转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 77 / 130 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73511267-73511275promoter 内 1001-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 73504800-73508275(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G005548 Chr02 NC_080388.1:75461054-75461062promoter 内 998-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 75464057-75468855(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23566831-23566839promoter 内 994-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 23562783-23563832(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G005835 Chr01 NC_080387.1:74368691-74368699promoter 内 990-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74361036-74365688(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G005328 Chr02 NC_080388.1:74137884-74137892promoter 内 985-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74129528-74134876(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr03G000007 Chr03 NC_080389.1:96399-96407promoter 内 973-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 90718-93379(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16133214-16133222promoter 内 966-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 16127729-16130187(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69025758-69025766promoter 内 966-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 69028793-69031788(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G001339 Chr01 NC_080387.1:26632209-26632217promoter 内 965-973 bp + 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 26626495-26629181(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr02G001699 Chr02 NC_080388.1:31325050-31325058promoter 内 964-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 31320807-31322021(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G002520 Chr01 NC_080387.1:43152889-43152897promoter 内 960-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 43155930-43159761(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G000086 Chr01 NC_080387.1:1597780-1597788promoter 内 954-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 1600827-1602069(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74137884-74137892promoter 内 950-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74096698-74134841(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72326382-72326390promoter 内 946-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 72329437-72330275(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45780278-45780286promoter 内 943-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 45769517-45777228(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G003472 Chr02 NC_080388.1:56035334-56035342promoter 内 940-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 56029282-56032281(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G001745 Chr02 NC_080388.1:32035564-32035572promoter 内 930-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 32038635-32039596(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr03G000033 Chr03 NC_080389.1:408568-408576promoter 内 930-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 411639-417891(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G003871 Chr02 NC_080388.1:60722752-60722760promoter 内 918-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 60725835-60728328(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58645457-58645465promoter 内 917-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 58648541-58658191(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7545347-7545355promoter 内 913-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 7540437-7542267(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G003256 Chr02 NC_080388.1:53874443-53874451promoter 内 910-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 53862311-53871360(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18816749-18816757promoter 内 908-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 18819842-18819997(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G002945 Chr02 NC_080388.1:49970143-49970151promoter 内 900-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 49966577-49967050(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G005190 Chr02 NC_080388.1:73186528-73186536promoter 内 898-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 73189631-73193461(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G005845 Chr01 NC_080387.1:74430744-74430752promoter 内 897-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74426812-74427648(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G002758 Chr02 NC_080388.1:47623457-47623465promoter 内 895-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 47626563-47627193(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G005692 Chr01 NC_080387.1:73201587-73201595promoter 内 881-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 73197240-73198475(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr01G003129 Chr01 NC_080387.1:50124099-50124107promoter 内 879-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 50118234-50120985(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G001489 Chr01 NC_080387.1:28667781-28667789promoter 内 861-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28670921-28673589(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G004100 Chr01 NC_080387.1:59459079-59459087promoter 内 857-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 59462223-59463940(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44999417-44999425promoter 内 851-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 44995205-44996275(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G002026 Chr02 NC_080388.1:36505945-36505953promoter 内 844-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 36502182-36502796(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G000931 Chr01 NC_080387.1:19721754-19721762promoter 内 839-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 19724916-19729375(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G005870 Chr01 NC_080387.1:74647567-74647575promoter 内 837-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74642540-74644411(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G000131 Chr02 NC_080388.1:1802148-1802156promoter 内 837-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 1797090-1798992(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr03G000578 Chr03 NC_080389.1:6416307-6416315promoter 内 827-835 bp + 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 6412203-6413141(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
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