转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 6 / 162 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003879 Chr07 NC_080393.1:48420369-48420387promoter 内 1841-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 48422529-48427938(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATCGGCAGCCC
SmilChr06G003189 Chr06 NC_080392.1:44793985-44794003promoter 内 1813-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44787129-44791815(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGCTGCCGATGGTCAACG
SmilChr04G002949 Chr04 NC_080390.1:45820653-45820671promoter 内 1810-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45817736-45818480(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTGTAATTCAGAGTCAACG
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676354-19676372promoter 内 1658-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGGTATATCAGAGTCAACG
SmilChr06G000138 Chr06 NC_080392.1:979117-979135promoter 内 1642-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 976456-976776(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCAAAAAAATAGTCAACG
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40395516-40395534promoter 内 1633-1651 bp - 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTGCTCCGATCG
SmilChr04G001058 Chr04 NC_080390.1:15154544-15154562promoter 内 1526-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 15151557-15152087(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGGGTTCCCCG
SmilChr03G001560 Chr03 NC_080389.1:19676354-19676372promoter 内 1431-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19672668-19673802(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGATATACCG
SmilChr08G003663 Chr08 NC_080394.1:40410765-40410783promoter 内 1422-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40406508-40408204(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGGGTTCCCCG
SmilChr07G004362 Chr07 NC_080393.1:56162739-56162757promoter 内 833-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56165907-56168631(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCCAATAGCAAGTCAACG
SmilChr05G002986 Chr05 NC_080391.1:36478656-36478674promoter 内 706-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 36481951-36485073(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCAGAGTCAGAGTCAACG
SmilChr05G000249 Chr05 NC_080391.1:1907238-1907256promoter 内 682-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1899138-1903937(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTGTGTGCAGC
SmilChr02G004289 Chr02 NC_080388.1:65219125-65219143promoter 内 603-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65215359-65215745(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGTGCCGAGTT
SmilChr02G002419 Chr02 NC_080388.1:42172730-42172748promoter 内 580-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42176151-42180320(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTGATAATGAT
SmilChr05G000324 Chr05 NC_080391.1:2434844-2434862promoter 内 465-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2429929-2431326(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTGCACACAAAGTCAACG
SmilChr05G000219 Chr05 NC_080391.1:1716106-1716124promoter 内 458-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1710197-1712581(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTGCACACAAAGTCAACG
SmilChr02G004333 Chr02 NC_080388.1:65599114-65599132promoter 内 300-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65593541-65595431(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGACAAATCGAGTCAACG
SmilChr03G002163 Chr03 NC_080389.1:33666040-33666058promoter 内 3953-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 33663530-33666010(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCGATCTTTGCC
SmilChr03G001267 Chr03 NC_080389.1:14701961-14701979promoter 内 825-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 14705137-14707418(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTACGGAGAAGGTCAACG
SmilChr06G002934 Chr06 NC_080392.1:42184002-42184020promoter 内 3423-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 42178089-42183442(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CACTAAAAAAAAGTCAACG
SmilChr05G002336 Chr05 NC_080391.1:25254092-25254110promoter 内 3217-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 25254876-25256552(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACTTTGGGAAGGTCAACG
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582252-20582270promoter 内 2756-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 20571972-20581025(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACAACGGAAAAGTCAACG
SmilChr04G002447 Chr04 NC_080390.1:39190257-39190275promoter 内 1115-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 39180055-39187389(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGATGCCGACAGTCAACG
SmilChr02G005090 Chr02 NC_080388.1:72490287-72490305promoter 内 880-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 72493408-72500890(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGGAGGAGCAAGTCAACG
SmilChr03G000219 Chr03 NC_080389.1:2529618-2529636promoter 内 731-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 2532888-2534832(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTTTTTAGTG
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50166729-50166747promoter 内 3843-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 50165129-50166589(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAATCAAAAGAAGTCAACG
SmilChr06G001715 Chr06 NC_080392.1:19757357-19757375promoter 内 3621-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 19746147-19756995(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCCGGGTGCACCG
SmilChr03G003288 Chr03 NC_080389.1:50982418-50982436promoter 内 3530-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 50980166-50981965(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCCTCCAAGAGTCAACG
SmilChr04G001232 Chr04 NC_080390.1:19347797-19347815promoter 内 3485-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 19348313-19348991(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAGCATGCAAAGTCAACG
SmilChr01G002996 Chr01 NC_080387.1:48915169-48915187promoter 内 2831-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 48916339-48918397(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTATTGACCAAGTCAACG
SmilChr04G001233 Chr04 NC_080390.1:19347797-19347815promoter 内 2637-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 19349161-19349845(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAGCATGCAAAGTCAACG
SmilChr08G001184 Chr08 NC_080394.1:9491074-9491092promoter 内 2576-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9486601-9489667(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGGCAGGCGCGGTCAACG
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6534341-6534359promoter 内 2407-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 6527470-6532765(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCTCCGTACG
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41815523-41815541promoter 内 2267-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41812893-41813807(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAGAAAACTCGGTCAACG
SmilChr05G002974 Chr05 NC_080391.1:36208532-36208550promoter 内 2034-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 36202948-36206583(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGGGCGGTTC
SmilChr07G003335 Chr07 NC_080393.1:35729689-35729707promoter 内 1337-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35732353-35733422(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTTGGAGGCTC
SmilChr03G003210 Chr03 NC_080389.1:49698099-49698117promoter 内 1332-1350 bp - 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49693296-49695448(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTTGGAGGCTC
SmilChr03G003324 Chr03 NC_080389.1:51497465-51497483promoter 内 1327-1345 bp - 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51492990-51494809(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTTGGAGGCTC
SmilChr08G002056 Chr08 NC_080394.1:18413028-18413046promoter 内 1307-1325 bp + 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 18415722-18420797(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCCTTTTTGCCGG
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29619715-29619733promoter 内 1209-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29622507-29624733(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGGGCGGTTC
SmilChr02G001199 Chr02 NC_080388.1:22134054-22134072promoter 内 978-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 22137077-22137821(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACGGTTGTGAA
SmilChr03G001823 Chr03 NC_080389.1:24951813-24951831promoter 内 560-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 24946586-24948390(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTTGGAGGCTC
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723081-14723099promoter 内 382-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTACGGAGAAGGTCAACG
SmilChr04G001030 Chr04 NC_080390.1:14568470-14568488promoter 内 322-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14572149-14573445(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCCTCCAAGAGTCAACG
SmilChr06G001223 Chr06 NC_080392.1:12636292-12636310promoter 内 185-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12626675-12632494(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCCTCCAAGAGTCAACG
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51558223-51558241promoter 内 2801-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 51559423-51561003(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGGTGTTATCTT
SmilChr06G000826 Chr06 NC_080392.1:7774862-7774880promoter 内 1031-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 7777832-7780333(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTAAGTATACAC
SmilChr06G000056 Chr06 NC_080392.1:446871-446889promoter 内 3701-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 447171-452585(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTCAACACAAGTCAACA
SmilChr06G001723 Chr06 NC_080392.1:19860987-19861005promoter 内 3626-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 19861362-19868867(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTCAGTCAACCT
SmilChr06G002177 Chr06 NC_080392.1:29983804-29983822promoter 内 2651-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 29985154-29985501(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCCGTACTTGGTCAACG