转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 71 / 167 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000407 Chr07 NC_080393.1:2816986-2817006promoter 内 83-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2809795-2813088(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAATTCCTTATCCTGATATTT
SmilChr05G001405 Chr05 NC_080391.1:12631910-12631930promoter 内 12-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12621992-12627941(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTTATGGATAAGTTGAAT
SmilChr02G002138 Chr02 NC_080388.1:38475860-38475880promoter 内 2105-2125 bp + 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 38477756-38480250(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51964977-51964997promoter 内 3977-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51963163-51964973(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAATTTTATCCAATTCCCA
SmilChr06G000582 Chr06 NC_080392.1:4987316-4987336promoter 内 3747-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 4987570-4991696(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAAGCTTATCCATTCATAT
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41755123-41755143promoter 内 3739-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 41755385-41756770(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGGCCAAGGATAAGGAAGAG
SmilChr02G004131 Chr02 NC_080388.1:63567633-63567653promoter 内 3704-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 63564095-63567356(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTAGTGGATAAGGTTTGT
SmilChr01G003321 Chr01 NC_080387.1:51916538-51916558promoter 内 3573-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51914857-51916130(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTTTATTTATCCATATTTTT
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71211911-71211931promoter 内 3383-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 71211241-71211313(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACACATCTGGATAAGTTTGAT
SmilChr07G000202 Chr07 NC_080393.1:1266447-1266467promoter 内 3343-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 1263408-1265809(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGAAGAGGATAAGGGTTTT
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44877226-44877246promoter 内 2821-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 44872611-44876066(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAAAATGGATAATCATTTG
SmilChr07G001370 Chr07 NC_080393.1:10632015-10632035promoter 内 2811-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10629835-10630845(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAATTCGGATAAGAAAAAA
SmilChr07G001357 Chr07 NC_080393.1:10525134-10525154promoter 内 2765-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10522972-10523918(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAATTCGGATAAGAAAAAA
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62695796-62695816promoter 内 2708-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62697089-62699251(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGGTGTTTGGATAATGAGCGA
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72725335-72725355promoter 内 2393-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 72726943-72733229(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTCTGATCCAATCCATA
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27176739-27176759promoter 内 2240-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 27174147-27174998(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr05G002137 Chr05 NC_080391.1:22487384-22487404promoter 内 2168-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 22489217-22499820(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTCTGATCCAATCCATA
SmilChr05G001214 Chr05 NC_080391.1:10206509-10206529promoter 内 2152-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10203419-10204680(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGTACTTATCCACTTTATT
SmilChr06G000581 Chr06 NC_080392.1:4987316-4987336promoter 内 2146-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 4981630-4985481(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATGAATGGATAAGCTTATA
SmilChr01G005295 Chr01 NC_080387.1:70270576-70270596promoter 内 2056-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70272521-70273706(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr07G001358 Chr07 NC_080393.1:10525134-10525154promoter 内 1899-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10527236-10531327(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTTCTTATCCGAATTGAT
SmilChr01G004434 Chr01 NC_080387.1:62431371-62431391promoter 内 1887-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62433485-62434688(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCATGCTTATCCATAGTAAT
SmilChr02G004743 Chr02 NC_080388.1:69650098-69650118promoter 内 1875-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 69644540-69647992(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTGTCTAGGATAAGGATGCA
SmilChr02G004027 Chr02 NC_080388.1:62548580-62548600promoter 内 1822-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62542073-62546421(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCTCTTTATCCACGCCCAC
SmilChr07G002979 Chr07 NC_080393.1:30365690-30365710promoter 内 1426-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 30362342-30363135(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr08G000633 Chr08 NC_080394.1:4730205-4730225promoter 内 1113-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 4733093-4736059(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATAATTATCCACGACTTC
SmilChr01G005097 Chr01 NC_080387.1:68797362-68797382promoter 内 1091-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68800272-68802269(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATATGGATAACTAAAAG
SmilChr02G003392 Chr02 NC_080388.1:55043464-55043484promoter 内 1028-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 55038555-55040511(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAATTTGGATAATGGGAAG
SmilChr06G001020 Chr06 NC_080392.1:10103748-10103768promoter 内 978-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10089281-10100745(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGGTTCTTATCCGATTCCAC
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29810206-29810226promoter 内 734-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 29805559-29806959(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGGTCTTATCCGCTCTCTC
SmilChr07G004648 Chr07 NC_080393.1:59315761-59315781promoter 内 539-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 59311036-59312319(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAAACAGGATAAGGGGTTG
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58966469-58966489promoter 内 503-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 58960737-58962991(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTTATCCACTCCTCA
SmilChr01G005296 Chr01 NC_080387.1:70270576-70270596promoter 内 179-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70274398-70275173(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr07G004594 Chr07 NC_080393.1:58728474-58728494promoter 内 122-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 58732353-58735726(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAGAAAGGATAAGTAATAA
SmilChr07G003707 Chr07 NC_080393.1:44736007-44736027promoter 内 3976-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44736032-44738258(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAACTAGGATAAGGGTCAT
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