转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 41 / 162 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002989 Chr02 NC_080388.1:50559265-50559274promoter 内 3057-3066 bp + 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 50553903-50558330(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G000112 Chr06 NC_080392.1:789554-789563promoter 内 2796-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 784343-788358(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G004713 Chr01 NC_080387.1:65284172-65284181promoter 内 2128-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 65278485-65282308(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G002231 Chr05 NC_080391.1:23892015-23892024promoter 内 2100-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 23889222-23890123(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G001732 Chr06 NC_080392.1:19939731-19939740promoter 内 2040-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 19935409-19937779(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G004316 Chr07 NC_080393.1:55713314-55713323promoter 内 1896-1905 bp + 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 55715419-55716357(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G003633 Chr03 NC_080389.1:55005692-55005701promoter 内 1695-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 55007998-55009489(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G000209 Chr07 NC_080393.1:1335260-1335269promoter 内 1663-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 1329631-1332931(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001740 Chr05 NC_080391.1:16827556-16827565promoter 内 525-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 16815950-16824089(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G000077 Chr05 NC_080391.1:396783-396792promoter 内 248-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 390649-393039(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38946977-38946986promoter 内 3984-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 38946994-38947416(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr04G000586 Chr04 NC_080390.1:6515760-6515769promoter 内 3935-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 6515826-6520158(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G001100 Chr07 NC_080393.1:8119531-8119540promoter 内 3869-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8116164-8119408(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G002949 Chr05 NC_080391.1:35542535-35542544promoter 内 3838-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35538087-35542381(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001486 Chr05 NC_080391.1:13624961-13624970promoter 内 3837-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 13620632-13624806(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51227738-51227747promoter 内 3740-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 51223504-51227486(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr03G002523 Chr03 NC_080389.1:40215989-40215998promoter 内 3722-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 40216268-40219071(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G000063 Chr05 NC_080391.1:305401-305410promoter 内 3679-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 305723-310058(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G000433 Chr07 NC_080393.1:3030762-3030771promoter 内 3627-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3028622-3030397(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G001968 Chr05 NC_080391.1:20280258-20280267promoter 内 3626-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20276669-20279892(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr03G000740 Chr03 NC_080389.1:8405032-8405041promoter 内 3620-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8405413-8406971(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G000402 Chr05 NC_080391.1:3038338-3038347promoter 内 3556-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3034937-3037902(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G001245 Chr02 NC_080388.1:22856976-22856985promoter 内 3513-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 22853107-22856497(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G000375 Chr05 NC_080391.1:2823491-2823500promoter 内 3499-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2818645-2822998(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69635512-69635521promoter 内 3496-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 69636017-69645047(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72550878-72550887promoter 内 3467-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 72551412-72553133(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G002521 Chr04 NC_080390.1:40247930-40247939promoter 内 3417-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 40248514-40251244(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G002210 Chr04 NC_080390.1:35768317-35768326promoter 内 3361-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35768957-35769506(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56352210-56352219promoter 内 3357-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 56352854-56354315(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G001341 Chr03 NC_080389.1:15654699-15654708promoter 内 3318-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15649684-15654025(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G001994 Chr04 NC_080390.1:32242126-32242135promoter 内 3295-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32237019-32241429(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G000881 Chr06 NC_080392.1:8376360-8376369promoter 内 3245-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8373926-8375613(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G002846 Chr05 NC_080391.1:33939412-33939421promoter 内 3132-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33940281-33942272(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G004981 Chr02 NC_080388.1:71694773-71694782promoter 内 3126-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 71695648-71700824(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51847740-51847749promoter 内 3112-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 51843357-51846860(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G001737 Chr06 NC_080392.1:20036161-20036170promoter 内 3072-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20033971-20035241(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
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