转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 62 / 157 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000933 Chr01 NC_080387.1:19788773-19788787promoter 内 1396-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 19775261-19786182(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTACCTAAATTCTC
SmilChr03G001376 Chr03 NC_080389.1:16246370-16246384promoter 内 1382-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16248989-16250404(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGTACCTAATAATAA
SmilChr01G005414 Chr01 NC_080387.1:71371402-71371416promoter 内 1356-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71366512-71368771(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAAGAATTAGGTCGA
SmilChr05G001451 Chr05 NC_080391.1:13260224-13260238promoter 内 1250-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13252643-13257487(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAAAATTAGGCAAC
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47602363-47602377promoter 内 1243-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47591308-47599619(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAATACTTG
SmilChr03G002155 Chr03 NC_080389.1:33513885-33513899promoter 内 1125-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33510235-33511023(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTTGCCTAATTTATG
SmilChr02G000010 Chr02 NC_080388.1:88694-88708promoter 内 1065-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 84040-85772(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTCACCTAATATCTA
SmilChr01G003267 Chr01 NC_080387.1:51343871-51343885promoter 内 1054-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51346818-51353740(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATATTTT
SmilChr02G003463 Chr02 NC_080388.1:55919567-55919581promoter 内 970-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55922598-55931701(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTTACCTAATTCTGT
SmilChr04G002973 Chr04 NC_080390.1:46102705-46102719promoter 内 944-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46096390-46099662(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACTACCTAAATTTTT
SmilChr04G000930 Chr04 NC_080390.1:12126568-12126582promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12122498-12123448(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTCACCTAATATATA
SmilChr02G004411 Chr02 NC_080388.1:66436746-66436760promoter 内 773-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 66439974-66447126(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACCACCTAATTTTAA
SmilChr04G000102 Chr04 NC_080390.1:924188-924202promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 915162-920967(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAACATGGT
SmilChr04G002158 Chr04 NC_080390.1:34646320-34646334promoter 内 705-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34641264-34643038(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCAGAATTAGGTAGA
SmilChr05G002743 Chr05 NC_080391.1:31606223-31606237promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31596412-31602907(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATTTTCA
SmilChr03G002292 Chr03 NC_080389.1:36112717-36112731promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36108362-36109343(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTATTGTTAGGTACA
SmilChr01G000467 Chr01 NC_080387.1:9577175-9577189promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9580575-9582111(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTCACCTAATATATA
SmilChr01G004230 Chr01 NC_080387.1:60688288-60688302promoter 内 599-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60683153-60684900(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGTACCTAATAAACT
SmilChr01G001995 Chr01 NC_080387.1:35359032-35359046promoter 内 552-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 35362481-35367022(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGCAAATTAGGTCAC
SmilChr05G003278 Chr05 NC_080391.1:42685015-42685029promoter 内 479-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42688537-42689575(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAGAGTTAGGTACT
SmilChr05G000485 Chr05 NC_080391.1:3792995-3793009promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3787799-3789485(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAAAATTAGGTGGT
SmilChr03G002171 Chr03 NC_080389.1:33766155-33766169promoter 内 458-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33769698-33771496(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGCACCTAATATATT
SmilChr04G002490 Chr04 NC_080390.1:39780172-39780186promoter 内 420-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39783753-39786583(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATGGAATTAGGTAAA
SmilChr02G001202 Chr02 NC_080388.1:22165905-22165919promoter 内 328-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22157462-22162246(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATATATTAGGTGAA
SmilChr02G000668 Chr02 NC_080388.1:10296882-10296896promoter 内 204-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10300679-10301591(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAGAGTTAGGTACT
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73082387-73082401promoter 内 191-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CACACCTAATATTAT
SmilChr05G000962 Chr05 NC_080391.1:7762578-7762592promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7766507-7769940(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTACCTAATTACAG
SmilChr05G002526 Chr05 NC_080391.1:28097665-28097679promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28101604-28103406(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTTACCTAATAAACA
SmilChr02G005375 Chr02 NC_080388.1:74427341-74427355promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 74427942-74429920(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATCACCTAATTTGTT
SmilChr02G004512 Chr02 NC_080388.1:67643474-67643488promoter 内 1633-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 67645842-67654174(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTATATTAGGTCTA
SmilChr03G001430 Chr03 NC_080389.1:16968030-16968044promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 16966140-16967800(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTCACCTAATATTAA
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37231767-37231781promoter 内 2434-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 37227166-37230214(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCAAAATTAGGTGTT
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39448771-39448785promoter 内 819-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 39443057-39445603(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTTTTG
SmilChr01G000002 Chr01 NC_080387.1:60734-60748promoter 内 582-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 64153-66586(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TACACCTAATAATTT
SmilChr01G003818 Chr01 NC_080387.1:56537554-56537568promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 56537806-56542793(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCCACCTAATTAACT
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47392063-47392077promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47392602-47393188(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGCAAATTAGGTGGA
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