转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 69 / 162 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000915 Chr08 NC_080394.1:6763265-6763283promoter 内 2685-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6758689-6761967(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGGAAACCCAAGTCAAAG
SmilChr07G004329 Chr07 NC_080393.1:55861226-55861244promoter 内 2646-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55857972-55859889(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGAGTGAGGGC
SmilChr03G001822 Chr03 NC_080389.1:24935788-24935806promoter 内 2607-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24937182-24938090(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGCTTACCGCCA
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62557773-62557791promoter 内 2604-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62559170-62565033(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGGGCTTCGAAGTCAACG
SmilChr05G002742 Chr05 NC_080391.1:31594918-31594936promoter 内 2594-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31589091-31593529(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTGCTTTGTCT
SmilChr07G000092 Chr07 NC_080393.1:500427-500445promoter 内 2586-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 501842-502549(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TATCACTGCATGGTCAACG
SmilChr02G005043 Chr02 NC_080388.1:72151828-72151846promoter 内 2578-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72146367-72150423(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTTAATCATG
SmilChr01G006089 Chr01 NC_080387.1:76377671-76377689promoter 内 2530-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 76379142-76387200(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAGACTTGACT
SmilChr07G002643 Chr07 NC_080393.1:25585033-25585051promoter 内 2516-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25580115-25583566(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCTCTTCCAAGTCAACT
SmilChr05G003039 Chr05 NC_080391.1:38139190-38139208promoter 内 2508-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38140683-38141114(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCACTTTCCAGAGTCAACC
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74725731-74725749promoter 内 2500-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATCTCTGCACTAGTCAACA
SmilChr03G000146 Chr03 NC_080389.1:1609415-1609433promoter 内 2349-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1602765-1607781(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAGACTTGACT
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15358686-15358704promoter 内 2339-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15354434-15357042(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTATTTTTCAT
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20950621-20950639promoter 内 2317-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTAGCAATGTAGTCAACG
SmilChr06G001904 Chr06 NC_080392.1:22870017-22870035promoter 内 2272-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22866646-22868306(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTGCAGAAGAC
SmilChr01G004443 Chr01 NC_080387.1:62557773-62557791promoter 内 2271-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62554906-62556061(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTCGAAGCCCAA
SmilChr04G003567 Chr04 NC_080390.1:52047679-52047697promoter 内 2261-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52049419-52053391(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTGAATTGGTAGTCAACG
SmilChr04G002899 Chr04 NC_080390.1:45268360-45268378promoter 内 2232-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45270129-45271193(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGTTCATCCGAGTCAACA
SmilChr06G001446 Chr06 NC_080392.1:15269511-15269529promoter 内 2222-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15271290-15274894(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGAGAACTCAAGTCAACT
SmilChr05G003999 Chr05 NC_080391.1:53874635-53874653promoter 内 2187-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53870814-53872839(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCCTAATCAAAAGTCAACT
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467371-49467389promoter 内 2148-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCAAAAGGGCAGTCAACG
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68620612-68620630promoter 内 2147-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTAAGATGATGGTCAACG
SmilChr06G002554 Chr06 NC_080392.1:36719587-36719605promoter 内 2050-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36711723-36717654(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAACTAATCAAAGTCAACC
SmilChr07G002644 Chr07 NC_080393.1:25585033-25585051promoter 内 2009-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25587025-25588227(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGGAAGAGCTC
SmilChr01G001255 Chr01 NC_080387.1:25190521-25190539promoter 内 1985-2003 bp + 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25192537-25198619(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTGCCTTAATT
SmilChr07G002035 Chr07 NC_080393.1:18446124-18446142promoter 内 1966-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 18448159-18456296(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGACAAATGAGAGTCAACT
SmilChr01G004178 Chr01 NC_080387.1:60229373-60229391promoter 内 1912-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60222171-60227302(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGTTATTGTTTC
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45794080-45794098promoter 内 1911-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTAAGATGATGGTCAACG
SmilChr06G000855 Chr06 NC_080392.1:8096056-8096074promoter 内 1908-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8086665-8093981(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATCATCTTAAA
SmilChr05G002788 Chr05 NC_080391.1:32585436-32585454promoter 内 1900-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32587537-32597710(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCTAAGCGAAAGTCAAAG
SmilChr04G000464 Chr04 NC_080390.1:4951247-4951265promoter 内 1829-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4953419-4958842(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGATTATAAAAAGTCAACT
SmilChr06G000846 Chr06 NC_080392.1:7996981-7996999promoter 内 1819-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7990069-7994817(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCTCCATCAAAGTCAAAG
SmilChr08G000040 Chr08 NC_080394.1:265707-265725promoter 内 1793-1811 bp - 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 267915-270952(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTTTTTCTTAGGTCAACG
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75484898-75484916promoter 内 1727-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75481605-75482642(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCAGGTCTATCA
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SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849560-59849578promoter 内 1589-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGACCTGCAGAAGTCAAAG
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SmilChr05G000932 Chr05 NC_080391.1:7477606-7477624promoter 内 981-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7480626-7482724(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTACCAACTCAAGTCAACC