转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 55 / 134 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002646 Chr08 NC_080394.1:25932515-25932529promoter 内 936-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25935580-25936688(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTCGCCGACACAC
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834380-9834394promoter 内 906-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr08G000899 Chr08 NC_080394.1:6665577-6665591promoter 内 843-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6668735-6672694(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCCATGT
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56392417-56392431promoter 内 839-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCGTGCCGACGTCC
SmilChr05G002075 Chr05 NC_080391.1:21688620-21688634promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21676812-21685457(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTATGGT
SmilChr05G002202 Chr05 NC_080391.1:23474632-23474646promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23470965-23471387(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGACCGACATAC
SmilChr07G002962 Chr07 NC_080393.1:30099230-30099244promoter 内 735-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30102496-30103729(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr05G003565 Chr05 NC_080391.1:47592534-47592548promoter 内 717-731 bp + 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47595818-47596880(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTTGCCGACAACT
SmilChr04G003237 Chr04 NC_080390.1:49176054-49176068promoter 内 695-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49171621-49172762(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGAAGCCGACATAG
SmilChr07G001893 Chr07 NC_080393.1:16350606-16350620promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16346138-16347253(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTTGCCGACGTGG
SmilChr06G000849 Chr06 NC_080392.1:8045046-8045060promoter 内 613-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8036458-8041672(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGGTGT
SmilChr03G004585 Chr03 NC_080389.1:63696759-63696773promoter 内 609-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63700151-63704020(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTTACCGACATTT
SmilChr04G002507 Chr04 NC_080390.1:40056037-40056051promoter 内 574-588 bp - 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40059464-40064097(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACGTCGGCAAATT
SmilChr02G003339 Chr02 NC_080388.1:54602393-54602407promoter 内 568-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54605826-54606361(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTTGCCGACAACG
SmilChr02G001292 Chr02 NC_080388.1:23749166-23749180promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23739913-23745731(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCGTGCCGACGTCC
SmilChr07G004730 Chr07 NC_080393.1:60181518-60181532promoter 内 552-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60184967-60188167(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr07G004604 Chr07 NC_080393.1:58843843-58843857promoter 内 533-547 bp + 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58847311-58847955(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGACCGACATGA
SmilChr05G003576 Chr05 NC_080391.1:47763582-47763596promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47759116-47760063(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAGAGCCGACATCT
SmilChr03G003800 Chr03 NC_080389.1:57079974-57079988promoter 内 455-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57060998-57076442(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr07G000840 Chr07 NC_080393.1:5977240-5977254promoter 内 448-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5980793-5985184(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTGTCGGCCGCGG
SmilChr05G000077 Chr05 NC_080391.1:396601-396615promoter 内 425-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 390649-393039(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCTGGAT
SmilChr06G003180 Chr06 NC_080392.1:44720040-44720054promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44723624-44728750(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTACTACCGACATTG
SmilChr04G001188 Chr04 NC_080390.1:18133922-18133936promoter 内 360-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18137563-18138114(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTTACCGACATGT
SmilChr05G003099 Chr05 NC_080391.1:39404314-39404328promoter 内 299-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39400258-39400626(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTTGTCGGCGGTTG
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46337292-46337306promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46341231-46342816(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTCAATC
SmilChr02G003836 Chr02 NC_080388.1:60040863-60040877promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 60042154-60043220(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACGTCGGCAACAA
SmilChr08G004156 Chr08 NC_080394.1:50731830-50731844promoter 内 3517-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 50732314-50734161(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr06G001630 Chr06 NC_080392.1:18243706-18243720promoter 内 3285-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 18244422-18245951(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGTCGACATCG
SmilChr01G004695 Chr01 NC_080387.1:65016033-65016047promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 65009907-65015322(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCGAGTG
SmilChr05G000072 Chr05 NC_080391.1:364278-364292promoter 内 3223-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 362702-363514(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCTGATT
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53976213-53976227promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53976999-53978814(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17421023-17421037promoter 内 2386-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17418789-17419422(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCAATCA
SmilChr03G004566 Chr03 NC_080389.1:63588478-63588492promoter 内 1703-1717 bp + 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 63584986-63586194(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCATCGT
SmilChr08G000286 Chr08 NC_080394.1:1955726-1955740promoter 内 1440-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 1947392-1953179(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTAGGCCGACATGC
SmilChr06G001534 Chr06 NC_080392.1:16568127-16568141promoter 内 674-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 16561197-16564814(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACGTCGGCAACCA
SmilChr03G001922 Chr03 NC_080389.1:26945051-26945065promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 26939335-26941340(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
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