转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 93 / 161 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002926 Chr07 NC_080393.1:29628720-29628731promoter 内 3796-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29627310-29628526(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr07G000690 Chr07 NC_080393.1:4720433-4720444promoter 内 3788-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4720646-4723656(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr06G000743 Chr06 NC_080392.1:6901668-6901679promoter 内 3729-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6900070-6901407(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr03G003381 Chr03 NC_080389.1:52170152-52170163promoter 内 3700-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52168285-52169862(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr07G002054 Chr07 NC_080393.1:18651354-18651365promoter 内 3697-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18647059-18651061(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr07G003877 Chr07 NC_080393.1:48362960-48362971promoter 内 3696-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48363265-48363826(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr05G003983 Chr05 NC_080391.1:53627287-53627298promoter 内 3674-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53626158-53626971(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr05G001373 Chr05 NC_080391.1:12256362-12256373promoter 内 3662-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12253839-12256034(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr03G004757 Chr03 NC_080389.1:64665209-64665220promoter 内 3657-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64665553-64667736(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr03G001832 Chr03 NC_080389.1:25123687-25123698promoter 内 3645-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25095084-25123342(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr02G003303 Chr02 NC_080388.1:54303982-54303993promoter 内 3629-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54300201-54303621(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22067976-22067987promoter 内 3629-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73883504-73883515promoter 内 3624-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6934631-6934642promoter 内 3598-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6929908-6934239(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr01G005614 Chr01 NC_080387.1:72668343-72668354promoter 内 3556-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72666111-72667909(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr03G001222 Chr03 NC_080389.1:14083076-14083087promoter 内 3547-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14078360-14082633(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr04G003813 Chr04 NC_080390.1:54278807-54278818promoter 内 3530-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54273051-54278347(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr01G005611 Chr01 NC_080387.1:72652733-72652744promoter 内 3508-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72653226-72654251(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G002133 Chr02 NC_080388.1:38387423-38387434promoter 内 3504-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38384804-38386937(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G005335 Chr02 NC_080388.1:74193886-74193897promoter 内 3495-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74191286-74193391(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr07G002304 Chr07 NC_080393.1:21329274-21329285promoter 内 3484-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21326660-21328768(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64077812-64077823promoter 内 3475-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64078338-64090839(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr06G000197 Chr06 NC_080392.1:1362268-1362279promoter 内 3473-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1359366-1361751(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr06G002723 Chr06 NC_080392.1:39342911-39342922promoter 内 3458-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39340379-39342379(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr08G001346 Chr08 NC_080394.1:10765238-10765249promoter 内 3453-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 10765786-10767087(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47727981-47727992promoter 内 3407-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47728575-47730018(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G003737 Chr02 NC_080388.1:59013722-59013733promoter 内 3398-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59014325-59019945(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr07G004141 Chr07 NC_080393.1:53202890-53202901promoter 内 3362-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53203529-53207576(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr07G004110 Chr07 NC_080393.1:52757187-52757198promoter 内 3330-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52752497-52756527(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr01G002984 Chr01 NC_080387.1:48767865-48767876promoter 内 3321-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48764304-48767196(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr02G004641 Chr02 NC_080388.1:68859988-68859999promoter 内 3309-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68860680-68866969(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr03G003949 Chr03 NC_080389.1:58551741-58551752promoter 内 3300-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58552442-58553992(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr05G002229 Chr05 NC_080391.1:23848702-23848713promoter 内 3293-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23849410-23854261(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr01G005975 Chr01 NC_080387.1:75416662-75416673promoter 内 3272-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75414077-75415944(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30347466-30347477promoter 内 3268-3279 bp - 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30341174-30346744(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATAGAA
SmilChr03G001203 Chr03 NC_080389.1:13872417-13872428promoter 内 3268-3279 bp - 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13873150-13876332(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTATTTTTGG
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