转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 42 / 123 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003272 Chr04 NC_080390.1:49414820-49414834promoter 内 68-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49408743-49410901(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTTGTGTCGGTGCA
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62605767-62605781promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATATT
SmilChr04G001103 Chr04 NC_080390.1:15792230-15792244promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15785082-15788263(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGAGTCGGTGGA
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5967084-5967098promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 5968798-5987336(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGTCGTCGGTGAT
SmilChr02G005600 Chr02 NC_080388.1:75718541-75718555promoter 内 1832-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 75714527-75716386(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACAACGGC
SmilChr08G004556 Chr08 NC_080394.1:55139733-55139747promoter 内 408-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 55132516-55136154(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAACTCT
SmilChr01G001817 Chr01 NC_080387.1:33102589-33102603promoter 内 3968-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 33099523-33102570(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGATGTCGGTGCA
SmilChr08G000079 Chr08 NC_080394.1:460641-460655promoter 内 2993-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 461649-462395(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGTCGTCGGTGAT
SmilChr04G002313 Chr04 NC_080390.1:37437536-37437550promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 37438913-37443356(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTTCGTCGGTGGT
SmilChr01G004506 Chr01 NC_080387.1:63165791-63165805promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 63167386-63168771(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAACGGA
SmilChr07G001814 Chr07 NC_080393.1:15558670-15558684promoter 内 1572-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 15561099-15568947(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCACCGACGGCGCC
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29879357-29879371promoter 内 1488-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 29881870-29888854(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGAAGCT
SmilChr08G000080 Chr08 NC_080394.1:460641-460655promoter 内 1190-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 463452-466888(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGTCGTCGGTGAT
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57918175-57918189promoter 内 1151-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 57921025-57976435(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACTCCATC
SmilChr04G001965 Chr04 NC_080390.1:31875891-31875905promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 31879097-31880597(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTGGTGACGGTGGT
SmilChr04G002312 Chr04 NC_080390.1:37437536-37437550promoter 内 781-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 37433374-37434330(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGAAGAG
SmilChr05G003381 Chr05 NC_080391.1:44785927-44785941promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44785992-44789009(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCTGCGTCGGTGCA
SmilChr07G000708 Chr07 NC_080393.1:4928365-4928379promoter 内 3506-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4928860-4936188(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATATTGTCGGTGAT
SmilChr08G001894 Chr08 NC_080394.1:16421648-16421662promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16415926-16421052(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGAAGAG
SmilChr08G000072 Chr08 NC_080394.1:421121-421135promoter 内 3278-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 421844-427440(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGTCGTCGGTGAT
SmilChr05G000053 Chr05 NC_080391.1:251468-251482promoter 内 3277-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 252192-253007(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAACATA
SmilChr08G001847 Chr08 NC_080394.1:15836684-15836698promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15837453-15839071(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTGTTGGCGGTGGT
SmilChr07G003908 Chr07 NC_080393.1:49271848-49271862promoter 内 3214-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49267504-49271075(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGTTGGCGGTGGT
SmilChr04G000737 Chr04 NC_080390.1:8842521-8842535promoter 内 3019-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8840391-8841553(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGCTGGCGGTGGT
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71834956-71834970promoter 内 2951-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCCTCT
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76820990-76821004promoter 内 2877-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 76822114-76825762(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCGACGTCGGTGGC
SmilChr02G001636 Chr02 NC_080388.1:30357107-30357121promoter 内 2856-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30358252-30362714(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAATATC
SmilChr02G001658 Chr02 NC_080388.1:30771209-30771223promoter 内 2843-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30772367-30780224(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAATATC
SmilChr03G003337 Chr03 NC_080389.1:51632564-51632578promoter 内 2826-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51633739-51639024(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAGCTAT
SmilChr08G003316 Chr08 NC_080394.1:34398643-34398657promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34391154-34397421(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAGTCGTCGGTGGT
SmilChr04G002329 Chr04 NC_080390.1:37598254-37598268promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 37599631-37604073(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTTCGTCGGTGGT
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042285-59042299promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGCCGACAACATC
SmilChr04G003308 Chr04 NC_080390.1:49817139-49817153promoter 内 2582-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49818558-49827362(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAGTCTC
SmilChr01G000320 Chr01 NC_080387.1:6291598-6291612promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6293026-6293592(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGTACGTCGGTGGC
SmilChr01G000321 Chr01 NC_080387.1:6296682-6296696promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6298110-6298676(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGTACGTCGGTGGC
SmilChr01G002288 Chr01 NC_080387.1:39683714-39683728promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39675208-39682002(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGAAGCT
SmilChr08G004454 Chr08 NC_080394.1:54261397-54261411promoter 内 2109-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54263289-54268094(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGAATGTCGGTGAC
SmilChr06G002504 Chr06 NC_080392.1:35922909-35922923promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 35924942-35925994(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACGGTGGCGGTGGT
SmilChr03G002182 Chr03 NC_080389.1:33897506-33897520promoter 内 1829-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33894567-33895348(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTCTGTCGGTGAT
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33102589-33102603promoter 内 1738-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33100189-33100340(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGATGTCGGTGCA
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20503771-20503785promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20506064-20515359(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATGAG
SmilChr02G002327 Chr02 NC_080388.1:40951163-40951177promoter 内 1684-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40953480-40954485(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACGGCTCC
SmilChr07G003590 Chr07 NC_080393.1:41924088-41924102promoter 内 1254-1268 bp - 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41918258-41921355(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTCTGTCGGTGAT
SmilChr01G004276 Chr01 NC_080387.1:60993460-60993474promoter 内 1240-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60986629-60990713(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATATG
SmilChr01G004507 Chr01 NC_080387.1:63165791-63165805promoter 内 1185-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63168607-63170690(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAACGGA
SmilChr05G000054 Chr05 NC_080391.1:251468-251482promoter 内 1126-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 254343-255586(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAACATA
SmilChr03G004262 Chr03 NC_080389.1:61113981-61113995promoter 内 1111-1125 bp - 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61109432-61111105(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTATTGTCGGTGAC
SmilChr08G003050 Chr08 NC_080394.1:30679181-30679195promoter 内 1101-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30674031-30676295(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGCCATT
SmilChr04G003938 Chr04 NC_080390.1:54997337-54997351promoter 内 821-835 bp + 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55000517-55009781(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGAGATGTCGGTGAA
SmilChr08G001852 Chr08 NC_080394.1:15909129-15909143promoter 内 766-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15912364-15914424(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATTTT