转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 82 / 160 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001096 Chr03 NC_080389.1:12646981-12646991promoter 内 3185-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12647797-12648573(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAA
SmilChr03G003434 Chr03 NC_080389.1:52697813-52697823promoter 内 3184-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52698630-52700360(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCTTACGTGT
SmilChr05G003127 Chr05 NC_080391.1:39906118-39906128promoter 内 3179-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39904125-39905306(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCTTACGTGT
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52217962-52217972promoter 内 3177-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52214949-52217148(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGTTACGTGC
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38757171-38757181promoter 内 3097-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38751506-38756277(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAAATACGTGT
SmilChr03G002829 Chr03 NC_080389.1:44764957-44764967promoter 内 3082-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44763431-44764048(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGT
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18506968-18506978promoter 内 3070-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTGTTACGTAT
SmilChr05G000836 Chr05 NC_080391.1:6591366-6591376promoter 内 3070-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6589888-6590445(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAAATACGTGT
SmilChr01G005231 Chr01 NC_080387.1:69900660-69900670promoter 内 3068-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69901593-69901665(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTC
SmilChr03G000382 Chr03 NC_080389.1:4272260-4272270promoter 内 3044-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4267923-4271313(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAA
SmilChr01G001950 Chr01 NC_080387.1:34720221-34720231promoter 内 3039-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34721183-34724427(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAAATACGTGT
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48508480-48508490promoter 内 3030-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGT
SmilChr02G001752 Chr02 NC_080388.1:32211555-32211565promoter 内 3014-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32208725-32210578(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAA
SmilChr05G002887 Chr05 NC_080391.1:34594076-34594086promoter 内 3005-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34595072-34603169(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGT
SmilChr03G000487 Chr03 NC_080389.1:5193810-5193820promoter 内 2991-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5194820-5202987(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTC
SmilChr02G001087 Chr02 NC_080388.1:19495808-19495818promoter 内 2981-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19496828-19501964(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAG
SmilChr06G000304 Chr06 NC_080392.1:2190368-2190378promoter 内 2980-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2186340-2189357(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CACTTACGTGG
SmilChr05G000500 Chr05 NC_080391.1:3904428-3904438promoter 内 2975-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3905454-3909765(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGT
SmilChr03G001045 Chr03 NC_080389.1:12166594-12166604promoter 内 2957-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12167638-12168189(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAA
SmilChr03G003478 Chr03 NC_080389.1:53330445-53330455promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53316999-53329390(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGT
SmilChr01G005446 Chr01 NC_080387.1:71551649-71551659promoter 内 2922-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71546333-71550580(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGGC
SmilChr05G001859 Chr05 NC_080391.1:18623010-18623020promoter 内 2888-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18617954-18621907(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTC
SmilChr02G000709 Chr02 NC_080388.1:11435857-11435867promoter 内 2885-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11436973-11442426(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGT
SmilChr01G005153 Chr01 NC_080387.1:69317963-69317973promoter 内 2876-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69319088-69323489(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGTTACGTGC
SmilChr02G000926 Chr02 NC_080388.1:16102162-16102172promoter 内 2867-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16103296-16108705(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTC
SmilChr01G002235 Chr01 NC_080387.1:38878021-38878031promoter 内 2840-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38879182-38881841(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAAATACGTGT
SmilChr03G001536 Chr03 NC_080389.1:19266828-19266838promoter 内 2838-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19261872-19265675(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCTTACGTGT
SmilChr05G003725 Chr05 NC_080391.1:50346783-50346793promoter 内 2809-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50347975-50352669(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAG
SmilChr03G000269 Chr03 NC_080389.1:3106015-3106025promoter 内 2807-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3100105-3104831(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAG
SmilChr05G002103 Chr05 NC_080391.1:22038388-22038398promoter 内 2807-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22033520-22037204(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGT
SmilChr03G000969 Chr03 NC_080389.1:10989430-10989440promoter 内 2785-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10987058-10988224(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCTTACGTGT
SmilChr02G000681 Chr02 NC_080388.1:10743550-10743560promoter 内 2740-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10718197-10742299(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGT
SmilChr03G004195 Chr03 NC_080389.1:60607521-60607531promoter 内 2724-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60603162-60606254(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAAATACGTGT
SmilChr02G000674 Chr02 NC_080388.1:10437553-10437563promoter 内 2711-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10438843-10440022(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCTTACGTGT
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64063211-64063221promoter 内 2696-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64059365-64061916(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAG
SmilChr02G004558 Chr02 NC_080388.1:68108889-68108899promoter 内 2669-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68103579-68107567(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTC
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