转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 60 / 131 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13069806-13069818promoter 内 2696-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 13065988-13068513(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AATAGTCAACAGG
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61176075-61176087promoter 内 2398-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 61172693-61174484(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAATTTGACTTTC
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53231779-53231791promoter 内 2285-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 53233495-53234247(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATTT
SmilChr02G005506 Chr02 NC_080388.1:75183718-75183730promoter 内 2092-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 75185627-75191607(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAGTTGACTTGC
SmilChr01G001188 Chr01 NC_080387.1:24036097-24036109promoter 内 1624-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 24038474-24039574(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTGTTGACTTCA
SmilChr02G000887 Chr02 NC_080388.1:15276470-15276482promoter 内 1260-1272 bp - 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 15279211-15279675(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTGC
SmilChr01G005057 Chr01 NC_080387.1:68489067-68489079promoter 内 1227-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 68491841-68495297(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAGTTGACTTGA
SmilChr01G003405 Chr01 NC_080387.1:52727368-52727380promoter 内 1220-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 52721666-52724599(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAATTTGACTTTC
SmilChr02G000011 Chr02 NC_080388.1:85859-85871promoter 内 1092-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 88768-90515(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAGTTGACTTGA
SmilChr03G001912 Chr03 NC_080389.1:26752060-26752072promoter 内 1045-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 26746183-26749116(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTGC
SmilChr03G001525 Chr03 NC_080389.1:18927441-18927453promoter 内 951-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 18922089-18924403(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGA
SmilChr03G001908 Chr03 NC_080389.1:26698619-26698631promoter 内 913-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 26701707-26704144(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAACTTA
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834223promoter 内 804-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCGTTGACTCGG
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52348489-52348501promoter 内 771-783 bp + 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 52337701-52345271(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTGC
SmilChr02G000592 Chr02 NC_080388.1:8484301-8484313promoter 内 533-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 8471205-8480845(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTGC
SmilChr01G003837 Chr01 NC_080387.1:56724229-56724241promoter 内 351-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56719044-56720591(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATTT
SmilChr02G003145 Chr02 NC_080388.1:52486127-52486139promoter 内 181-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 52478208-52482319(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCCATTGACTTTC
SmilChr01G001605 Chr01 NC_080387.1:30211988-30212000promoter 内 3959-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30212030-30213779(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr01G000835 Chr01 NC_080387.1:18033285-18033297promoter 内 3945-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18033341-18034810(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAACTTA
SmilChr01G003828 Chr01 NC_080387.1:56627452-56627464promoter 内 3941-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56627512-56628928(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAATTGACTTTT
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1234346-1234358promoter 内 3906-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr02G002454 Chr02 NC_080388.1:42822174-42822186promoter 内 3905-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42822270-42822856(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAATGGA
SmilChr01G005324 Chr01 NC_080387.1:70458666-70458678promoter 内 3899-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70458768-70466254(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAAAGCA
SmilChr03G000025 Chr03 NC_080389.1:369035-369047promoter 内 3883-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 368414-368929(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAATGGA
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15673798-15673810promoter 内 3858-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15673941-15675703(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAATTTGACTTTC
SmilChr02G000731 Chr02 NC_080388.1:11860116-11860128promoter 内 3755-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11860362-11863701(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTAA
SmilChr03G001685 Chr03 NC_080389.1:22230399-22230411promoter 内 3733-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22230667-22232603(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTATTTGACTTTG
SmilChr03G001510 Chr03 NC_080389.1:18512648-18512660promoter 内 3711-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18512938-18514058(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGA
SmilChr01G002633 Chr01 NC_080387.1:44621137-44621149promoter 内 3590-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44619423-44620738(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCTTTGACTTCC
SmilChr01G002887 Chr01 NC_080387.1:47489618-47489630promoter 内 3473-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47482471-47489102(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTAA
SmilChr02G005522 Chr02 NC_080388.1:75308955-75308967promoter 内 3437-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75307611-75308403(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAGTTGACTTGC
SmilChr01G004033 Chr01 NC_080387.1:58762493-58762505promoter 内 3409-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58763085-58767136(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATTT
SmilChr01G001400 Chr01 NC_080387.1:27499825-27499837promoter 内 3405-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27497994-27499241(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTGTTGACTTCA
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20400450-20400462promoter 内 3328-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20401123-20430750(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATTT
SmilChr01G003086 Chr01 NC_080387.1:49695642-49695654promoter 内 3091-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49696552-49699537(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAAGTCAAAGAT
SmilChr02G000170 Chr02 NC_080388.1:2683867-2683879promoter 内 2909-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2184253-2682787(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTGTTGACTTGC
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