转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 44 / 119 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23832599-23832609promoter 内 906-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 23827198-23829514(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003246 Chr02 NC_080388.1:53727390-53727400promoter 内 898-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 53714224-53724297(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000562 Chr01 NC_080387.1:11670255-11670265promoter 内 838-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 11666755-11667102(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTCG
SmilChr02G003485 Chr02 NC_080388.1:56120339-56120349promoter 内 817-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 56115171-56117165(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTCG
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5827639-5827649promoter 内 785-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 5830855-5833154(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63993589-63993599promoter 内 775-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 63989068-63990373(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001744 Chr02 NC_080388.1:32027407-32027417promoter 内 769-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 32030639-32044341(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G000446 Chr02 NC_080388.1:5845919-5845929promoter 内 300-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 5841578-5842228(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25754154-25754164promoter 内 225-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 25757930-25762497(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004539 Chr01 NC_080387.1:63534193-63534203promoter 内 193-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 63538001-63539758(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004119 Chr01 NC_080387.1:59723450-59723460promoter 内 163-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 59717132-59719622(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481141-32481151promoter 内 154-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 32472307-32477304(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACC
SmilChr01G000811 Chr01 NC_080387.1:17490889-17490899promoter 内 142-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 17485733-17487040(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001149 Chr02 NC_080388.1:20914998-20915008promoter 内 130-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 20918869-20924304(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACC
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8114132-8114142promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 8118031-8119196(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000549 Chr01 NC_080387.1:11410508-11410518promoter 内 100-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 11405391-11406617(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G000796 Chr02 NC_080388.1:13194472-13194482promoter 内 14-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 13189369-13190495(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819836-35819846promoter 内 3945-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36292697-36292707promoter 内 3892-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002663 Chr01 NC_080387.1:44872443-44872453promoter 内 3867-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44870500-44872319(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTCAT
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28834387-28834397promoter 内 3841-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003431 Chr02 NC_080388.1:55546261-55546271promoter 内 3812-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55544934-55546082(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005366 Chr01 NC_080387.1:70882121-70882131promoter 内 3795-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70882327-70885245(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G004120 Chr01 NC_080387.1:59723450-59723460promoter 内 3758-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 59723147-59723217(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74415814-74415824promoter 内 3747-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49890113-49890123promoter 内 3671-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001675 Chr02 NC_080388.1:31002687-31002697promoter 内 3648-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 30999605-31002344(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATAGTCAACT
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54782800-54782810promoter 内 3523-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344187-6344197promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6341401-6343537(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6829706-6829716promoter 内 3333-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:947576-947586promoter 内 3224-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70388213-70388223promoter 内 2869-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16233816-16233826promoter 内 2846-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 16234971-16238879(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000985 Chr02 NC_080388.1:17337915-17337925promoter 内 2584-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 17339332-17339801(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATAGTCAACT
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45778772-45778782promoter 内 2447-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005202 Chr01 NC_080387.1:69696115-69696125promoter 内 2414-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 69693884-69694538(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTG
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