转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 5 / 140 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002502 Chr03 NC_080389.1:39860762-39860776promoter 内 1042-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39863721-39864215(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTACTTTTA
SmilChr02G003760 Chr02 NC_080388.1:59293276-59293290promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 59263956-59289989(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCGAGTTAGGTGACC
SmilChr01G001408 Chr01 NC_080387.1:27680091-27680105promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 27673850-27676311(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGAGTTAGGTGAGA
SmilChr03G000914 Chr03 NC_080389.1:10457563-10457577promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 10461479-10467262(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGAAGTAGGTGAAC
SmilChr01G001274 Chr01 NC_080387.1:25425602-25425616promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 25429575-25430228(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATTTTA
SmilChr01G005730 Chr01 NC_080387.1:73437294-73437308promoter 内 810-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 73440485-73444604(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTACTTATT
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56655657-56655671promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 56655992-56661823(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAAGTAGGTGAGA
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76396551-76396565promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 76397126-76481394(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACTTTTT
SmilChr01G005498 Chr01 NC_080387.1:71878356-71878370promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 71879521-71881653(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATTATT
SmilChr03G002850 Chr03 NC_080389.1:45090993-45091007promoter 内 2423-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 45092571-45093170(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAAGTAGGTGAGA
SmilChr02G000283 Chr02 NC_080388.1:3626776-3626790promoter 内 3858-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 3621862-3626647(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr03G003657 Chr03 NC_080389.1:55405164-55405178promoter 内 3546-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55402730-55404723(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGAAG
SmilChr02G001116 Chr02 NC_080388.1:20118260-20118274promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 20114751-20117301(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAAGTAGGTGAGA
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73882664-73882678promoter 内 2784-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 73883881-73885272(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr03G002011 Chr03 NC_080389.1:30049182-30049196promoter 内 2187-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30046483-30047382(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCTCAG
SmilChr03G003894 Chr03 NC_080389.1:58044471-58044485promoter 内 1585-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 58046887-58050554(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACCTTAA
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65105410-65105424promoter 内 673-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 65099193-65102096(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr01G005515 Chr01 NC_080387.1:71980627-71980641promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71975466-71980582(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAACTCAT
SmilChr03G002491 Chr03 NC_080389.1:39673970-39673984promoter 内 3928-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 39670770-39673911(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAAGTAGGTGAAT
SmilChr02G002175 Chr02 NC_080388.1:38974917-38974931promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38975006-38978265(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAAGTAGGTGAAT
SmilChr01G005591 Chr01 NC_080387.1:72564646-72564660promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72563606-72564507(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr01G005982 Chr01 NC_080387.1:75476349-75476363promoter 内 3558-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75473032-75475920(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr03G002985 Chr03 NC_080389.1:46673124-46673138promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46673673-46681349(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAGTTAGGTGACA
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65418860-65418874promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr01G001056 Chr01 NC_080387.1:21896009-21896023promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 21896945-21899951(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTCACCTAACTTTG
SmilChr02G005300 Chr02 NC_080388.1:73955517-73955531promoter 内 2291-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73951277-73953821(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAATTTTA
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55560128-55560142promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55553418-55558394(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAGTGTTAGGTGGAC
SmilChr01G005983 Chr01 NC_080387.1:75476349-75476363promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75478347-75479513(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAAGTAGGTGAGA
SmilChr02G002390 Chr02 NC_080388.1:41823513-41823527promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 41820147-41821513(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCACCTAATATTT
SmilChr01G004613 Chr01 NC_080387.1:64091007-64091021promoter 内 1664-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64086966-64088684(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAGTTAGGTGAGG
SmilChr01G005590 Chr01 NC_080387.1:72564646-72564660promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72558686-72562304(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTTTAT
SmilChr02G004449 Chr02 NC_080388.1:66848337-66848351promoter 内 1481-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66850857-66852409(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAAGTAGGTGAGA
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55405164-55405178promoter 内 564-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGAAG
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46352030-46352044promoter 内 3799-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 46347565-46351842(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAATTAGA
SmilChr01G005415 Chr01 NC_080387.1:71373414-71373428promoter 内 2044-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 71369824-71371471(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGGAAGTAGGTGAGG
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SmilChr02G005075 Chr02 NC_080388.1:72398999-72399013promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 72390349-72395222(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTAGTTAGGTGAGG
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SmilChr02G003368 Chr02 NC_080388.1:54812695-54812709promoter 内 1470-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 54804853-54810178(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACAAGTTAGGTGAAT