转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 59 / 120 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004115 Chr08 NC_080394.1:49995498-49995516promoter 内 1677-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 49997822-50005385(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr06G003185 Chr06 NC_080392.1:44749710-44749728promoter 内 1555-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 44752156-44753533(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GATATCCCAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002447 Chr03 NC_080389.1:38863580-38863598promoter 内 1536-1554 bp + 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38858640-38861133(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr01G003596 Chr01 NC_080387.1:54516807-54516825promoter 内 1460-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54519348-54520526(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr06G001751 Chr06 NC_080392.1:20381777-20381795promoter 内 1449-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 20373069-20379243(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr03G004669 Chr03 NC_080389.1:64154176-64154194promoter 内 1387-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 64156790-64163442(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr05G000807 Chr05 NC_080391.1:6306484-6306502promoter 内 1315-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 6302751-6303816(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr07G001706 Chr07 NC_080393.1:14466678-14466696promoter 内 1252-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14469427-14470273(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31191424-31191442promoter 内 1197-1215 bp - 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 31185986-31188638(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTAAGGCAATG
SmilChr01G004765 Chr01 NC_080387.1:65843178-65843196promoter 内 1119-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 65846060-65848660(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8815736-8815754promoter 内 723-741 bp - 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8810690-8812476(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr06G002870 Chr06 NC_080392.1:41543976-41543994promoter 内 658-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 41537458-41540651(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr05G003217 Chr05 NC_080391.1:41274559-41274577promoter 内 463-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 41278097-41279596(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr07G001108 Chr07 NC_080393.1:8184973-8184991promoter 内 384-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8179331-8181374(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr08G000454 Chr08 NC_080394.1:3256078-3256096promoter 内 345-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 3244555-3252440(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr04G002436 Chr04 NC_080390.1:39025358-39025376promoter 内 344-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 39020534-39021719(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr01G001967 Chr01 NC_080387.1:35021059-35021077promoter 内 168-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 35024892-35028614(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr04G002279 Chr04 NC_080390.1:37031518-37031536promoter 内 158-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 37035361-37036575(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTGCCTTAAAAGGAAAG
SmilChr02G002092 Chr02 NC_080388.1:37553750-37553768promoter 内 102-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 37557649-37560198(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr02G004969 Chr02 NC_080388.1:71593867-71593885promoter 内 3936-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71591669-71593820(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCAAAAATAGATAG
SmilChr02G002478 Chr02 NC_080388.1:43164516-43164534promoter 内 3925-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43161796-43164458(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr07G003476 Chr07 NC_080393.1:38981897-38981915promoter 内 3924-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38981974-39000696(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTTCCAAATTGGGAAAA
SmilChr01G003114 Chr01 NC_080387.1:49952691-49952709promoter 内 3770-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49951069-49952478(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTGCCTTAAAAGGAAAG
SmilChr05G004281 Chr05 NC_080391.1:56606449-56606467promoter 内 3764-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56606686-56609506(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTAAGGCAATG
SmilChr04G002485 Chr04 NC_080390.1:39690820-39690838promoter 内 3708-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39691113-39694754(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGAGTAAAA
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56753246-56753264promoter 内 3665-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56751999-56752928(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAAAATAGTAAG
SmilChr06G003091 Chr06 NC_080392.1:43760081-43760099promoter 内 3575-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43757301-43759673(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTAAGGCAATG
SmilChr03G001251 Chr03 NC_080389.1:14422381-14422399promoter 内 3518-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14416837-14421916(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACTCAAAAAGGAAAA
SmilChr08G000508 Chr08 NC_080394.1:3710037-3710055promoter 内 3511-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3710527-3711457(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCCATAAAAGGAAGT
SmilChr05G001669 Chr05 NC_080391.1:15842143-15842161promoter 内 3508-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15840798-15841668(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTGCCTTAAAAGGAAAG
SmilChr03G002967 Chr03 NC_080389.1:46434486-46434504promoter 内 3503-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46434984-46437567(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTGCCTTAAAAGGAAAG
SmilChr06G000197 Chr06 NC_080392.1:1362266-1362284promoter 内 3468-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1359366-1361751(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAATAGAAAT
SmilChr03G003568 Chr03 NC_080389.1:54336023-54336041promoter 内 3457-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54334338-54335497(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAAAATAGTAAG
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19040443-19040461promoter 内 3415-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19037772-19039875(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTAAGGCAATG
SmilChr08G000744 Chr08 NC_080394.1:5513436-5513454promoter 内 3404-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5508959-5512857(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTAAGGCAATG
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