转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 76 / 131 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005576 Chr02 NC_080388.1:75616142-75616154promoter 内 382-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75619761-75623495(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGTTTTGACTTTT
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16221516-16221528promoter 内 40-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GACATTGACTTTA
SmilChr02G001633 Chr02 NC_080388.1:30287228-30287240promoter 内 3752-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 5 30284726-30286991(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATGCA
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16294087-16294099promoter 内 2654-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 16289859-16292752(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGCATTGACTTTA
SmilChr01G005975 Chr01 NC_080387.1:75418475-75418487promoter 内 1458-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 75414077-75415944(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAGTTGACTGTC
SmilChr02G001827 Chr02 NC_080388.1:33296405-33296417promoter 内 83-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 33289039-33292499(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAAGTCAAAGAC
SmilChr01G003843 Chr01 NC_080387.1:56755805-56755817promoter 内 3453-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 56755196-56755269(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGTTTTGACTTTC
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74759433-74759445promoter 内 3120-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 74755413-74758564(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTTTTTGACTTTG
SmilChr02G001001 Chr02 NC_080388.1:17641558-17641570promoter 内 2376-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 17633056-17639945(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AATAGTCAACATG
SmilChr01G002183 Chr01 NC_080387.1:37961479-37961491promoter 内 2246-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 37953853-37959736(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAAGTCAATGGT
SmilChr02G004837 Chr02 NC_080388.1:70493551-70493563promoter 内 2225-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 70490461-70491787(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAGTTTGACTTTG
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74426103-74426115promoter 内 1101-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 74421859-74423215(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAAAGC
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15681043-15681055promoter 内 184-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 15674776-15677238(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATTTTTGACTTTG
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38021832-38021844promoter 内 119-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 38015292-38017962(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCATTGACTTCG
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:510671-510683promoter 内 3750-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 504684-510432(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTTTTTGACTTTG
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72384544-72384556promoter 内 3701-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72384844-72390199(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGCATTGACTTTA
SmilChr01G006086 Chr01 NC_080387.1:76343498-76343510promoter 内 3636-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 76343863-76347883(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATGCA
SmilChr02G003821 Chr02 NC_080388.1:59832732-59832744promoter 内 3619-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 59823695-59832362(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGCATTGACTTTA
SmilChr02G003146 Chr02 NC_080388.1:52481529-52481541promoter 内 3593-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52480406-52481133(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGTGTTGACTTGC
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3867794-3867806promoter 内 3475-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 3859136-3867280(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAATGAC
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13136208-13136220promoter 内 3383-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 13130690-13135602(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAATTTC
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54299374-54299386promoter 内 3223-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54300152-54302260(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCTTTGACTTGC
SmilChr01G004074 Chr01 NC_080387.1:59178794-59178806promoter 内 3217-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 59176511-59178022(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCTTTGACTTAC
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59588911-59588923promoter 内 3063-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 59589849-59591916(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATGCA
SmilChr01G003312 Chr01 NC_080387.1:51831562-51831574promoter 内 2787-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51832776-51833922(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAGTTGACTGTC
SmilChr02G002324 Chr02 NC_080388.1:40923032-40923044promoter 内 2599-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 40920720-40921642(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAAATTC
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34101636-34101648promoter 内 2570-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34103067-34110484(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAATTTC
SmilChr03G001735 Chr03 NC_080389.1:23321825-23321837promoter 内 2546-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 23323280-23324585(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAGTTGACTGTC
SmilChr01G001537 Chr01 NC_080387.1:29397472-29397484promoter 内 2495-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29394965-29395978(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAAGA
SmilChr01G005920 Chr01 NC_080387.1:75033414-75033426promoter 内 2493-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75030558-75031918(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAAAGAT
SmilChr02G001915 Chr02 NC_080388.1:34482560-34482572promoter 内 2357-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34473512-34480928(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAATTTC
SmilChr01G005399 Chr01 NC_080387.1:71252923-71252935promoter 内 2308-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 71254616-71256083(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGGGTTGACTGTG
SmilChr02G001396 Chr02 NC_080388.1:26487696-26487708promoter 内 2250-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26489447-26491321(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCTTTTGACTTTT
SmilChr01G005140 Chr01 NC_080387.1:69172466-69172478promoter 内 2240-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 69174227-69175474(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAAACT
SmilChr01G004646 Chr01 NC_080387.1:64520952-64520964promoter 内 2226-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64517654-64519189(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAAGA
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34334323-34334335promoter 内 2188-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGGTTGACTCTC
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