转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 48 / 128 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003497 Chr07 NC_080393.1:39619783-39619797promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 39618470-39619375(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGCCACCGCTG
SmilChr08G003351 Chr08 NC_080394.1:34928549-34928563promoter 内 3460-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 34929090-34931039(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGCCACCGCTG
SmilChr02G001457 Chr02 NC_080388.1:27267135-27267149promoter 内 3329-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 27267807-27269888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr08G003156 Chr08 NC_080394.1:32073933-32073947promoter 内 2578-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 32062811-32072524(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGTCG
SmilChr01G003804 Chr01 NC_080387.1:56427703-56427717promoter 内 2342-2356 bp - 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 56422122-56426058(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTTCACCGCCT
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28453872-28453886promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 28450022-28452203(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGCGG
SmilChr04G000574 Chr04 NC_080390.1:6407111-6407125promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6409695-6411980(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGACG
SmilChr02G001458 Chr02 NC_080388.1:27267135-27267149promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 27269857-27271157(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr01G004438 Chr01 NC_080387.1:62470775-62470789promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 62466956-62467926(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCACCT
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6407111-6407125promoter 内 890-904 bp - 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6399138-6404014(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCACCACCGCCA
SmilChr04G001178 Chr04 NC_080390.1:17841552-17841566promoter 内 472-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 17836516-17838037(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGTGG
SmilChr07G002490 Chr07 NC_080393.1:23573149-23573163promoter 内 3973-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23573177-23581153(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGT
SmilChr08G002467 Chr08 NC_080394.1:23545312-23545326promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23545435-23550456(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGCCACCGCCG
SmilChr01G003805 Chr01 NC_080387.1:56427703-56427717promoter 内 3625-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56428079-56443511(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGAAGGCGG
SmilChr03G000776 Chr03 NC_080389.1:8843858-8843872promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8840478-8843244(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGGTGG
SmilChr04G000159 Chr04 NC_080390.1:1383625-1383639promoter 内 3318-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1384308-1388081(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTTCGCCACCGCCG
SmilChr07G003582 Chr07 NC_080393.1:41860162-41860176promoter 内 3285-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41858341-41859460(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCGGC
SmilChr02G004933 Chr02 NC_080388.1:71313211-71313225promoter 内 3168-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71314044-71314942(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTTCACCGCCT
SmilChr03G004370 Chr03 NC_080389.1:61905453-61905467promoter 内 3129-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61906325-61910753(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCCAG
SmilChr04G001165 Chr04 NC_080390.1:17369815-17369829promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17370699-17373631(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGTGG
SmilChr03G004403 Chr03 NC_080389.1:62212371-62212385promoter 内 3037-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62213335-62217661(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCCAG
SmilChr03G001758 Chr03 NC_080389.1:23936865-23936879promoter 内 2944-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23931409-23935822(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCG
SmilChr07G001906 Chr07 NC_080393.1:16475004-16475018promoter 内 2597-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16464338-16473614(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCGCCACCGCCA
SmilChr04G002545 Chr04 NC_080390.1:40756826-40756840promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40749301-40755428(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTGC
SmilChr04G002396 Chr04 NC_080390.1:38475517-38475531promoter 内 2572-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38476946-38483560(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGCCACCGCCG
SmilChr08G003008 Chr08 NC_080394.1:30178054-30178068promoter 内 2475-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30179580-30180604(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGCCACCGCTG
SmilChr05G004102 Chr05 NC_080391.1:54879745-54879759promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54875827-54878205(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGCAG
SmilChr07G002998 Chr07 NC_080393.1:30704403-30704417promoter 内 2406-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30705998-30709296(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGGCTCCACCGCCG
SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22370275-22370289promoter 内 2362-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22367109-22368650(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCAACCACCGCCA
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1383625-1383639promoter 内 2347-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGAAGC
SmilChr04G001378 Chr04 NC_080390.1:22370275-22370289promoter 内 2070-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22372206-22374247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGAGG
SmilChr07G002489 Chr07 NC_080393.1:23573149-23573163promoter 内 2056-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23566624-23571218(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCACCACCGCCT
SmilChr01G005482 Chr01 NC_080387.1:71785749-71785763promoter 内 1988-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71787762-71790309(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGT
SmilChr01G002284 Chr01 NC_080387.1:39629354-39629368promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39631410-39633211(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCCGCCACCGCCA
SmilChr07G002030 Chr07 NC_080393.1:18339665-18339679promoter 内 1905-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18341761-18345562(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCAACCACCGCCA
SmilChr08G001997 Chr08 NC_080394.1:17723167-17723181promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17715238-17721032(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCACCT
SmilChr04G002553 Chr04 NC_080390.1:40833556-40833570promoter 内 1714-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40830663-40831283(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGCCACCGCTG
SmilChr06G002054 Chr06 NC_080392.1:27073276-27073290promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27069676-27070977(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGAGGCGG
SmilChr03G003208 Chr03 NC_080389.1:49657076-49657090promoter 内 1666-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 49659411-49662370(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCGCCACCGCCA
SmilChr04G001555 Chr04 NC_080390.1:25742960-25742974promoter 内 1544-1558 bp - 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 25739893-25740517(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTCTCCACCGCCA
SmilChr06G003232 Chr06 NC_080392.1:45042613-45042627promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45045145-45046190(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGACG
SmilChr06G000845 Chr06 NC_080392.1:7991770-7991784promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7985661-7989188(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGT
SmilChr07G000694 Chr07 NC_080393.1:4754383-4754397promoter 内 1365-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4757019-4766167(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACTGCCACCGCCG
SmilChr06G000261 Chr06 NC_080392.1:1746338-1746352promoter 内 1359-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1731682-1743710(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGGG
SmilChr04G001119 Chr04 NC_080390.1:16207710-16207724promoter 内 1294-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16202153-16205017(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGTGG
SmilChr08G003007 Chr08 NC_080394.1:30178054-30178068promoter 内 1041-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30170168-30175108(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGTCG
SmilChr04G001376 Chr04 NC_080390.1:22370275-22370289promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22365800-22367024(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCAACCACCGCCA
SmilChr05G003927 Chr05 NC_080391.1:53029495-53029509promoter 内 728-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53023156-53026236(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGCCACCGCCC
SmilChr07G001907 Chr07 NC_080393.1:16475004-16475018promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16478397-16483711(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCGGC
SmilChr01G000949 Chr01 NC_080387.1:20119098-20119112promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 20107984-20115646(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCCGCCACCGCCG