转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 8 / 120 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002814 Chr07 NC_080393.1:28173351-28173369promoter 内 3222-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 28174130-28175488(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr07G002294 Chr07 NC_080393.1:21215112-21215130promoter 内 3209-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 21211225-21214338(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr01G003021 Chr01 NC_080387.1:49236281-49236299promoter 内 3070-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49226403-49235368(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr06G001519 Chr06 NC_080392.1:16360957-16360975promoter 内 2978-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16359021-16359952(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr06G000345 Chr06 NC_080392.1:2620790-2620808promoter 内 2970-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2617274-2619777(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr06G000744 Chr06 NC_080392.1:6917686-6917704promoter 内 2904-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6910599-6916607(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr05G001800 Chr05 NC_080391.1:17750319-17750337promoter 内 2865-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17744931-17749201(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr02G004308 Chr02 NC_080388.1:65453262-65453280promoter 内 2777-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 65454486-65460577(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12752314-12752332promoter 内 2766-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12753549-12754367(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr07G000080 Chr07 NC_080393.1:389090-389108promoter 内 2696-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 390395-391235(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr02G003710 Chr02 NC_080388.1:58690728-58690746promoter 内 2618-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58688629-58689363(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr08G001910 Chr08 NC_080394.1:16621286-16621304promoter 内 2599-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16622688-16626133(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr06G001228 Chr06 NC_080392.1:12682534-12682552promoter 内 2578-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12683957-12689040(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr02G002288 Chr02 NC_080388.1:40415607-40415625promoter 内 2545-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40417063-40422432(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr06G003118 Chr06 NC_080392.1:44012327-44012345promoter 内 2544-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44013784-44015887(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr01G005246 Chr01 NC_080387.1:69974584-69974602promoter 内 2538-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69976047-69976967(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr01G005103 Chr01 NC_080387.1:68823161-68823179promoter 内 2518-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68818996-68821696(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr05G002747 Chr05 NC_080391.1:31682697-31682715promoter 内 2494-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31684204-31686293(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTTCTAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G005456 Chr01 NC_080387.1:71596904-71596922promoter 内 2464-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71598441-71600735(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr03G002011 Chr03 NC_080389.1:30048926-30048944promoter 内 2439-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30046483-30047382(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr05G003068 Chr05 NC_080391.1:38561192-38561210promoter 内 2427-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38559289-38559636(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54921845-54921863promoter 内 2416-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54923430-54924421(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr07G002857 Chr07 NC_080393.1:28726126-28726144promoter 内 2403-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 28727724-28732081(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr05G002116 Chr05 NC_080391.1:22220926-22220944promoter 内 2391-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22222536-22224722(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr04G004160 Chr04 NC_080390.1:56285410-56285428promoter 内 2375-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56287036-56288624(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr04G002664 Chr04 NC_080390.1:42048121-42048139promoter 内 2317-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42044750-42046455(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr05G000066 Chr05 NC_080391.1:326309-326327promoter 内 2303-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 323560-324629(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr02G004859 Chr02 NC_080388.1:70724934-70724952promoter 内 2302-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 70720193-70723253(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCATTTTAGGAAAGT
SmilChr05G000013 Chr05 NC_080391.1:64836-64854promoter 内 2261-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60245-63114(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr07G004474 Chr07 NC_080393.1:57289294-57289312promoter 内 2258-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57291037-57297593(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr03G000269 Chr03 NC_080389.1:3106586-3106604promoter 内 2228-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3100105-3104831(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54298351-54298369promoter 内 2200-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54300152-54302260(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
SmilChr05G000534 Chr05 NC_080391.1:4092189-4092207promoter 内 2153-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4084664-4090359(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATGGAAAT
SmilChr08G000690 Chr08 NC_080394.1:5134913-5134931promoter 内 2139-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5128006-5133069(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTAAAA
SmilChr01G004318 Chr01 NC_080387.1:61365071-61365089promoter 内 2020-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61362069-61363108(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCCAAAAAGGAAAG
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