转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 72 / 139 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001785 Chr03 NC_080389.1:24422595-24422606promoter 内 1610-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24417664-24420215(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGCG
SmilChr01G001142 Chr01 NC_080387.1:23368722-23368733promoter 内 1573-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23363977-23366305(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACTGACGTGAG
SmilChr03G004385 Chr03 NC_080389.1:62058704-62058715promoter 内 1453-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62061252-62064809(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGCG
SmilChr01G000237 Chr01 NC_080387.1:4440269-4440280promoter 内 1424-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4442846-4444444(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGCG
SmilChr03G001784 Chr03 NC_080389.1:24417921-24417932promoter 内 1408-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24405198-24415339(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGCG
SmilChr05G000060 Chr05 NC_080391.1:278872-278883promoter 内 1041-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 281832-284801(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCAGGG
SmilChr04G003761 Chr04 NC_080390.1:53873889-53873900promoter 内 1037-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53869789-53870936(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCTGACGTGAT
SmilChr03G000253 Chr03 NC_080389.1:2998584-2998595promoter 内 358-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2993546-2994952(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCAACGTCAGCC
SmilChr02G005184 Chr02 NC_080388.1:73150699-73150710promoter 内 104-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 73145483-73146813(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGAT
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4806065-4806076promoter 内 1966-1977 bp - 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 4808100-4810743(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGGAT
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51967793-51967804promoter 内 1170-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 51963163-51964973(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCGACACGTGGC
SmilChr02G002796 Chr02 NC_080388.1:48055614-48055625promoter 内 3977-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 48039990-48055601(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCAAGACGTGGG
SmilChr03G004598 Chr03 NC_080389.1:63783279-63783290promoter 内 3904-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 63781553-63783193(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr01G001552 Chr01 NC_080387.1:29510608-29510619promoter 内 3884-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 29507698-29510502(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGTC
SmilChr04G001632 Chr04 NC_080390.1:27082613-27082624promoter 内 3246-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 27083368-27086311(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTTCACGTGGC
SmilChr03G003032 Chr03 NC_080389.1:47236913-47236924promoter 内 3205-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47231680-47236128(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TATTCACGTGGC
SmilChr01G004503 Chr01 NC_080387.1:63134702-63134713promoter 内 3038-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 63129544-63133750(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr03G001731 Chr03 NC_080389.1:23264971-23264982promoter 内 2727-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 23261323-23263708(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr01G003731 Chr01 NC_080387.1:55607994-55608005promoter 内 2460-2471 bp - 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55603656-55606464(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCTGACGTGTG
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52996462-52996473promoter 内 1671-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 52998792-53001288(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCCGACGTGGT
SmilChr03G003033 Chr03 NC_080389.1:47236913-47236924promoter 内 1641-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47239273-47243559(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAATA
SmilChr01G004939 Chr01 NC_080387.1:67501369-67501380promoter 内 1634-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 67503736-67512271(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGAA
SmilChr04G003670 Chr04 NC_080390.1:53146306-53146317promoter 内 1453-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 53148854-53151775(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCACGTCAGCT
SmilChr01G003980 Chr01 NC_080387.1:58239910-58239921promoter 内 1161-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 58242750-58245425(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCTAGACGTGGG
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41176552-41176563promoter 内 1146-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 41170890-41173708(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGGGACGTGGG
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46144956-46144967promoter 内 494-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46148463-46150262(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAAAA
SmilChr02G001416 Chr02 NC_080388.1:26786768-26786779promoter 内 493-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 26779584-26783271(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52552258-52552269promoter 内 458-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 52555801-52557613(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245566-60245577promoter 内 3923-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29211933-29211944promoter 内 3916-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29209008-29211859(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGTC
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70073080-70073091promoter 内 3915-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTCGA
SmilChr04G000249 Chr04 NC_080390.1:2265555-2265566promoter 内 3872-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2242715-2265437(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCCGACGTGGA
SmilChr04G003671 Chr04 NC_080390.1:53167265-53167276promoter 内 3862-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53167404-53170482(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCGACACGTGGC
SmilChr04G002905 Chr04 NC_080390.1:45324656-45324667promoter 内 3828-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45323556-45324494(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGAGACGTGGG
SmilChr01G002401 Chr01 NC_080387.1:41357112-41357123promoter 内 3822-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41357291-41358965(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr04G001000 Chr04 NC_080390.1:13890202-13890213promoter 内 3776-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13890427-13890912(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGTC
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34491676-34491687promoter 内 3756-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGAGACGTGGG
SmilChr02G004623 Chr02 NC_080388.1:68739924-68739935promoter 内 3642-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68739106-68739576(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACCGACGTGGT
SmilChr04G000673 Chr04 NC_080390.1:7632048-7632059promoter 内 3597-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7632452-7633045(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTTGG
SmilChr01G003406 Chr01 NC_080387.1:52725527-52725538promoter 内 3547-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52725981-52727578(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCCGACGTGGA
SmilChr04G003455 Chr04 NC_080390.1:51038522-51038533promoter 内 3486-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51036600-51038018(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGATAA
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