转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 7 / 134 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002668 Chr01 NC_080387.1:44898402-44898416promoter 内 2938-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 44896410-44897353(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr05G000757 Chr05 NC_080391.1:5863963-5863977promoter 内 2790-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5865174-5869422(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr01G000312 Chr01 NC_080387.1:6028665-6028679promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6026254-6027351(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr05G004039 Chr05 NC_080391.1:54370569-54370583promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54371909-54375277(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTCACCGACATAG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670244-16670258promoter 内 2610-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 16671635-16675520(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCACCGACATAT
SmilChr01G002402 Chr01 NC_080387.1:41379822-41379836promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41381329-41382443(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr04G002283 Chr04 NC_080390.1:37071634-37071648promoter 内 2402-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37069837-37070049(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14602747-14602761promoter 内 2347-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACATCC
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76051322-76051336promoter 内 2005-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGGAAG
SmilChr08G002955 Chr08 NC_080394.1:29583777-29583791promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 29580191-29581583(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr08G000932 Chr08 NC_080394.1:6905578-6905592promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6908105-6916562(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr08G000934 Chr08 NC_080394.1:6925137-6925151promoter 内 1456-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6927682-6936138(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr01G001812 Chr01 NC_080387.1:33042426-33042440promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33044992-33053763(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAACGG
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76051322-76051336promoter 内 1317-1331 bp - 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGGAAG
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76051322-76051336promoter 内 1010-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTCCACCGACATCC
SmilChr02G005049 Chr02 NC_080388.1:72219698-72219712promoter 内 1002-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72222697-72225713(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr08G001819 Chr08 NC_080394.1:15352525-15352539promoter 内 911-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15355615-15358122(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCTGCCGACATGC
SmilChr07G002457 Chr07 NC_080393.1:23085841-23085855promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23089540-23091704(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTTGCCGACACCG
SmilChr01G002182 Chr01 NC_080387.1:37957132-37957146promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37950605-37953414(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGTGGCTG
SmilChr02G001695 Chr02 NC_080388.1:31239846-31239860promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 31238042-31239698(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAGCAG
SmilChr07G003053 Chr07 NC_080393.1:31855260-31855274promoter 内 1644-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 31857617-31862524(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGCAGA
SmilChr06G003299 Chr06 NC_080392.1:45526279-45526293promoter 内 3365-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45519483-45525657(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTAGTGG
SmilChr01G000609 Chr01 NC_080387.1:13465587-13465601promoter 内 1499-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 13460631-13463099(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGACTT
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36432489-36432503promoter 内 1013-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 36426847-36429515(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCAGTGG
SmilChr03G001495 Chr03 NC_080389.1:18242702-18242716promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18238920-18242405(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGTCGC
SmilChr06G002140 Chr06 NC_080392.1:29056895-29056909promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29057439-29062826(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
SmilChr08G002859 Chr08 NC_080394.1:28429791-28429805promoter 内 3354-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 28425021-28429158(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
SmilChr06G001751 Chr06 NC_080392.1:20379936-20379950promoter 内 3294-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20373069-20379243(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTCGCCGACATGT
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47827465-47827479promoter 内 3277-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCGGCT
SmilChr01G005534 Chr01 NC_080387.1:72177235-72177249promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 72178038-72180187(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
SmilChr05G001007 Chr05 NC_080391.1:8273184-8273198promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8274071-8277762(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCAGACC
SmilChr05G001006 Chr05 NC_080391.1:8245430-8245444promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8246404-8248998(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCAGACC
SmilChr01G002365 Chr01 NC_080387.1:40829168-40829182promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40821774-40828056(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCGGCT
SmilChr08G004301 Chr08 NC_080394.1:52698634-52698648promoter 内 2718-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52699917-52704174(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
SmilChr03G002649 Chr03 NC_080389.1:42140012-42140026promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42141327-42153624(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCGGCT
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12195018-12195032promoter 内 2656-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 12192296-12193687(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCGGCC
SmilChr07G001340 Chr07 NC_080393.1:10371209-10371223promoter 内 2645-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10372565-10374035(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
SmilChr03G003147 Chr03 NC_080389.1:48776341-48776355promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48777749-48779189(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGACGCCGACATCA
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SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43887270-43887284promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTCGCCGACATGT
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SmilChr01G005686 Chr01 NC_080387.1:73109098-73109112promoter 内 96-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73113003-73117631(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCGGCGA
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SmilChr05G001159 Chr05 NC_080391.1:9733553-9733567promoter 内 3404-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 9734150-9735607(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATCCGCCGACATCC