转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 56 / 133 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004248 Chr02 NC_080388.1:64669450-64669464promoter 内 1636-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64661246-64667099(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAAGCTTATCCGGA
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38108208-38108222promoter 内 1519-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACTTCTTATCCCTA
SmilChr01G005828 Chr01 NC_080387.1:74275225-74275239promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74277791-74324746(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr03G001175 Chr03 NC_080389.1:13509117-13509131promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13505637-13506539(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTGACCTTATCCGAC
SmilChr03G001300 Chr03 NC_080389.1:15227446-15227460promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15222696-15224815(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATGCTTATCCTGA
SmilChr01G004963 Chr01 NC_080387.1:67711466-67711480promoter 内 1327-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67706278-67708806(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTATGTTATCCACT
SmilChr01G000322 Chr01 NC_080387.1:6321878-6321892promoter 内 987-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6324892-6328186(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGAGATAAGGCGAG
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72566080-72566094promoter 内 873-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 72569208-72572399(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGTGGATAAGACAAG
SmilChr02G002611 Chr02 NC_080388.1:45307140-45307154promoter 内 823-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45302269-45303976(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTTTCTTATCCGGT
SmilChr01G000095 Chr01 NC_080387.1:1699400-1699414promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1694350-1696209(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCGCCTTATCCATG
SmilChr01G005529 Chr01 NC_080387.1:72156330-72156344promoter 内 690-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 72149820-72153033(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAGGATAAGGGAAT
SmilChr01G001449 Chr01 NC_080387.1:28204256-28204270promoter 内 679-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28196534-28200948(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr02G004392 Chr02 NC_080388.1:66269380-66269394promoter 内 677-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66261374-66266070(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATATCTTATCCATG
SmilChr01G001601 Chr01 NC_080387.1:30179578-30179592promoter 内 425-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30183154-30186704(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGCCGAT
SmilChr03G000865 Chr03 NC_080389.1:9846018-9846032promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9849612-9855030(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr02G001829 Chr02 NC_080388.1:33300807-33300821promoter 内 367-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33304441-33304544(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCTCCTTATCTCTA
SmilChr02G004947 Chr02 NC_080388.1:71417890-71417904promoter 内 352-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 71411893-71414255(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGAACAA
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62108584-62108598promoter 内 312-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCACCCTTATCTGGA
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49582435-49582449promoter 内 97-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGGTG
SmilChr01G003199 Chr01 NC_080387.1:50755004-50755018promoter 内 75-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50758930-50765314(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTGGATAAGGATCT
SmilChr01G004381 Chr01 NC_080387.1:61996110-61996124promoter 内 50-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62000061-62002883(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAGGATAAGGAGAA
SmilChr02G001786 Chr02 NC_080388.1:32631924-32631938promoter 内 17-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32635908-32639947(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAGGATAAGGAGAA
SmilChr02G001670 Chr02 NC_080388.1:30955150-30955164promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30959141-30961050(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr02G001956 Chr02 NC_080388.1:35299469-35299483promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 35300873-35303013(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27278102-27278116promoter 内 3064-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 27272328-27277179(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTCCCTTATCCTGT
SmilChr01G002833 Chr01 NC_080387.1:46942148-46942162promoter 内 3003-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 46941093-46941164(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCGTTCTTATCCCGA
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11895175-11895189promoter 内 2339-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 11896837-11898215(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGCCTAC
SmilChr02G002744 Chr02 NC_080388.1:47422961-47422975promoter 内 2191-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 47424771-47425681(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGTAGT
SmilChr02G000416 Chr02 NC_080388.1:5299589-5299603promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 5301727-5303520(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTCCTTATCTCTT
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29810211-29810225promoter 内 735-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 29805559-29806959(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGTCTTATCCGCT
SmilChr01G001579 Chr01 NC_080387.1:29810211-29810225promoter 内 656-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 29813556-29813750(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCGGATAAGACCAT
SmilChr01G000922 Chr01 NC_080387.1:19552048-19552062promoter 内 376-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 19555673-19556946(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCGTTCTTATCCCGA
SmilChr02G003458 Chr02 NC_080388.1:55871764-55871778promoter 内 3757-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55869100-55871534(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63011012-63011026promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 63011336-63014466(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCAGATAAGGATTC
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62243380-62243394promoter 内 3574-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 62243807-62244992(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGCTCTTATCCTAT
SmilChr01G002075 Chr01 NC_080387.1:36701335-36701349promoter 内 3386-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36699589-36700734(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr02G004137 Chr02 NC_080388.1:63634801-63634815promoter 内 3357-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 63627924-63634171(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TACAACTTATCCTAA
SmilChr02G002167 Chr02 NC_080388.1:38872892-38872906promoter 内 3109-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38871318-38872014(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCTCTG
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SmilChr02G005396 Chr02 NC_080388.1:74548176-74548190promoter 内 2515-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 74549662-74551166(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATGGATAAGATCAT
SmilChr01G003496 Chr01 NC_080387.1:53571343-53571357promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53566328-53569484(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
SmilChr01G004295 Chr01 NC_080387.1:61148551-61148565promoter 内 2025-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 61142915-61146589(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTTCCTTATCTCAT
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SmilChr01G004520 Chr01 NC_080387.1:63314369-63314383promoter 内 1397-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 63316973-63324098(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTTCCTTATCTTGT
SmilChr03G000671 Chr03 NC_080389.1:7521783-7521797promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 7517664-7519067(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
SmilChr01G001423 Chr01 NC_080387.1:27852336-27852350promoter 内 1179-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 27855158-27861667(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCTCTG
SmilChr02G003519 Chr02 NC_080388.1:56371410-56371424promoter 内 954-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 56367230-56368377(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGATGATAAGGATAT
SmilChr01G000525 Chr01 NC_080387.1:10707221-10707235promoter 内 808-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 10702889-10704042(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCAGCTTATCCTGT