转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 62 / 151 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002467 Chr01 NC_080387.1:42363579-42363591promoter 内 1453-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42366127-42368224(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATAAA
SmilChr03G002759 Chr03 NC_080389.1:43877595-43877607promoter 内 1437-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43872477-43875043(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATATA
SmilChr03G002747 Chr03 NC_080389.1:43666105-43666117promoter 内 1394-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43660956-43663510(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATATA
SmilChr03G002669 Chr03 NC_080389.1:42371108-42371120promoter 内 1316-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42373793-42374845(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACCGCA
SmilChr04G001946 Chr04 NC_080390.1:31580750-31580762promoter 内 1172-1184 bp - 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31583579-31585735(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGATTAGGTAAG
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29275533-29275545promoter 内 1139-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29278395-29284771(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGATTAGGTAAG
SmilChr03G003676 Chr03 NC_080389.1:55609408-55609420promoter 内 1075-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55602331-55606494(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGATTAGGTAAG
SmilChr03G002667 Chr03 NC_080389.1:42371108-42371120promoter 内 964-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42363952-42368083(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCGGTAGGTACA
SmilChr03G003376 Chr03 NC_080389.1:52107723-52107735promoter 内 810-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52110914-52113332(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAA
SmilChr02G002798 Chr02 NC_080388.1:48082796-48082808promoter 内 645-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 48077042-48079452(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATAAA
SmilChr04G003777 Chr04 NC_080390.1:53979788-53979800promoter 内 574-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53967675-53976373(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATATTAGGTAAC
SmilChr03G002682 Chr03 NC_080389.1:42595853-42595865promoter 内 419-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42599435-42600295(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACCGCA
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39312839-39312851promoter 内 417-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39307868-39309267(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGGTGTAGGTAAG
SmilChr04G000302 Chr04 NC_080390.1:2789247-2789259promoter 内 319-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2792929-2793843(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCGGTAGGTGAT
SmilChr04G003779 Chr04 NC_080390.1:53979788-53979800promoter 内 315-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53983474-53990486(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATATA
SmilChr03G000849 Chr03 NC_080389.1:9679005-9679017promoter 内 297-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9682709-9684834(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATATA
SmilChr01G000791 Chr01 NC_080387.1:17214373-17214385promoter 内 253-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17205651-17210637(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACACTT
SmilChr04G000207 Chr04 NC_080390.1:1831651-1831663promoter 内 212-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1835440-1839166(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACCTAT
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60967726-60967738promoter 内 210-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAGGTAGGTAAT
SmilChr01G004778 Chr01 NC_080387.1:65952199-65952211promoter 内 137-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65956063-65956945(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATAAA
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63897638-63897650promoter 内 131-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAA
SmilChr03G002001 Chr03 NC_080389.1:29775984-29775996promoter 内 117-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29770411-29772112(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGGGTAGGTTAG
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9968984-9968996promoter 内 71-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACCGTA
SmilChr01G002078 Chr01 NC_080387.1:36739922-36739934promoter 内 3448-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 36740475-36742331(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGGTAGGTAGT
SmilChr02G002344 Chr02 NC_080388.1:41180337-41180349promoter 内 3895-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41180443-41183329(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGGTGTAGGTAGG
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50464865-50464877promoter 内 2740-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 50466126-50470681(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCAGC
SmilChr05G000248 Chr05 NC_080391.1:1899587-1899599promoter 内 2649-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1894098-1898247(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAGGTAGGTTGA
SmilChr02G003421 Chr02 NC_080388.1:55426713-55426725promoter 内 2240-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 55424065-55424964(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGGTAGGTAGT
SmilChr01G002224 Chr01 NC_080387.1:38717803-38717815promoter 内 1271-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 38720533-38723005(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TACATTAGGTAAA
SmilChr01G005168 Chr01 NC_080387.1:69451866-69451878promoter 内 1227-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 69445743-69449104(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGTGTAGGTAAA
SmilChr04G002843 Chr04 NC_080390.1:44560928-44560940promoter 内 818-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44564111-44564994(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAATTAGGTAAC
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34609475-34609487promoter 内 155-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGGTAGGTAGT
SmilChr04G003440 Chr04 NC_080390.1:50929592-50929604promoter 内 3938-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50929655-50931651(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATTGT
SmilChr02G000468 Chr02 NC_080388.1:6321663-6321675promoter 内 3815-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6320184-6321489(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATTAT
SmilChr03G001485 Chr03 NC_080389.1:17910228-17910240promoter 内 3709-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17910520-17914519(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAAGTAGGTAGC
SmilChr04G000613 Chr04 NC_080390.1:6922804-6922816promoter 内 3696-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6923109-6923948(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAAGTAGGTAGC
SmilChr01G003720 Chr01 NC_080387.1:55527391-55527403promoter 内 3624-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55527768-55530226(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCAGC
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SmilChr01G002174 Chr01 NC_080387.1:37818416-37818428promoter 内 3289-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37814595-37817716(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATGTA
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SmilChr04G002842 Chr04 NC_080390.1:44560928-44560940promoter 内 2586-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44557741-44559525(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATTAT
SmilChr03G004315 Chr03 NC_080389.1:61519019-61519031promoter 内 2545-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 61508826-61517575(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATGTA
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28012758-28012770promoter 内 2425-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28010553-28011194(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTCTC
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SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64549720-64549732promoter 内 2050-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64551671-64552520(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGTTAGGTAAT