转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 75 / 133 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59287592-59287601promoter 内 3878-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 59287715-59289915(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr02G001423 Chr02 NC_080388.1:26829591-26829600promoter 内 3622-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 26829970-26830536(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3680302-3680311promoter 内 1375-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 3676633-3677685(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr01G005534 Chr01 NC_080387.1:72177107-72177116promoter 内 3070-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 72178038-72180187(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr01G000010 Chr01 NC_080387.1:226637-226646promoter 内 2769-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 221140-225414(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28013694-28013703promoter 内 1492-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 28010553-28011194(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr02G004838 Chr02 NC_080388.1:70499997-70500006promoter 内 1035-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 70495683-70497040(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72177107-72177116promoter 内 490-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 72171487-72173605(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr02G001710 Chr02 NC_080388.1:31497597-31497606promoter 内 486-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 31501112-31504383(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72895985-72895994promoter 内 3911-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59589756-59589765promoter 内 3908-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 59589849-59591916(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr03G000193 Chr03 NC_080389.1:2134082-2134091promoter 内 3876-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2134207-2145325(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr02G002293 Chr02 NC_080388.1:40463673-40463682promoter 内 3864-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40461289-40463545(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58207872-58207881promoter 内 3799-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 58208074-58213277(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr01G005000 Chr01 NC_080387.1:68049275-68049284promoter 内 3782-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 68049494-68051092(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr01G000950 Chr01 NC_080387.1:20134758-20134767promoter 内 3459-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 20135300-20137758(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74971527-74971536promoter 内 3410-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74972118-74974885(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51983167-51983176promoter 内 3367-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr04G001757 Chr04 NC_080390.1:28895415-28895424promoter 内 3318-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28893823-28894741(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr01G005407 Chr01 NC_080387.1:71330263-71330272promoter 内 3048-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71327720-71329319(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr02G003129 Chr02 NC_080388.1:52320961-52320970promoter 内 3047-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 52318231-52320016(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr02G002294 Chr02 NC_080388.1:40463673-40463682promoter 内 3041-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40464633-40465469(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55026407-55026416promoter 内 3014-3023 bp + 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55020547-55025429(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr01G000543 Chr01 NC_080387.1:11130750-11130759promoter 内 3010-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 11131741-11134705(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr02G000003 Chr02 NC_080388.1:23339-23348promoter 内 2998-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 21172-22345(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr01G003830 Chr01 NC_080387.1:56636768-56636777promoter 内 2937-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56631798-56635713(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr02G002895 Chr02 NC_080388.1:49222685-49222694promoter 内 2918-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49223768-49231532(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr02G003793 Chr02 NC_080388.1:59589756-59589765promoter 内 2762-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 59579878-59588526(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAA
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31082997-31083006promoter 内 2683-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42163856-42163865promoter 内 2639-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCG
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61098414-61098423promoter 内 2541-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr02G001328 Chr02 NC_080388.1:24741352-24741361promoter 内 2528-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24742825-24747007(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr03G000926 Chr03 NC_080389.1:10602668-10602677promoter 内 2217-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 10604452-10607730(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51590623-51590632promoter 内 1923-1932 bp + 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
SmilChr02G000439 Chr02 NC_080388.1:5712944-5712953promoter 内 1913-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5709996-5710865(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCG
SmilChr03G003758 Chr03 NC_080389.1:56692100-56692109promoter 内 1863-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56686700-56689971(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAT
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