转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 66 / 149 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005395 Chr01 NC_080387.1:71218618-71218627promoter 内 3959-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71214442-71218585(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G002732 Chr02 NC_080388.1:47236097-47236106promoter 内 3923-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47232592-47236028(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr03G002697 Chr03 NC_080389.1:42955538-42955547promoter 内 3814-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42955283-42955360(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr01G004499 Chr01 NC_080387.1:63089489-63089498promoter 内 3646-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 63088160-63089143(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G003880 Chr02 NC_080388.1:60868770-60868779promoter 内 3633-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60869138-60871414(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr04G000841 Chr04 NC_080390.1:10614482-10614491promoter 内 3560-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10614923-10617887(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr06G000800 Chr06 NC_080392.1:7485539-7485548promoter 内 3497-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7486043-7486133(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr06G000801 Chr06 NC_080392.1:7485539-7485548promoter 内 3370-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7486170-7486262(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr04G003848 Chr04 NC_080390.1:54478352-54478361promoter 内 3349-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54479004-54482707(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr04G001753 Chr04 NC_080390.1:28844871-28844880promoter 内 3282-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28845590-28848768(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr06G001240 Chr06 NC_080392.1:12786028-12786037promoter 内 3270-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12784414-12785306(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr03G004536 Chr03 NC_080389.1:63393851-63393860promoter 内 3055-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 63392106-63392914(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G002316 Chr02 NC_080388.1:40777388-40777397promoter 内 2867-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40778522-40778592(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr03G002661 Chr03 NC_080389.1:42270688-42270697promoter 内 2801-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42265706-42269497(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr05G004360 Chr05 NC_080391.1:57172776-57172785promoter 内 2700-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57167847-57171484(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr04G000840 Chr04 NC_080390.1:10614482-10614491promoter 内 2676-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10612622-10613166(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54414957-54414966promoter 内 2634-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54416324-54421669(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr02G004628 Chr02 NC_080388.1:68772833-68772842promoter 内 2559-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 68769284-68771400(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr06G000263 Chr06 NC_080392.1:1761708-1761717promoter 内 2548-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1758554-1760264(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr01G001891 Chr01 NC_080387.1:34027603-34027612promoter 内 2542-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34029062-34030114(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr05G002577 Chr05 NC_080391.1:28971170-28971179promoter 内 2502-2511 bp - 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28966207-28969680(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G000940 Chr02 NC_080388.1:16393547-16393556promoter 内 2472-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 16388761-16392027(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr05G000205 Chr05 NC_080391.1:1631465-1631474promoter 内 2465-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1625450-1629938(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G002242 Chr02 NC_080388.1:39802546-39802555promoter 内 2401-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 39798509-39800955(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr01G004351 Chr01 NC_080387.1:61710430-61710439promoter 内 2294-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61712137-61716762(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr02G004826 Chr02 NC_080388.1:70380863-70380872promoter 内 2171-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 70369528-70379042(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2276126-2276135promoter 内 2159-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr04G004130 Chr04 NC_080390.1:56127420-56127429promoter 内 2156-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56129265-56131941(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr01G003790 Chr01 NC_080387.1:56286346-56286355promoter 内 1894-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56288453-56290831(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr05G002126 Chr05 NC_080391.1:22350358-22350367promoter 内 1842-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 22346095-22348208(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr04G001403 Chr04 NC_080390.1:22837615-22837624promoter 内 1750-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 22839866-22841266(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27994729-27994738promoter 内 1666-1675 bp - 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G004828 Chr02 NC_080388.1:70380863-70380872promoter 内 1642-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 70383222-70384193(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr01G003132 Chr01 NC_080387.1:50146836-50146845promoter 内 1592-1601 bp - 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50141513-50144436(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr04G002857 Chr04 NC_080390.1:44678644-44678653promoter 内 1552-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44681093-44683097(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAT
SmilChr02G002079 Chr02 NC_080388.1:37376846-37376855promoter 内 1464-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37372666-37374318(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGCA
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