转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 55 / 161 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004821 Chr01 NC_080387.1:66394919-66394930promoter 内 2738-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66396182-66396252(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G001151 Chr05 NC_080391.1:9672285-9672296promoter 内 2736-2747 bp + 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9673550-9676167(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr02G000918 Chr02 NC_080388.1:15897598-15897609promoter 内 2646-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15898953-15902329(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr03G000845 Chr03 NC_080389.1:9650873-9650884promoter 内 2585-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9637415-9649468(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G001691 Chr05 NC_080391.1:16061472-16061483promoter 内 2515-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16062958-16063713(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr02G001420 Chr02 NC_080388.1:26821332-26821343promoter 内 2513-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26818107-26819855(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr05G003874 Chr05 NC_080391.1:52333683-52333694promoter 内 2444-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52335240-52337644(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr05G001150 Chr05 NC_080391.1:9672285-9672296promoter 内 2440-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9669454-9670735(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr01G002342 Chr01 NC_080387.1:40578895-40578906promoter 内 2425-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40574844-40577330(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr07G000417 Chr07 NC_080393.1:2881972-2881983promoter 内 2353-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2877742-2880335(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr07G003848 Chr07 NC_080393.1:47727496-47727507promoter 内 2346-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47725130-47725852(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr04G002349 Chr04 NC_080390.1:37920750-37920761promoter 内 2337-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37922414-37923323(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr05G000438 Chr05 NC_080391.1:3321275-3321286promoter 内 2303-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3317114-3319588(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G002432 Chr05 NC_080391.1:26815416-26815427promoter 内 2264-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26817153-26822829(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr01G000243 Chr01 NC_080387.1:4516463-4516474promoter 内 2207-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4511199-4514680(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr04G002404 Chr04 NC_080390.1:38574932-38574943promoter 内 2199-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38576734-38627026(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G002047 Chr05 NC_080391.1:21286886-21286897promoter 内 2127-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21288760-21292660(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr01G002341 Chr01 NC_080387.1:40578895-40578906promoter 内 2116-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40574844-40577021(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39776788-39776799promoter 内 2075-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G002814 Chr05 NC_080391.1:33109784-33109795promoter 内 2072-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33111713-33119176(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr05G000374 Chr05 NC_080391.1:2807514-2807525promoter 内 2025-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2802627-2805549(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46843980-46843991promoter 内 2002-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46845979-46850611(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr05G004178 Chr05 NC_080391.1:55704179-55704190promoter 内 1986-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55698819-55702175(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr08G000184 Chr08 NC_080394.1:1248375-1248386promoter 内 1977-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1250399-1252248(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr07G001749 Chr07 NC_080393.1:14822063-14822074promoter 内 1953-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14824111-14825656(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr01G004334 Chr01 NC_080387.1:61467521-61467532promoter 内 1896-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 61469626-61470144(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr05G002431 Chr05 NC_080391.1:26815416-26815427promoter 内 1848-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26812552-26813274(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr03G002539 Chr03 NC_080389.1:40547061-40547072promoter 内 1842-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40549220-40551276(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15897598-15897609promoter 内 1832-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15893831-15895440(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr02G005283 Chr02 NC_080388.1:73870378-73870389promoter 内 1705-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73866389-73868093(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr07G002135 Chr07 NC_080393.1:19499502-19499513promoter 内 1667-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19501836-19506665(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr06G001216 Chr06 NC_080392.1:12508633-12508644promoter 内 1627-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12511007-12517088(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr02G004751 Chr02 NC_080388.1:69700229-69700240promoter 内 1581-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 69702649-69704762(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
SmilChr07G002593 Chr07 NC_080393.1:24933428-24933439promoter 内 1573-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24927043-24931011(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49892232-49892243promoter 内 1551-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTGT
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1870947-1870958promoter 内 1458-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1873490-1874531(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAA
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