转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 77 / 133 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001126 Chr03 NC_080389.1:12978627-12978636promoter 内 1126-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 12973581-12975761(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGGCGTGGCA
SmilChr02G004077 Chr02 NC_080388.1:63058250-63058259promoter 内 1068-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 63061183-63063735(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr03G004262 Chr03 NC_080389.1:61114118-61114127promoter 内 979-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 61109432-61111105(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr02G004076 Chr02 NC_080388.1:63058214-63058223promoter 内 825-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 63053717-63055047(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G001028 Chr03 NC_080389.1:12002787-12002796promoter 内 448-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 12006340-12007381(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCG
SmilChr04G001635 Chr04 NC_080390.1:27122706-27122715promoter 内 443-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 27126264-27131089(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G001385 Chr03 NC_080389.1:16369664-16369673promoter 内 371-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 16373294-16374594(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGGCGTGGCA
SmilChr03G004381 Chr03 NC_080389.1:62022110-62022119promoter 内 3963-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62022148-62027841(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G003741 Chr03 NC_080389.1:56464671-56464680promoter 内 3931-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56460675-56464610(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAT
SmilChr01G002874 Chr01 NC_080387.1:47335445-47335454promoter 内 3929-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47334007-47335382(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr04G000895 Chr04 NC_080390.1:11510058-11510067promoter 内 3916-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 11509075-11509982(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G001248 Chr03 NC_080389.1:14377861-14377870promoter 内 3911-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14377951-14385049(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr03G003645 Chr03 NC_080389.1:55125622-55125631promoter 内 3895-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55124810-55125525(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr02G003925 Chr02 NC_080388.1:61329432-61329441promoter 内 3867-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61329566-61330255(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr04G001212 Chr04 NC_080390.1:18845751-18845760promoter 内 3787-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18845965-18849480(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr02G003510 Chr02 NC_080388.1:56306287-56306296promoter 内 3765-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56306523-56307767(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr03G004271 Chr03 NC_080389.1:61177661-61177670promoter 内 3749-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61172726-61177418(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr02G005085 Chr02 NC_080388.1:72476241-72476250promoter 内 3735-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72474431-72475984(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr01G005772 Chr01 NC_080387.1:73796745-73796754promoter 内 3598-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73797148-73800097(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21219954-21219963promoter 内 3594-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21220361-21223520(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTG
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76052772-76052781promoter 内 3455-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G000131 Chr03 NC_080389.1:1446746-1446755promoter 内 3404-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1447343-1448228(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr03G002499 Chr03 NC_080389.1:39811327-39811336promoter 内 3367-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39808289-39810702(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAT
SmilChr02G004040 Chr02 NC_080388.1:62716637-62716646promoter 内 3356-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62717282-62719057(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr03G004272 Chr03 NC_080389.1:61177661-61177670promoter 内 3315-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61178347-61186646(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTG
SmilChr04G000198 Chr04 NC_080390.1:1777601-1777610promoter 内 3232-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1773695-1776841(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr03G004667 Chr03 NC_080389.1:64137654-64137663promoter 内 3210-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64135070-64136872(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGAG
SmilChr02G003465 Chr02 NC_080388.1:55939506-55939515promoter 内 3195-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55940312-55951864(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCG
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35427746-35427755promoter 内 3162-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35428585-35432335(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCG
SmilChr04G000028 Chr04 NC_080390.1:296313-296322promoter 内 3133-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 297181-300907(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCG
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16859504-16859513promoter 内 3115-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16857776-16858627(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CAACGTGGCC
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12220131-12220140promoter 内 3112-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 12216912-12219251(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGGCGTGGCA
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943137-35943146promoter 内 3106-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr02G000442 Chr02 NC_080388.1:5753561-5753570promoter 内 3103-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5754459-5756152(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGGCGTGGCA
SmilChr03G003851 Chr03 NC_080389.1:57632797-57632806promoter 内 3078-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57633720-57637407(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCA
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61076023-61076032promoter 内 3058-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61076966-61079679(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTG
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