转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 44 / 152 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003077 Chr03 NC_080389.1:47782319-47782333promoter 内 2397-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47783923-47784459(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGTTGTCGGTGCCA
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74063477-74063491promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 74065083-74068284(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATGTGTCGGTGAAA
SmilChr05G001961 Chr05 NC_080391.1:20130211-20130225promoter 内 2371-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 20131841-20134087(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGGCGGTGGAG
SmilChr08G000743 Chr08 NC_080394.1:5502899-5502913promoter 内 2362-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5504538-5508668(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGACACCGACGCCGA
SmilChr05G001971 Chr05 NC_080391.1:20349851-20349865promoter 内 2339-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 20342535-20348203(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGGTGTCGGTGAGC
SmilChr01G000775 Chr01 NC_080387.1:16873980-16873994promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 16869258-16872292(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGACCGTCGGTGGTG
SmilChr05G002304 Chr05 NC_080391.1:24900934-24900948promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24902652-24905557(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGATTGTCGGCGCCG
SmilChr02G001353 Chr02 NC_080388.1:25296214-25296228promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 25292448-25294446(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGTGATG
SmilChr07G003025 Chr07 NC_080393.1:31287700-31287714promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31289731-31300315(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGCACCGACAACGC
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28628018-28628032promoter 内 1938-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28621910-28625969(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTCACCGACAATCA
SmilChr03G001832 Chr03 NC_080389.1:25125401-25125415promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 25095084-25123342(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr08G003728 Chr08 NC_080394.1:42111110-42111124promoter 内 1839-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42105641-42108962(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10784028-10784042promoter 内 1744-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGCCGTCGGTGACG
SmilChr08G003774 Chr08 NC_080394.1:43226664-43226678promoter 内 1709-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43228956-43231760(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTCACCGACAAGTG
SmilChr02G003236 Chr02 NC_080388.1:53633948-53633962promoter 内 1625-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53636324-53638451(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAAGTGTCGGTAGAG
SmilChr03G003075 Chr03 NC_080389.1:47782319-47782333promoter 内 1615-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47777344-47779947(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGCACCGACAACGA
SmilChr08G004140 Chr08 NC_080394.1:50411984-50411998promoter 内 1536-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50414449-50420087(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAAATT
SmilChr07G003611 Chr07 NC_080393.1:42365299-42365313promoter 内 1455-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42360303-42362767(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGTGATG
SmilChr07G003357 Chr07 NC_080393.1:36058794-36058808promoter 内 1423-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36054366-36056230(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr07G003755 Chr07 NC_080393.1:45726577-45726591promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45722805-45723917(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGTCACCGACAGATC
SmilChr01G000229 Chr01 NC_080387.1:4271296-4271310promoter 内 1274-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4268096-4268583(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACTTGTCGGTGAGG
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8454294-8454308promoter 内 1246-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 8457049-8457720(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTCACCGACATGGT
SmilChr08G001468 Chr08 NC_080394.1:11826739-11826753promoter 内 1076-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11829664-11830447(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGTTGTCGGTGTTG
SmilChr05G001252 Chr05 NC_080391.1:10652972-10652986promoter 内 1064-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10645985-10650049(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGAGTGTCGGTTGCG
SmilChr03G001783 Chr03 NC_080389.1:24394135-24394149promoter 内 1059-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24388463-24391207(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr02G003505 Chr02 NC_080388.1:56237632-56237646promoter 内 1043-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56240590-56243338(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGCACCGACACCTC
SmilChr08G003792 Chr08 NC_080394.1:43825409-43825423promoter 内 951-965 bp - 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43828459-43829330(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGTGATG
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70233735-70233749promoter 内 945-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCAACAT
SmilChr08G002590 Chr08 NC_080394.1:25240784-25240798promoter 内 845-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 25234431-25237642(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTCACCGACAATCA
SmilChr08G003773 Chr08 NC_080394.1:43226664-43226678promoter 内 801-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43219104-43223478(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACTTGTCGGTGAGG
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24315424-24315438promoter 内 787-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24318638-24321474(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr07G003559 Chr07 NC_080393.1:41464764-41464778promoter 内 768-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 41467997-41470657(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
SmilChr08G001852 Chr08 NC_080394.1:15909128-15909142promoter 内 765-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15912364-15914424(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATTT
SmilChr06G002203 Chr06 NC_080392.1:30587221-30587235promoter 内 752-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 30590470-30593869(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGGTGTCGGTGAGT
SmilChr04G000941 Chr04 NC_080390.1:12410406-12410420promoter 内 666-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12405617-12407085(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGTGATG
SmilChr08G003723 Chr08 NC_080394.1:41895220-41895234promoter 内 623-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 41898598-41900158(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCTCGCCGACAACGA
SmilChr05G003329 Chr05 NC_080391.1:43682436-43682450promoter 内 621-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43685816-43687626(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACAATAA
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SmilChr01G004052 Chr01 NC_080387.1:58976522-58976536promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 58972292-58972649(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATTTGTCGGTGATG
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