转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 63 / 156 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002616 Chr02 NC_080388.1:45390644-45390653promoter 内 895-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45393750-45408835(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCA
SmilChr04G003418 Chr04 NC_080390.1:50772796-50772805promoter 内 861-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 50775936-50778821(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr03G003069 Chr03 NC_080389.1:47654604-47654613promoter 内 830-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47647448-47651442(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr05G001147 Chr05 NC_080391.1:9607823-9607832promoter 内 829-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9600850-9604660(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr06G000092 Chr06 NC_080392.1:662569-662578promoter 内 817-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 657941-659394(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCA
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15068735-15068744promoter 内 816-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15071920-15075086(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr03G002871 Chr03 NC_080389.1:45351889-45351898promoter 内 789-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45355101-45356023(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48933111-48933120promoter 内 784-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 48936328-48941246(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr02G002694 Chr02 NC_080388.1:46670367-46670376promoter 内 775-784 bp + 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 46673593-46680047(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr01G005260 Chr01 NC_080387.1:70081137-70081146promoter 内 753-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 70084385-70087913(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28882860-28882869promoter 内 750-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr05G002220 Chr05 NC_080391.1:23736483-23736492promoter 内 745-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23731269-23733236(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr04G003283 Chr04 NC_080390.1:49521061-49521070promoter 内 703-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49515925-49517772(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr02G001790 Chr02 NC_080388.1:32656197-32656206promoter 内 695-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32659503-32661425(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr03G003401 Chr03 NC_080389.1:52379066-52379075promoter 内 693-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 52382374-52388352(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14641862-14641871promoter 内 674-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr04G002742 Chr04 NC_080390.1:43079399-43079408promoter 内 638-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43082762-43085372(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr06G000468 Chr06 NC_080392.1:3817863-3817872promoter 内 617-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3810922-3814488(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCAAT
SmilChr04G000954 Chr04 NC_080390.1:12620122-12620131promoter 内 616-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 12623507-12626374(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr03G000754 Chr03 NC_080389.1:8628990-8628999promoter 内 583-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8622387-8625581(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr01G003879 Chr01 NC_080387.1:57120927-57120936promoter 内 555-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 57111588-57117490(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCA
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24523921-24523930promoter 内 554-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 24519500-24520483(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr04G000919 Chr04 NC_080390.1:11955159-11955168promoter 内 544-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 11958616-11961442(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr01G001077 Chr01 NC_080387.1:22192379-22192388promoter 内 541-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22195839-22202144(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr05G002787 Chr05 NC_080391.1:32578145-32578154promoter 内 509-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32568062-32574662(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCA
SmilChr06G000094 Chr06 NC_080392.1:662569-662578promoter 内 486-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 666084-670549(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCAAT
SmilChr02G005545 Chr02 NC_080388.1:75456317-75456326promoter 内 414-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75446144-75452739(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr04G000599 Chr04 NC_080390.1:6775213-6775222promoter 内 369-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6768654-6771590(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr02G004082 Chr02 NC_080388.1:63102915-63102924promoter 内 334-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63097722-63099257(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr05G002423 Chr05 NC_080391.1:26724643-26724652promoter 内 295-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26728349-26730154(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCAAT
SmilChr05G001148 Chr05 NC_080391.1:9651578-9651587promoter 内 287-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9645751-9647873(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr03G000755 Chr03 NC_080389.1:8634958-8634967promoter 内 284-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8638675-8640067(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr05G001370 Chr05 NC_080391.1:12198480-12198489promoter 内 242-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 12202239-12210504(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr02G005547 Chr02 NC_080388.1:75456317-75456326promoter 内 232-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75460086-75462745(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr06G001321 Chr06 NC_080392.1:13734150-13734159promoter 内 198-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 13729617-13730356(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCA
SmilChr05G000737 Chr05 NC_080391.1:5629077-5629086promoter 内 197-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5621468-5625282(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr06G000885 Chr06 NC_080392.1:8392765-8392774promoter 内 170-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8396596-8398800(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCA
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SmilChr05G003924 Chr05 NC_080391.1:53017189-53017198promoter 内 134-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53002075-53013331(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
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SmilChr04G001670 Chr04 NC_080390.1:27657361-27657370promoter 内 3503-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 11 27655301-27656872(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCG
SmilChr05G002304 Chr05 NC_080391.1:24900412-24900421promoter 内 1761-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 24902652-24905557(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATC
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