转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 78 / 138 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1687412-1687422promoter 内 2264-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1689149-1692030(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9997076-9997086promoter 内 2259-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G004186 Chr01 NC_080387.1:60288329-60288339promoter 内 2188-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 60290142-60296371(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGATT
SmilChr03G003514 Chr03 NC_080389.1:53739178-53739188promoter 内 2176-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53741003-53748268(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr02G003469 Chr02 NC_080388.1:56003372-56003382promoter 内 2170-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55986963-56001551(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75233071-75233081promoter 内 2068-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTACGTACAAA
SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52216986-52216996promoter 内 2058-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52205301-52215053(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr02G005502 Chr02 NC_080388.1:75154188-75154198promoter 内 2029-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 75156160-75159521(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61767131-61767141promoter 内 2001-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 61769131-61770352(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G004560 Chr01 NC_080387.1:63679252-63679262promoter 内 1994-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63681259-63684041(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr03G001043 Chr03 NC_080389.1:12149379-12149389promoter 内 1987-1997 bp - 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12151393-12152825(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G004609 Chr01 NC_080387.1:64066722-64066732promoter 内 1913-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 64061550-64064644(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAA
SmilChr01G005805 Chr01 NC_080387.1:74103647-74103657promoter 内 1899-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 74105749-74106857(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr02G000433 Chr02 NC_080388.1:5618828-5618838promoter 内 1881-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 5620948-5625593(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCACGTACAAC
SmilChr01G005506 Chr01 NC_080387.1:71918069-71918079promoter 内 1861-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 71920209-71927452(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTACGTACAAA
SmilChr02G002429 Chr02 NC_080388.1:42308136-42308146promoter 内 1836-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42310301-42311440(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGACT
SmilChr01G002582 Chr01 NC_080387.1:43958151-43958161promoter 内 1833-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43953659-43955993(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70394402-70394412promoter 内 1758-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr03G001392 Chr03 NC_080389.1:16501990-16502000promoter 内 1719-1729 bp - 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 16504272-16507413(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G001648 Chr01 NC_080387.1:30542423-30542433promoter 内 1699-1709 bp + 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30538737-30540131(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G001364 Chr01 NC_080387.1:27009784-27009794promoter 内 1675-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 27012110-27014449(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47390208-47390218promoter 内 1607-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 47392602-47393188(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGAGC
SmilChr01G002370 Chr01 NC_080387.1:40883959-40883969promoter 内 1545-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40886415-40886816(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGACT
SmilChr01G002144 Chr01 NC_080387.1:37427817-37427827promoter 内 1544-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37430274-37436163(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G004559 Chr01 NC_080387.1:63679252-63679262promoter 内 1544-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63672047-63676805(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr03G000234 Chr03 NC_080389.1:2800009-2800019promoter 内 1517-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2794881-2797535(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57406837-57406847promoter 内 1459-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGATT
SmilChr02G000305 Chr02 NC_080388.1:3845149-3845159promoter 内 1437-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 3847713-3851771(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACCGA
SmilChr02G004569 Chr02 NC_080388.1:68208927-68208937promoter 内 1423-1433 bp - 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 68201051-68206359(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr03G000836 Chr03 NC_080389.1:9575926-9575936promoter 内 1365-1375 bp + 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9578562-9582344(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGACT
SmilChr01G000418 Chr01 NC_080387.1:8433940-8433950promoter 内 1338-1348 bp - 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8436603-8437870(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AATCGTACAAC
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73328875-73328885promoter 内 1298-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGAGC
SmilChr03G002082 Chr03 NC_080389.1:32046293-32046303promoter 内 1276-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 32039069-32043578(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50968739-50968749promoter 内 1275-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTT
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24789694-24789704promoter 内 1252-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCACGTACAAC
SmilChr01G001256 Chr01 NC_080387.1:25205413-25205423promoter 内 1240-1250 bp + 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 25198578-25202662(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAAGTACAAT
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