转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 65 / 139 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002388 Chr01 NC_080387.1:41127840-41127853promoter 内 1006-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41124302-41124858(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G003301 Chr02 NC_080388.1:54293596-54293609promoter 内 1003-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54286934-54290611(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G002929 Chr03 NC_080389.1:46048272-46048285promoter 内 992-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46041459-46045276(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr04G001595 Chr04 NC_080390.1:26575739-26575752promoter 内 988-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26578752-26579789(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G003028 Chr01 NC_080387.1:49331854-49331867promoter 内 987-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49334868-49341238(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr07G001380 Chr07 NC_080393.1:10723459-10723472promoter 内 980-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10718930-10720451(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr06G000866 Chr06 NC_080392.1:8203453-8203466promoter 内 979-992 bp - 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8180435-8200444(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004376 Chr02 NC_080388.1:66122854-66122867promoter 内 949-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 66117266-66119815(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004630 Chr02 NC_080388.1:68774581-68774594promoter 内 942-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68777640-68785367(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G002622 Chr03 NC_080389.1:41606263-41606276promoter 内 938-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41609326-41610194(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004845 Chr02 NC_080388.1:70590203-70590216promoter 内 937-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70575749-70587152(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G000842 Chr01 NC_080387.1:18270570-18270583promoter 内 928-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18273643-18274242(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G000223 Chr02 NC_080388.1:2895075-2895088promoter 内 924-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2889346-2892011(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr03G002860 Chr03 NC_080389.1:45203913-45203926promoter 内 916-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45197546-45200841(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001490 Chr02 NC_080388.1:27870933-27870946promoter 内 898-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27864450-27867843(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004364 Chr03 NC_080389.1:61857221-61857234promoter 内 888-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61860334-61865240(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G003328 Chr01 NC_080387.1:51966466-51966479promoter 内 864-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51969603-51972266(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G004662 Chr02 NC_080388.1:69011585-69011598promoter 内 864-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 69014722-69016535(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr03G004071 Chr03 NC_080389.1:59688959-59688972promoter 内 857-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59682802-59685828(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCTAG
SmilChr06G002394 Chr06 NC_080392.1:34733276-34733289promoter 内 850-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34736427-34737182(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002686 Chr06 NC_080392.1:38791932-38791945promoter 内 829-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38788158-38788773(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002354 Chr02 NC_080388.1:41334263-41334276promoter 内 828-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41337436-41338776(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G003373 Chr05 NC_080391.1:44606626-44606639promoter 内 825-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44609802-44611024(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G000205 Chr02 NC_080388.1:2651732-2651745promoter 内 814-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2654919-2668502(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36934629-36934642promoter 内 802-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr04G002147 Chr04 NC_080390.1:34521184-34521197promoter 内 801-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34524384-34525553(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr06G003296 Chr06 NC_080392.1:45498822-45498835promoter 内 796-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45491188-45495630(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G004654 Chr01 NC_080387.1:64652604-64652617promoter 内 781-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64648470-64649397(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001772 Chr05 NC_080391.1:17417779-17417792promoter 内 780-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17412009-17414571(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001753 Chr05 NC_080391.1:17073259-17073272promoter 内 779-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17067502-17070050(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004359 Chr03 NC_080389.1:61830957-61830970promoter 内 778-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61834180-61837884(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004126 Chr03 NC_080389.1:60095872-60095885promoter 内 776-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60099097-60101368(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr03G000096 Chr03 NC_080389.1:1063457-1063470promoter 内 772-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1066686-1072914(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19342712-19342725promoter 内 753-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCCCA
SmilChr03G004073 Chr03 NC_080389.1:59688959-59688972promoter 内 740-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59692220-59697900(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTAGACGGTGGCGG
SmilChr01G004266 Chr01 NC_080387.1:60915553-60915566promoter 内 738-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60918816-60919703(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G000358 Chr02 NC_080388.1:4612619-4612632promoter 内 738-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4615882-4618242(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001344 Chr02 NC_080388.1:25049372-25049385promoter 内 719-732 bp + 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 25039731-25046103(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59044178-59044191promoter 内 703-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004051 Chr03 NC_080389.1:59476152-59476165promoter 内 700-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59467771-59472864(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G002954 Chr05 NC_080391.1:35696110-35696123promoter 内 686-699 bp - 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35699425-35702715(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51470033-51470046promoter 内 678-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004513 Chr02 NC_080388.1:67668051-67668064promoter 内 668-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67664369-67664731(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr05G004251 Chr05 NC_080391.1:56310922-56310935promoter 内 646-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56303333-56307580(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGGGAG
SmilChr04G003891 Chr04 NC_080390.1:54715813-54715826promoter 内 640-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54708529-54712465(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGGGAG
SmilChr05G002788 Chr05 NC_080391.1:32584168-32584181promoter 内 632-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 32587537-32597710(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr01G004718 Chr01 NC_080387.1:65392757-65392770promoter 内 624-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 65386205-65389393(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002504 Chr02 NC_080388.1:43530462-43530475promoter 内 621-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43533842-43537575(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAG
SmilChr02G003302 Chr02 NC_080388.1:54293596-54293609promoter 内 618-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54296979-54300177(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9867261-9867274promoter 内 611-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9870651-9875685(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAC