转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 45 / 141 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001494 Chr02 NC_080388.1:27888095-27888109promoter 内 3188-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 27886473-27887296(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCGGTTC
SmilChr02G000509 Chr02 NC_080388.1:7009437-7009451promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 7010483-7028520(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGCTGA
SmilChr06G002285 Chr06 NC_080392.1:32865577-32865591promoter 内 2924-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 32866654-32869639(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACGAAC
SmilChr01G003556 Chr01 NC_080387.1:54189829-54189843promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 54185514-54188115(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTAGAGA
SmilChr01G005991 Chr01 NC_080387.1:75519971-75519985promoter 内 2003-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 75515833-75517987(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGCAGC
SmilChr08G001935 Chr08 NC_080394.1:16986046-16986060promoter 内 1958-1972 bp - 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 16988089-16989165(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53462285-53462299promoter 内 1869-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 53457578-53460167(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGAACT
SmilChr08G002283 Chr08 NC_080394.1:21243406-21243420promoter 内 1773-1787 bp - 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 21240295-21241192(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCTGTCGGTGCAGT
SmilChr08G003394 Chr08 NC_080394.1:35759064-35759078promoter 内 1569-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 35761496-35771745(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGGCGGTGGAGG
SmilChr08G000899 Chr08 NC_080394.1:6666140-6666154promoter 内 1406-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 6668735-6672694(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTCACCGACGCCA
SmilChr08G002481 Chr08 NC_080394.1:23722746-23722760promoter 内 1185-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 23714627-23719944(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATCACCGACGCCG
SmilChr07G003999 Chr07 NC_080393.1:51062363-51062377promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 51055482-51059023(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTGTCGGTGGTCA
SmilChr01G001617 Chr01 NC_080387.1:30290630-30290644promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 30283607-30286909(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAATGTCGGTGGACT
SmilChr02G004807 Chr02 NC_080388.1:70244047-70244061promoter 内 240-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70236589-70240300(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCGGTTC
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71646302-71646316promoter 内 146-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 71650157-71655342(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGTCGGCGGTTG
SmilChr04G002725 Chr04 NC_080390.1:42863485-42863499promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42853277-42859518(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACGCCGACAAAG
SmilChr05G001206 Chr05 NC_080391.1:10147448-10147462promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10147548-10149327(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTATGTCGGTGGAAT
SmilChr04G003912 Chr04 NC_080390.1:54848575-54848589promoter 内 3872-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54848704-54850082(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGCCACCGACGTCA
SmilChr08G001287 Chr08 NC_080394.1:10256435-10256449promoter 内 3778-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10256658-10269334(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTGCCTC
SmilChr05G003034 Chr05 NC_080391.1:38019451-38019465promoter 内 3533-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 38019919-38020756(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAAGCACCGACGCCA
SmilChr01G001267 Chr01 NC_080387.1:25354234-25354248promoter 内 3532-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25352681-25353779(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAAGCACCGACGCCA
SmilChr02G003745 Chr02 NC_080388.1:59101933-59101947promoter 内 3532-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59100565-59101478(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAAGCACCGACGCCA
SmilChr08G001491 Chr08 NC_080394.1:12028761-12028775promoter 内 3511-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12025150-12028285(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGACGGTGGAGG
SmilChr06G001097 Chr06 NC_080392.1:10976778-10976792promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10977281-10980415(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr07G001882 Chr07 NC_080393.1:16271767-16271781promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16268827-16271257(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACTCCA
SmilChr07G003841 Chr07 NC_080393.1:47572899-47572913promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47571268-47572337(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAATCACCGACACTT
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45131191-45131205promoter 内 3377-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr03G000953 Chr03 NC_080389.1:10786209-10786223promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10782182-10785501(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGTCGGCGGTTG
SmilChr03G001743 Chr03 NC_080389.1:23518098-23518112promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 23515333-23517277(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGGCGCCGACAAGT
SmilChr08G003192 Chr08 NC_080394.1:32723426-32723440promoter 内 3150-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32724277-32726711(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2624921-2624935promoter 内 3135-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2625787-2628468(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr08G002813 Chr08 NC_080394.1:27978577-27978591promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 27979471-27984324(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGCCAGCG
SmilChr08G003155 Chr08 NC_080394.1:32056293-32056307promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32053754-32055371(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGCGACAA
SmilChr04G001444 Chr04 NC_080390.1:23735948-23735962promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 23731533-23735024(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCGCCG
SmilChr07G001368 Chr07 NC_080393.1:10608861-10608875promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10609839-10612787(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTGTCGGCGTTGG
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44655621-44655635promoter 内 2974-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCACCGACGTAA
SmilChr03G003864 Chr03 NC_080389.1:57707811-57707825promoter 内 2960-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57706714-57706784(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCGTCGGTGTCGA
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