转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 92 / 134 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003193 Chr01 NC_080387.1:50681429-50681441promoter 内 1248-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 50684182-50687485(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTCAC
SmilChr02G002900 Chr02 NC_080388.1:49264165-49264177promoter 内 1041-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49267125-49269053(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATATAGTCAAAG
SmilChr02G004938 Chr02 NC_080388.1:71339169-71339181promoter 内 614-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 71342556-71350335(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTAAAGTCAAGA
SmilChr02G005596 Chr02 NC_080388.1:75710161-75710173promoter 内 290-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 75704910-75706462(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTCCTT
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17799698-17799710promoter 内 11-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 17803688-17804493(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTAGAAGTCAAGG
SmilChr01G002973 Chr01 NC_080387.1:48673658-48673670promoter 内 3952-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48673707-48675678(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTAAT
SmilChr01G002505 Chr01 NC_080387.1:42932958-42932970promoter 内 3920-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42933039-42935159(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGAGAGTCAAAG
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45068754-45068766promoter 内 3822-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45068933-45070075(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATATAGTCAAAG
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51019562-51019574promoter 内 3822-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATATAGTCAAAG
SmilChr01G005399 Chr01 NC_080387.1:71254341-71254353promoter 内 3726-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71254616-71256083(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTAAT
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72384546-72384558promoter 内 3703-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72384844-72390199(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTAAT
SmilChr03G000887 Chr03 NC_080389.1:10129205-10129217promoter 内 3689-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10123904-10128905(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTCTTC
SmilChr01G006086 Chr01 NC_080387.1:76343496-76343508promoter 内 3634-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 76343863-76347883(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTAAAGTCAATG
SmilChr02G003821 Chr02 NC_080388.1:59832730-59832742promoter 内 3621-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59823695-59832362(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTAAT
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42712794-42712806promoter 内 3584-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42711485-42712389(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATATAGTCAAAG
SmilChr02G004627 Chr02 NC_080388.1:68767567-68767579promoter 内 3572-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68763865-68767150(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTCCAAGTCAACG
SmilChr02G001414 Chr02 NC_080388.1:26764325-26764337promoter 内 3498-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26763248-26763834(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGAGAGTCAAAG
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75710161-75710173promoter 内 3473-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTCCTT
SmilChr02G005073 Chr02 NC_080388.1:72384546-72384558promoter 内 3446-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72382260-72384003(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTAAAGTCAATG
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18004346-18004358promoter 内 3401-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18002854-18003758(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGTAAGTCAACA
SmilChr01G005141 Chr01 NC_080387.1:69195940-69195952promoter 内 3400-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69196541-69199173(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCGAAAGTCAATA
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46722629-46722641promoter 内 3075-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46723555-46729059(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTAAT
SmilChr02G005599 Chr02 NC_080388.1:75710161-75710173promoter 内 3034-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75711128-75714339(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGGAAGTCAACT
SmilChr03G001021 Chr03 NC_080389.1:11816138-11816150promoter 内 3024-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11814058-11815173(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTGTCG
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58282155-58282167promoter 内 2781-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58274625-58280947(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCAGAAGTCAAAT
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7046022-7046034promoter 内 2778-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7047245-7048232(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTGTCG
SmilChr01G001840 Chr01 NC_080387.1:33340472-33340484promoter 内 2772-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33337817-33339255(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTATGACTTTTTC
SmilChr02G003038 Chr02 NC_080388.1:51095557-51095569promoter 内 2745-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51096813-51098669(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTAGAC
SmilChr02G005544 Chr02 NC_080388.1:75446159-75446171promoter 内 2647-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75441220-75444817(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTATGACTTTTTC
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58282155-58282167promoter 内 2387-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58283769-58293795(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTCTGG
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50035255-50035267promoter 内 2380-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTATAAGTCAACT
SmilChr02G004978 Chr02 NC_080388.1:71659983-71659995promoter 内 2368-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71661616-71665960(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCCAT
SmilChr01G003058 Chr01 NC_080387.1:49478260-49478272promoter 内 2246-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49480015-49481680(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTTAGG
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467295-49467307promoter 内 2230-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTACA
SmilChr02G000122 Chr02 NC_080388.1:1667903-1667915promoter 内 2183-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1663208-1666097(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTAAAGTCAAAT
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