转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 54 / 128 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001769 Chr07 NC_080393.1:14987848-14987862promoter 内 3840-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 14988009-14988350(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCGCCACCGCCT
SmilChr07G003788 Chr07 NC_080393.1:46539925-46539939promoter 内 3807-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 46540119-46540709(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCACCA
SmilChr06G002535 Chr06 NC_080392.1:36383740-36383754promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 36384149-36387621(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCATGG
SmilChr08G003402 Chr08 NC_080394.1:35878233-35878247promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35878661-35880653(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGCGGAGGTGG
SmilChr03G002763 Chr03 NC_080389.1:43937593-43937607promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43938625-43942850(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGGAG
SmilChr07G001768 Chr07 NC_080393.1:14982387-14982401promoter 内 2712-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 14983676-14986209(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCTG
SmilChr03G001501 Chr03 NC_080389.1:18357197-18357211promoter 内 2580-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 18355401-18355790(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGTCG
SmilChr07G004312 Chr07 NC_080393.1:55689607-55689621promoter 内 2286-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55686193-55687906(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCC
SmilChr03G001438 Chr03 NC_080389.1:17068993-17069007promoter 内 2202-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17070792-17073998(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGAGC
SmilChr05G004350 Chr05 NC_080391.1:57107246-57107260promoter 内 1699-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 57109548-57113079(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCCTCCACCGCCG
SmilChr07G003840 Chr07 NC_080393.1:47560064-47560078promoter 内 1451-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47554361-47557528(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCAGCCACCGCCG
SmilChr02G001081 Chr02 NC_080388.1:19345893-19345907promoter 内 1292-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 19348602-19354614(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGCCG
SmilChr05G000193 Chr05 NC_080391.1:1595972-1595986promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 1547844-1592809(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACGGTGGAGGCGG
SmilChr07G000641 Chr07 NC_080393.1:4322083-4322097promoter 内 821-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4316350-4318917(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCCC
SmilChr02G005331 Chr02 NC_080388.1:74148671-74148685promoter 内 737-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 74151935-74153381(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCACCA
SmilChr06G002534 Chr06 NC_080392.1:36383740-36383754promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 36378911-36380193(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATGGCCACCGCCA
SmilChr03G004350 Chr03 NC_080389.1:61760270-61760284promoter 内 83-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 61754823-61756366(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCCC
SmilChr04G002069 Chr04 NC_080390.1:33445805-33445819promoter 内 3885-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33445921-33446564(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGACG
SmilChr06G000033 Chr06 NC_080392.1:312660-312674promoter 内 3742-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 309200-312415(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGGC
SmilChr03G003748 Chr03 NC_080389.1:56540227-56540241promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56540684-56545784(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCATGG
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28774473-28774487promoter 内 3381-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28775093-28778230(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGGTG
SmilChr01G001583 Chr01 NC_080387.1:29848234-29848248promoter 内 3344-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29846602-29847591(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACGCCACCGCCG
SmilChr04G001538 Chr04 NC_080390.1:25296162-25296176promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 25292844-25295415(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGGA
SmilChr03G001574 Chr03 NC_080389.1:19868252-19868266promoter 内 2988-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19869265-19870366(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTTGCCACCGCCA
SmilChr02G005129 Chr02 NC_080388.1:72760174-72760188promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72761263-72763967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGC
SmilChr07G000249 Chr07 NC_080393.1:1596051-1596065promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1591471-1594950(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGACG
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15678343-15678357promoter 内 2882-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15674776-15677238(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTGCCACCGCCA
SmilChr02G000593 Chr02 NC_080388.1:8492339-8492353promoter 内 2862-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8493478-8565262(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACAGCCACCGCCA
SmilChr03G002180 Chr03 NC_080389.1:33888146-33888160promoter 内 2759-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33889388-33890394(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGCGGAGGTGG
SmilChr02G000621 Chr02 NC_080388.1:9176225-9176239promoter 内 2645-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9172242-9174883(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACGGCCACCGCCA
SmilChr01G005823 Chr01 NC_080387.1:74237138-74237152promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74231108-74235759(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr07G000251 Chr07 NC_080393.1:1596051-1596065promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1597444-1598162(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCACCACCGCCT
SmilChr06G000612 Chr06 NC_080392.1:5282438-5282452promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5280207-5281040(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGGCG
SmilChr04G001054 Chr04 NC_080390.1:15009211-15009225promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15001703-15007729(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACGGCCACCGCCA
SmilChr07G004070 Chr07 NC_080393.1:52046342-52046356promoter 内 2052-2066 bp + 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52048291-52052143(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCGCGCCACCGCCT
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29879827-29879841promoter 内 1958-1972 bp - 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29881870-29888854(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGTTG
SmilChr07G000255 Chr07 NC_080393.1:1622102-1622116promoter 内 1935-1949 bp - 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1624168-1628047(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGACG
SmilChr03G001573 Chr03 NC_080389.1:19868252-19868266promoter 内 1898-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19863081-19866163(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr04G001437 Chr04 NC_080390.1:23456736-23456750promoter 内 1748-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23450394-23454497(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACGCCACCGCCG
SmilChr01G000914 Chr01 NC_080387.1:19349909-19349923promoter 内 1740-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19352170-19354858(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGC
SmilChr05G002255 Chr05 NC_080391.1:24229068-24229082promoter 内 1601-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24231468-24243803(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCTCCACCGTCT
SmilChr03G004596 Chr03 NC_080389.1:63780691-63780705promoter 内 1436-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63776620-63778140(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACGGCCACCGCCA
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33888146-33888160promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33890790-33894444(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGCGGAGGTGG
SmilChr05G003459 Chr05 NC_080391.1:46009150-46009164promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46006346-46006417(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGGA
SmilChr08G003594 Chr08 NC_080394.1:38839073-38839087promoter 内 1187-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38834893-38836273(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCTTCCACCGCCA
SmilChr07G000323 Chr07 NC_080393.1:2166669-2166683promoter 内 1015-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2169655-2173576(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGGGT
SmilChr03G001787 Chr03 NC_080389.1:24424074-24424088promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24420571-24421083(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCC
SmilChr04G000784 Chr04 NC_080390.1:9646763-9646777promoter 内 989-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9649775-9652324(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTTGC
SmilChr06G000035 Chr06 NC_080392.1:312660-312674promoter 内 950-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 315711-319008(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCGCCACCGCCT
SmilChr01G005824 Chr01 NC_080387.1:74237138-74237152promoter 内 932-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74240207-74241430(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTTGCCACCGCCA