转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 6 / 151 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000768 Chr04 NC_080390.1:9420375-9420387promoter 内 3244-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 9421132-9426053(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAAA
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29670221-29670233promoter 内 2732-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 29666012-29668964(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAAA
SmilChr05G001446 Chr05 NC_080391.1:13206491-13206503promoter 内 2676-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 13207816-13210364(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCGCT
SmilChr04G003091 Chr04 NC_080390.1:47545168-47545180promoter 内 2077-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 47547092-47548584(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCTTA
SmilChr04G002218 Chr04 NC_080390.1:35862061-35862073promoter 内 1660-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 35864402-35865376(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCTTT
SmilChr02G001860 Chr02 NC_080388.1:33829194-33829206promoter 内 1533-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 33825683-33826738(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGGTAGGTAGA
SmilChr01G002396 Chr01 NC_080387.1:41283368-41283380promoter 内 1122-1134 bp + 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 41279579-41280501(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr01G004788 Chr01 NC_080387.1:66104188-66104200promoter 内 782-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 66107407-66110445(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G000775 Chr02 NC_080388.1:12726749-12726761promoter 内 730-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 12722107-12723490(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAGGTAGGTGAA
SmilChr01G001561 Chr01 NC_080387.1:29623236-29623248promoter 内 228-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 29627009-29628114(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAGA
SmilChr05G001447 Chr05 NC_080391.1:13206491-13206503promoter 内 114-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 13210378-13211064(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCGCT
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43370424-43370436promoter 内 43-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAGA
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66099515-66099527promoter 内 32-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 66093412-66095558(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39848952-39848964promoter 内 3859-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 5 39849094-39851883(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G002480 Chr03 NC_080389.1:39359732-39359744promoter 内 3404-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 5 39360329-39362283(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004713 Chr01 NC_080387.1:65284171-65284183promoter 内 2126-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 5 65278485-65282308(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G002479 Chr03 NC_080389.1:39359732-39359744promoter 内 480-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 5 39351458-39356223(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69635510-69635522promoter 内 3494-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 69636017-69645047(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003148 Chr01 NC_080387.1:50289968-50289980promoter 内 2356-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 50291613-50292790(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G000345 Chr01 NC_080387.1:7040812-7040824promoter 内 1761-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 7035909-7038584(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G001339 Chr02 NC_080388.1:24907284-24907296promoter 内 1636-1648 bp + 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 24903546-24904931(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003147 Chr01 NC_080387.1:50289968-50289980promoter 内 1099-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 50283121-50287078(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635355-69635367promoter 内 586-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 69627145-69631952(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G001216 Chr01 NC_080387.1:24430055-24430067promoter 内 3868-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 24430188-24435397(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16243313-16243325promoter 内 3840-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 16239087-16243164(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G004969 Chr02 NC_080388.1:71593991-71594003promoter 内 3818-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 71591669-71593820(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTGGA
SmilChr05G001572 Chr05 NC_080391.1:14389087-14389099promoter 内 3590-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 14386774-14388688(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004487 Chr01 NC_080387.1:63005920-63005932promoter 内 3436-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 63006485-63009676(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTAAA
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55716808-55716820promoter 内 3265-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 55717544-55720811(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCACA
SmilChr01G004719 Chr01 NC_080387.1:65395617-65395629promoter 内 3186-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 65396432-65398435(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72596011-72596023promoter 内 2942-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 72591050-72594964(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTAGA
SmilChr02G005288 Chr02 NC_080388.1:73893533-73893545promoter 内 2711-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 73894823-73898453(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G002168 Chr01 NC_080387.1:37766448-37766460promoter 内 2644-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 37763587-37765103(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCACCTACCACA
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70752578-70752590promoter 内 2382-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 70749785-70750971(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G003200 Chr04 NC_080390.1:48847080-48847092promoter 内 2327-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 48843856-48845418(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003617 Chr01 NC_080387.1:54700664-54700676promoter 内 2107-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 54702558-54706971(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTGAA
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