转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 89 / 138 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004186 Chr01 NC_080387.1:60289268-60289282promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60290142-60296371(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGAATGGC
SmilChr05G001786 Chr05 NC_080391.1:17595055-17595069promoter 内 3107-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17577998-17594175(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCATCCATA
SmilChr02G003152 Chr02 NC_080388.1:52552261-52552275promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52553161-52553772(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr03G004638 Chr03 NC_080389.1:63989305-63989319promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63986087-63988410(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCTTTCAACCGTTG
SmilChr02G000473 Chr02 NC_080388.1:6470703-6470717promoter 内 3030-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6467041-6469746(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGAGAAGACCGTTG
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71890902-71890916promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71888810-71889944(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr07G000767 Chr07 NC_080393.1:5372439-5372453promoter 内 3022-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5373418-5377930(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr03G000958 Chr03 NC_080389.1:10827767-10827781promoter 内 2973-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10828795-10831314(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAGTTA
SmilChr03G000966 Chr03 NC_080389.1:10885475-10885489promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10886523-10889652(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAGTTA
SmilChr05G000161 Chr05 NC_080391.1:1289460-1289474promoter 内 2940-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1285097-1288413(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAGTTA
SmilChr06G001515 Chr06 NC_080392.1:16257492-16257506promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16254121-16256414(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCATTCGCC
SmilChr07G002361 Chr07 NC_080393.1:21929862-21929876promoter 内 2894-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21923974-21928769(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTAGAGTACCGTTG
SmilChr07G002344 Chr07 NC_080393.1:21786035-21786049promoter 内 2811-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21781569-21784859(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr02G004147 Chr02 NC_080388.1:63791436-63791450promoter 内 2801-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63789223-63790250(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGAGTTTG
SmilChr06G002960 Chr06 NC_080392.1:42392582-42392596promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42393830-42394441(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCCAAACAACCGTTG
SmilChr08G002548 Chr08 NC_080394.1:24779674-24779688promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 24777108-24778432(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGAATCTACCGTTG
SmilChr08G000400 Chr08 NC_080394.1:2812131-2812145promoter 内 2664-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2803828-2810808(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCAAAAA
SmilChr05G002843 Chr05 NC_080391.1:33859978-33859992promoter 内 2654-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33861325-33870252(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTATGGGACCGTTT
SmilChr05G000171 Chr05 NC_080391.1:1345373-1345387promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1343933-1344016(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCTTTGGACCGTTG
SmilChr02G001031 Chr02 NC_080388.1:18240159-18240173promoter 内 2609-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18236777-18238781(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATTGTTGACCGTTT
SmilChr08G002262 Chr08 NC_080394.1:20875966-20875980promoter 内 2578-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20877389-20878027(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATGGTC
SmilChr02G002729 Chr02 NC_080388.1:47207706-47207720promoter 内 2546-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47205786-47206265(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTAGAGTACCGTTG
SmilChr07G001358 Chr07 NC_080393.1:10525697-10525711promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10527236-10531327(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTATGTTT
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10325667-10325681promoter 内 2460-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10327208-10331622(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAGTTA
SmilChr03G003388 Chr03 NC_080389.1:52256238-52256252promoter 内 2432-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52257807-52261126(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr01G003941 Chr01 NC_080387.1:57745229-57745243promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57746928-57753052(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr07G002739 Chr07 NC_080393.1:26898016-26898030promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26895394-26896312(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACCAGCCGACCGTTG
SmilChr06G001631 Chr06 NC_080392.1:18244277-18244291promoter 内 2275-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18246003-18246638(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATGGTC
SmilChr02G000879 Chr02 NC_080388.1:15161275-15161289promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15140088-15159501(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCTTTTACCGTTG
SmilChr07G001357 Chr07 NC_080393.1:10525697-10525711promoter 内 2208-2222 bp - 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10522972-10523918(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACATAAACCGTTG
SmilChr06G002809 Chr06 NC_080392.1:40792677-40792691promoter 内 2168-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40790412-40790858(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCGCAAT
SmilChr07G003810 Chr07 NC_080393.1:46956572-46956586promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46952603-46954672(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCTCTGC
SmilChr04G004117 Chr04 NC_080390.1:56066025-56066039promoter 内 2073-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56060212-56064111(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr01G002808 Chr01 NC_080387.1:46624864-46624878promoter 内 2063-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46620761-46622940(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCACACAC
SmilChr07G000144 Chr07 NC_080393.1:873047-873061promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 864747-871036(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGGGAATTACCGTTG
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