr07 NC_080393.1:17968264-17968278promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17965898-17967369(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G002023 Chr07 NC_080393.1:18183010-18183024promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18179962-18182115(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr03G002167 Chr03 NC_080389.1:33714163-33714177promoter 内 3077-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33707549-33713253(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTATA
SmilChr07G000070 Chr07 NC_080393.1:331582-331596promoter 内 3051-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 327790-330646(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACACT
SmilChr04G000032 Chr04 NC_080390.1:322147-322161promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 317204-321104(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACACCAC
SmilChr07G002372 Chr07 NC_080393.1:22023986-22024000promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22025055-22027185(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACATAGGTAGGTGTG
SmilChr07G004668 Chr07 NC_080393.1:59612527-59612541promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59613616-59615456(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCGTTC
SmilChr07G000916 Chr07 NC_080393.1:6552426-6552440promoter 内 2754-2768 bp - 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6548111-6551193(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGGTAAA
SmilChr02G001689 Chr02 NC_080388.1:31139248-31139262promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31133228-31138014(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr05G001053 Chr05 NC_080391.1:8721539-8721553promoter 内 2731-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8718649-8720283(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACACCAC
SmilChr08G001092 Chr08 NC_080394.1:8428030-8428044promoter 内 2708-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8419520-8426751(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGTGGTAGGTGTC
SmilChr04G000678 Chr04 NC_080390.1:7759591-7759605promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 7754387-7758299(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCACAGA
SmilChr03G002130 Chr03 NC_080389.1:33143298-33143312promoter 内 2666-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33144633-33146677(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAATCA
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19041262-19041276promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19037772-19039875(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACACCAC