转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 61 / 126 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000627 Chr06 NC_080392.1:5529584-5529598promoter 内 3783-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5527278-5529380(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGATT
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68852169-68852183promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 68852857-68853840(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTTTGA
SmilChr06G001165 Chr06 NC_080392.1:11873343-11873357promoter 内 2333-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 11868929-11871689(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCACTGACGTGGCA
SmilChr04G004073 Chr04 NC_080390.1:55823281-55823295promoter 内 2309-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55824973-55827185(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGAAAAT
SmilChr04G003100 Chr04 NC_080390.1:47598390-47598404promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47590595-47596675(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGCTAAT
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31159480-31159494promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31159543-31170581(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAACATGACGTGGCA
SmilChr04G001506 Chr04 NC_080390.1:24809011-24809025promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24809077-24810843(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTTGAAA
SmilChr02G004032 Chr02 NC_080388.1:62605264-62605278promoter 内 3934-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62605331-62622002(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTCGTCA
SmilChr05G004181 Chr05 NC_080391.1:55722140-55722154promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55717150-55722067(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGTGAT
SmilChr01G001263 Chr01 NC_080387.1:25323538-25323552promoter 内 3851-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 25323688-25327501(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCACTGACGTGGCA
SmilChr01G002367 Chr01 NC_080387.1:40843428-40843442promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40843595-40850842(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATGTTG
SmilChr02G002941 Chr02 NC_080388.1:49911958-49911972promoter 内 3744-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49912215-49914291(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTATTTC
SmilChr08G000447 Chr08 NC_080394.1:3187111-3187125promoter 内 3744-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3184483-3186868(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAAATAT
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40683850-40683864promoter 内 3606-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40684245-40687671(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTTGACACGTGGAA
SmilChr06G002808 Chr06 NC_080392.1:40782286-40782300promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40782714-40783768(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGAGTATT
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40782286-40782300promoter 内 3556-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40780705-40781855(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATACTCACGTGGCC
SmilChr05G000331 Chr05 NC_080391.1:2470520-2470534promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2470995-2472851(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCATTTTT
SmilChr07G004593 Chr07 NC_080393.1:58729675-58729689promoter 内 3458-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58727250-58729146(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGGATGT
SmilChr08G001641 Chr08 NC_080394.1:13622000-13622014promoter 内 3319-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 13618463-13621332(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGATCACC
SmilChr05G000924 Chr05 NC_080391.1:7347726-7347740promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 7348539-7350701(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAGTAGACGTGGCC
SmilChr08G003585 Chr08 NC_080394.1:38630772-38630786promoter 内 3149-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38631624-38632151(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCAAAGACGTGGCA
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342096-60342110promoter 内 2873-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTCCACGTGGCCTCC
SmilChr07G000412 Chr07 NC_080393.1:2853763-2853777promoter 内 2707-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2843807-2852483(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTCGTCA
SmilChr02G000388 Chr02 NC_080388.1:4816768-4816782promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4810835-4815407(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCAGTCCACGTGGCG
SmilChr08G003043 Chr08 NC_080394.1:30592224-30592238promoter 内 2560-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30593665-30596196(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCGTGCGACGTGGCC
SmilChr05G003217 Chr05 NC_080391.1:41276648-41276662promoter 内 2552-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41278097-41279596(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCAGCGCC
SmilChr07G004300 Chr07 NC_080393.1:55585465-55585479promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55587052-55592946(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATCGTGACGTGGCT
SmilChr04G003084 Chr04 NC_080390.1:47433158-47433172promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47426035-47431308(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTGAAGACGTGGCT
SmilChr05G001840 Chr05 NC_080391.1:18460281-18460295promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18462365-18467725(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCATTTTT
SmilChr02G004767 Chr02 NC_080388.1:69845649-69845663promoter 内 1871-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 69847779-69848270(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCGACATA
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33707835-33707849promoter 内 1578-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTTGTTGACGTGGCG
SmilChr06G000822 Chr06 NC_080392.1:7745417-7745431promoter 内 1405-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 7740036-7742835(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCACTCACGTGGCA
SmilChr07G004594 Chr07 NC_080393.1:58729675-58729689promoter 内 1323-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58732353-58735726(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACATCCCACGTGGCG
SmilChr08G003586 Chr08 NC_080394.1:38630772-38630786promoter 内 1159-1173 bp + 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38633614-38649024(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCAAAGACGTGGCA
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45147262-45147276promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGGCGTA
SmilChr07G002761 Chr07 NC_080393.1:27459621-27459635promoter 内 957-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27455068-27456591(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCTAAGACGTGGCA
SmilChr06G000091 Chr06 NC_080392.1:658712-658726promoter 内 878-892 bp - 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 654629-655603(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CATTGACACGTGGCT
SmilChr07G004299 Chr07 NC_080393.1:55585465-55585479promoter 内 871-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55573542-55582349(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGATT
SmilChr02G000283 Chr02 NC_080388.1:3629838-3629852promoter 内 796-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3621862-3626647(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CACGTACACGTGGCA
SmilChr04G000363 Chr04 NC_080390.1:3638125-3638139promoter 内 727-741 bp - 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3641399-3644058(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCATTTTT
SmilChr07G001146 Chr07 NC_080393.1:8616618-8616632promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8610833-8613331(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATCGTGACGTGGCT
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SmilChr08G003587 Chr08 NC_080394.1:38645927-38645941promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38649659-38650988(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCAAAGACGTGGCA
SmilChr02G003703 Chr02 NC_080388.1:58494651-58494665promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58498437-58502230(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGAACTCG
SmilChr07G001147 Chr07 NC_080393.1:8616618-8616632promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8620469-8624299(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGATT
SmilChr03G004132 Chr03 NC_080389.1:60159383-60159397promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 60155499-60159332(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCACTGCG
SmilChr08G000410 Chr08 NC_080394.1:2884404-2884418promoter 内 3882-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 2881587-2884299(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAATTACACGTGGCA