转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 56 / 171 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001324 Chr03 NC_080389.1:15490284-15490300promoter 内 2336-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15491949-15495918(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G002210 Chr07 NC_080393.1:20363441-20363457promoter 内 2328-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20365114-20367558(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr08G004203 Chr08 NC_080394.1:51391535-51391551promoter 内 2247-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51386467-51389797(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTCTTTCAG
SmilChr05G000366 Chr05 NC_080391.1:2717459-2717475promoter 内 2233-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2719227-2721484(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCTTCAA
SmilChr02G005300 Chr02 NC_080388.1:73955580-73955596promoter 内 2226-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73951277-73953821(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAAATGACAAAAAA
SmilChr04G003252 Chr04 NC_080390.1:49266121-49266137promoter 内 2141-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49262437-49264277(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr04G003581 Chr04 NC_080390.1:52219811-52219827promoter 内 2071-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52221741-52225468(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAAAATGACAAAAAA
SmilChr04G003119 Chr04 NC_080390.1:47754862-47754878promoter 内 2042-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47756821-47758790(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATAAAGACAAAATA
SmilChr06G001410 Chr06 NC_080392.1:14796343-14796359promoter 内 1973-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14791516-14794331(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTGTTAGTT
SmilChr04G003614 Chr04 NC_080390.1:52627623-52627639promoter 内 1959-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52629665-52631180(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTGGG
SmilChr01G003385 Chr01 NC_080387.1:52529132-52529148promoter 内 1869-1885 bp + 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52531264-52532222(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAAAATGACAAAAAA
SmilChr02G002870 Chr02 NC_080388.1:48891402-48891418promoter 内 1824-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48887838-48889241(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGTTATTAT
SmilChr05G000766 Chr05 NC_080391.1:5944970-5944986promoter 内 1820-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5941328-5942805(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr01G004963 Chr01 NC_080387.1:67710988-67711004promoter 内 1803-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67706278-67708806(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCTTCTTTTT
SmilChr02G000058 Chr02 NC_080388.1:748305-748321promoter 内 1764-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 750542-752749(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTTC
SmilChr07G003910 Chr07 NC_080393.1:49300862-49300878promoter 内 1755-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49303108-49304703(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTTAAATA
SmilChr05G001262 Chr05 NC_080391.1:10756727-10756743promoter 内 1745-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10758983-10762043(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGGA
SmilChr04G001228 Chr04 NC_080390.1:19288138-19288154promoter 内 1653-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 19290486-19296661(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTTTGCTT
SmilChr05G000846 Chr05 NC_080391.1:6680474-6680490promoter 内 1650-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6682825-6684999(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTTTTAGAT
SmilChr03G000448 Chr03 NC_080389.1:4794343-4794359promoter 内 1644-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4796700-4797674(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G004700 Chr07 NC_080393.1:59902449-59902465promoter 内 1605-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59898530-59900069(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTCGAA
SmilChr03G002176 Chr03 NC_080389.1:33821676-33821692promoter 内 1561-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33815935-33819252(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CACGATAAGACAAAACC
SmilChr08G002729 Chr08 NC_080394.1:26928098-26928114promoter 内 1525-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26930574-26935533(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTATTTTA
SmilChr07G000998 Chr07 NC_080393.1:7254266-7254282promoter 内 1505-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7256762-7262435(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTTC
SmilChr07G004683 Chr07 NC_080393.1:59797655-59797671promoter 内 1452-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59793264-59795122(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTTGCTT
SmilChr04G003988 Chr04 NC_080390.1:55304654-55304670promoter 内 1375-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55297809-55302044(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTATTGGT
SmilChr04G003990 Chr04 NC_080390.1:55304654-55304670promoter 内 1344-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55307311-55310815(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAATAAGACAAAATA
SmilChr08G001776 Chr08 NC_080394.1:14982502-14982518promoter 内 1331-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14978293-14979848(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGGA
SmilChr07G002464 Chr07 NC_080393.1:23173765-23173781promoter 内 1294-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23170172-23171074(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACGAAAATGACAAAAAT
SmilChr03G003516 Chr03 NC_080389.1:53752933-53752949promoter 内 1288-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53755646-53756038(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr02G004587 Chr02 NC_080388.1:68349511-68349527promoter 内 1251-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68352261-68355449(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGAAACACGACAAAATG
SmilChr07G003583 Chr07 NC_080393.1:41871811-41871827promoter 内 1221-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41866980-41869047(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCTTCAA
SmilChr02G000164 Chr02 NC_080388.1:2135594-2135610promoter 内 1217-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2130772-2132826(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTTC
SmilChr06G000782 Chr06 NC_080392.1:7325848-7325864promoter 内 1213-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7320730-7323076(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGAATCAGACAAAACA
SmilChr07G002889 Chr07 NC_080393.1:29186945-29186961promoter 内 1147-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29178772-29184107(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTCATTCG
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