转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 9 / 139 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000065 Chr04 NC_080390.1:587653-587664promoter 内 2448-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 589206-590540(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGACCC
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962182-70962193promoter 内 2425-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTCACGTGGC
SmilChr01G002383 Chr01 NC_080387.1:41051323-41051334promoter 内 1766-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 41053558-41055142(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGACCC
SmilChr02G004894 Chr02 NC_080388.1:70962182-70962193promoter 内 433-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70965750-70969187(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGACCG
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70962182-70962193promoter 内 421-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTCACGTGGC
SmilChr03G003932 Chr03 NC_080389.1:58394225-58394236promoter 内 78-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58380573-58390313(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCCGACGTGGC
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596743-63596754promoter 内 3012-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 63594719-63595765(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCCGACGTGGC
SmilChr02G000678 Chr02 NC_080388.1:10589527-10589538promoter 内 3780-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 10580733-10589317(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACGC
SmilChr04G003446 Chr04 NC_080390.1:50979365-50979376promoter 内 920-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 50971642-50976295(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCCGACGTGGC
SmilChr02G004135 Chr02 NC_080388.1:63596743-63596754promoter 内 241-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 63600503-63600976(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCT
SmilChr03G004444 Chr03 NC_080389.1:62573763-62573774promoter 内 3934-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62573830-62580339(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCCGACGTGGC
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72350044-72350055promoter 内 3561-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71365587-72349615(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCT
SmilChr02G002411 Chr02 NC_080388.1:42086451-42086462promoter 内 2604-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42084993-42085065(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACGC
SmilChr02G003989 Chr02 NC_080388.1:62142927-62142938promoter 内 2257-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62140580-62141194(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGTGACGTGGC
SmilChr04G002049 Chr04 NC_080390.1:33214759-33214770promoter 内 1859-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33216901-33217485(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCGTGACGTGGC
SmilChr02G003822 Chr02 NC_080388.1:59837118-59837129promoter 内 3744-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 8 59837375-59843116(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr01G004818 Chr01 NC_080387.1:66352839-66352850promoter 内 2615-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 8 66354225-66356865(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCG
SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65439560-65439571promoter 内 3860-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 7 65438511-65439430(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGC
SmilChr03G002305 Chr03 NC_080389.1:36280936-36280947promoter 内 3452-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 6 36281485-36284227(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr03G001084 Chr03 NC_080389.1:12548491-12548502promoter 内 2252-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 6 12550240-12551313(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr03G001505 Chr03 NC_080389.1:18404146-18404157promoter 内 2119-2130 bp - 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 5 18406028-18407845(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACC
SmilChr02G003766 Chr02 NC_080388.1:59362144-59362155promoter 内 1248-1259 bp + 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 59364897-59366076(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGC
SmilChr03G003733 Chr03 NC_080389.1:56367428-56367439promoter 内 1158-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 56361768-56364596(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr04G000501 Chr04 NC_080390.1:5467300-5467311promoter 内 3928-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 5467373-5469188(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGC
SmilChr02G004124 Chr02 NC_080388.1:63501126-63501137promoter 内 3912-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 63501215-63502134(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGC
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74126718-74126729promoter 内 3908-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 74126811-74128986(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr02G004647 Chr02 NC_080388.1:68912448-68912459promoter 内 3662-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 68906280-68912120(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr03G000260 Chr03 NC_080389.1:3042971-3042982promoter 内 3220-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 3038683-3042201(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCT
SmilChr04G000044 Chr04 NC_080390.1:420260-420271promoter 内 2146-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 414793-418416(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCG
SmilChr02G005453 Chr02 NC_080388.1:74865055-74865066promoter 内 1512-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 74867544-74873718(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCG
SmilChr04G000046 Chr04 NC_080390.1:420260-420271promoter 内 1490-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 422771-424229(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr04G002101 Chr04 NC_080390.1:33900205-33900216promoter 内 3830-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 33895820-33900045(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGC
SmilChr02G003041 Chr02 NC_080388.1:51149152-51149163promoter 内 2748-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 51150405-51151238(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGGG
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51233216-51233227promoter 内 2562-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 51230962-51231788(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCC
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52390237-52390248promoter 内 2425-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 52391813-52392259(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATCC
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1863280-1863291promoter 内 2382-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 1864899-1867457(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGTGACGTGGG
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SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2410052-2410063promoter 内 3129-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2410924-2412487(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTTGACGTGGC