转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 88 / 151 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000702 Chr05 NC_080391.1:5287042-5287054promoter 内 1447-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 5289596-5291558(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65269974-65269986promoter 内 1418-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 65272557-65278064(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45704329-45704341promoter 内 1307-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 45707023-45710536(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAATTTAGGTAAA
SmilChr02G002262 Chr02 NC_080388.1:40075563-40075575promoter 内 915-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 40078649-40081433(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAATTTAGGTAAA
SmilChr01G005069 Chr01 NC_080387.1:68577721-68577733promoter 内 898-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 68580824-68582934(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCTGC
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38720276-38720288promoter 内 794-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 38716641-38717081(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTGATAGGTAAG
SmilChr01G005067 Chr01 NC_080387.1:68574299-68574311promoter 内 707-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 68568047-68571017(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr05G000477 Chr05 NC_080391.1:3680873-3680885promoter 内 699-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 3684175-3686619(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGTTTAGGTAAA
SmilChr02G003036 Chr02 NC_080388.1:51073259-51073271promoter 内 511-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 51076749-51078464(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70723511-70723523promoter 内 379-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 70715872-70719901(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr04G001275 Chr04 NC_080390.1:20293649-20293661promoter 内 297-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 20273678-20289957(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr02G001940 Chr02 NC_080388.1:34951756-34951768promoter 内 285-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 34945845-34948052(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079286-56079298promoter 内 271-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56083016-56085836(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAGGTAGGCGAC
SmilChr01G004360 Chr01 NC_080387.1:61794463-61794475promoter 内 247-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 61789442-61790721(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr02G003757 Chr02 NC_080388.1:59226160-59226172promoter 内 165-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 59219112-59222336(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr03G001061 Chr03 NC_080389.1:12301674-12301686promoter 内 63-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 12305612-12307042(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCTC
SmilChr04G000334 Chr04 NC_080390.1:3086836-3086848promoter 内 3977-3989 bp - 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3073698-3086824(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTAGC
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37716404-37716416promoter 内 3926-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37713921-37716341(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr03G004178 Chr03 NC_080389.1:60508126-60508138promoter 内 3897-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60508230-60512557(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68726551-68726563promoter 内 3882-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGATTTAGGTAAA
SmilChr04G002496 Chr04 NC_080390.1:39883983-39883995promoter 内 3851-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39880469-39883845(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCGAA
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13420288-13420300promoter 内 3830-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13412868-13420129(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr02G005207 Chr02 NC_080388.1:73305127-73305139promoter 内 3809-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73305319-73307739(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr05G001302 Chr05 NC_080391.1:11249990-11250002promoter 内 3793-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11246094-11249794(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATTAGGTAAT
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55107282-55107294promoter 内 3788-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr03G002946 Chr03 NC_080389.1:46201751-46201763promoter 内 3771-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46198180-46201533(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr02G005206 Chr02 NC_080388.1:73300313-73300325promoter 内 3747-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73300567-73302950(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr02G004724 Chr02 NC_080388.1:69495233-69495245promoter 内 3727-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69495507-69496912(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr02G000052 Chr02 NC_080388.1:698744-698756promoter 内 3713-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 694513-698468(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr04G003615 Chr04 NC_080390.1:52644521-52644533promoter 内 3707-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52635040-52644239(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr04G000234 Chr04 NC_080390.1:2080191-2080203promoter 内 3690-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2074561-2079892(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45934787-45934799promoter 内 3626-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATTAGGTAAT
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44332770-44332782promoter 内 3621-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44330640-44332402(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr04G000911 Chr04 NC_080390.1:11858064-11858076promoter 内 3570-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11855592-11857645(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr03G000381 Chr03 NC_080389.1:4263448-4263460promoter 内 3568-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4261829-4263027(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr03G001084 Chr03 NC_080389.1:12549774-12549786promoter 内 3535-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12550240-12551313(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr04G001239 Chr04 NC_080390.1:19464022-19464034promoter 内 3518-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19464505-19469117(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr03G003597 Chr03 NC_080389.1:54602013-54602025promoter 内 3503-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54602511-54604990(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr04G000452 Chr04 NC_080390.1:4804524-4804536promoter 内 3499-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4800931-4804034(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAATTTAGGTAAA
SmilChr02G001396 Chr02 NC_080388.1:26488940-26488952promoter 内 3494-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26489447-26491321(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACCACT
SmilChr03G001083 Chr03 NC_080389.1:12540611-12540623promoter 内 3473-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12541139-12542739(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr04G004015 Chr04 NC_080390.1:55430794-55430806promoter 内 3452-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55430097-55430257(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATTAGGTAAT
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32666109-32666121promoter 内 3438-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32666672-32668220(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTT
SmilChr03G001963 Chr03 NC_080389.1:28128790-28128802promoter 内 3431-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28123369-28128232(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr04G002531 Chr04 NC_080390.1:40377324-40377336promoter 内 3396-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40374252-40376731(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr04G002784 Chr04 NC_080390.1:43643536-43643548promoter 内 3359-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43639310-43642906(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAACTC
SmilChr04G002041 Chr04 NC_080390.1:33141518-33141530promoter 内 3337-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33138419-33140866(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG
SmilChr04G002791 Chr04 NC_080390.1:43795570-43795582promoter 内 3336-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43793632-43794917(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTT
SmilChr03G002710 Chr03 NC_080389.1:43059660-43059672promoter 内 3326-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43057702-43058997(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATCT
SmilChr05G001078 Chr05 NC_080391.1:8968228-8968240promoter 内 3303-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8968926-8973352(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAG