转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 80 / 125 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3465340-3465359promoter 内 187-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3469154-3470115(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAATACAAAGAAAGC
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42393816-42393835promoter 内 88-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTCTTTTTTCTTTTTTCC
SmilChr01G000705 Chr01 NC_080387.1:15836270-15836289promoter 内 56-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15830954-15832344(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAGAAGAAAAAAAAATA
SmilChr03G002812 Chr03 NC_080389.1:44583184-44583203promoter 内 8-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44587177-44590718(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AATAAAAAGAGAAAGAGAAA
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33664916-33664935promoter 内 69-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 5 33657329-33661003(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAACAGACAAAAAGACA
SmilChr03G003104 Chr03 NC_080389.1:48177376-48177395promoter 内 3711-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 48177666-48181769(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAGAAAAGAAAAAAAGG
SmilChr03G002543 Chr03 NC_080389.1:40612972-40612991promoter 内 2330-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 40614643-40617797(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCTTTTTTTTTTTTTCTCTC
SmilChr03G002170 Chr03 NC_080389.1:33750935-33750954promoter 内 1542-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 33746205-33748495(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTTTTTTGTTTCCTTGTT
SmilChr02G000972 Chr02 NC_080388.1:17014823-17014842promoter 内 2846-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 17015978-17017336(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr02G001354 Chr02 NC_080388.1:25300918-25300937promoter 内 2652-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 25302267-25304190(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46151144-46151163promoter 内 2528-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 46152617-46155559(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25762536-25762555promoter 内 2029-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 25759521-25760583(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr02G001891 Chr02 NC_080388.1:34215460-34215479promoter 内 1661-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 34217800-34219981(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATGAAAAAGACCAAGGAGAG
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17014823-17014842promoter 内 1386-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 17017438-17018094(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr01G000851 Chr01 NC_080387.1:18389031-18389050promoter 内 1314-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 18382740-18386363(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ACTTTTTTTTTCTTTTTGTT
SmilChr02G001183 Chr02 NC_080388.1:21737382-21737401promoter 内 1161-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 21740222-21749211(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTGTCATTCTTTT
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13564500-13564519promoter 内 13-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 13557593-13560531(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTGTTTCCTTTTT
SmilChr03G001023 Chr03 NC_080389.1:11864387-11864406promoter 内 3977-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 11864411-11867753(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGAAAAAGGATAT
SmilChr01G003870 Chr01 NC_080387.1:56951451-56951470promoter 内 3797-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56951655-56955578(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGAGAAGAGAGAAAAAAAAT
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8446325-8446344promoter 内 3714-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 8446612-8447289(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTGAGTTTGTCTTTGTGTT
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16021112-16021131promoter 内 3500-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 16012908-16020630(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GCTGATATTGTCTTCTTCCC
SmilChr02G003055 Chr02 NC_080388.1:51331617-51331636promoter 内 3490-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51332128-51335182(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGGAGAAGAAGAAAAAAAGA
SmilChr01G004649 Chr01 NC_080387.1:64568558-64568577promoter 内 3147-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 64569412-64572379(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAAAAAAAACC
SmilChr02G001896 Chr02 NC_080388.1:34263579-34263598promoter 内 3093-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 34264487-34266626(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCCAAAAAGACACAAAGAAG
SmilChr02G002977 Chr02 NC_080388.1:50327526-50327545promoter 内 3088-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50328439-50330654(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTCTTCTTTTTCTT
SmilChr03G000518 Chr03 NC_080389.1:5574649-5574668promoter 内 3065-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 5575585-5578173(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAATCTTTTGTCTGTTTGTT
SmilChr03G002842 Chr03 NC_080389.1:44966634-44966653promoter 内 3008-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 44963780-44965660(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAGAAAAGACAAAACAGCA
SmilChr02G000029 Chr02 NC_080388.1:304883-304902promoter 内 2931-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 305953-343096(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTCTTGCCCTA
SmilChr01G001639 Chr01 NC_080387.1:30423644-30423663promoter 内 2632-2651 bp - 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 30420018-30422294(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAGGAAGACAACGATGAG
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53490874-53490893promoter 内 2603-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 53484523-53489495(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTCCTTTTTCTTTTTTTT
SmilChr01G001943 Chr01 NC_080387.1:34614456-34614475promoter 内 2582-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 34615875-34620087(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTTTTTTTTCTTCTTTTCCT
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65095876-65095895promoter 内 2514-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 65097363-65099823(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGTTTTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G003869 Chr01 NC_080387.1:56950061-56950080promoter 内 2432-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56938006-56948511(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGAGAAGAGAGAAAAAAAAT
SmilChr03G003578 Chr03 NC_080389.1:54389825-54389844promoter 内 2305-2324 bp - 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 54391521-54397746(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTCTCTCTCCTCGTTTTCTT
SmilChr03G000052 Chr03 NC_080389.1:521231-521250promoter 内 2301-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 517600-519550(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAAACAAAAACTGG
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