转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 97 / 121 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002836 Chr02 NC_080388.1:48507295-48507309promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48502269-48503745(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAACTCT
SmilChr01G000665 Chr01 NC_080387.1:14785631-14785645promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14789227-14791935(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTG
SmilChr03G004166 Chr03 NC_080389.1:60419415-60419429promoter 内 395-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 60423021-60429410(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAACAGAGATCTGAG
SmilChr04G002840 Chr04 NC_080390.1:44549496-44549510promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44543221-44545894(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTG
SmilChr01G000750 Chr01 NC_080387.1:16572188-16572202promoter 内 326-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16575863-16581141(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTTGG
SmilChr03G002565 Chr03 NC_080389.1:40853002-40853016promoter 内 301-315 bp + 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40848369-40849316(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATAAAA
SmilChr03G003506 Chr03 NC_080389.1:53662526-53662540promoter 内 299-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53666228-53668962(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTG
SmilChr05G001029 Chr05 NC_080391.1:8441346-8441360promoter 内 296-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8445051-8448787(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTTAGATCTACA
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35424854-35424868promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35428585-35432335(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATATT
SmilChr02G002116 Chr02 NC_080388.1:37910886-37910900promoter 内 264-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37914623-37951736(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAAAATC
SmilChr04G000106 Chr04 NC_080390.1:935104-935118promoter 内 260-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 938845-941620(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGCTTGT
SmilChr03G003473 Chr03 NC_080389.1:53219756-53219770promoter 内 168-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53211842-53215937(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCTTGGGATCTGAT
SmilChr01G002830 Chr01 NC_080387.1:46906995-46907009promoter 内 165-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46901493-46903173(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATGTAGATCTTAT
SmilChr04G003175 Chr04 NC_080390.1:48434956-48434970promoter 内 122-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48428402-48431091(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTG
SmilChr01G001260 Chr01 NC_080387.1:25286364-25286378promoter 内 65-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25290300-25293019(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTG
SmilChr04G002708 Chr04 NC_080390.1:42703861-42703875promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42707814-42709227(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGCCCA
SmilChr01G004924 Chr01 NC_080387.1:67302748-67302762promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 67306729-67311568(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAGTAGATCTCGT
SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37815065-37815079promoter 内 3501-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 37813497-37814579(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACCTAGATCCAGA
SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22369240-22369254promoter 内 3397-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 22367109-22368650(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTATCTAGATCTTAA
SmilChr01G002389 Chr01 NC_080387.1:41159103-41159117promoter 内 3377-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 41159727-41162434(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGCTAGATCTACG
SmilChr01G003019 Chr01 NC_080387.1:49211027-49211041promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 49208276-49210262(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTAGATCTAGTCGC
SmilChr05G000037 Chr05 NC_080391.1:164291-164305promoter 内 1810-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 166482-170355(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCTCTCT
SmilChr04G001376 Chr04 NC_080390.1:22369240-22369254promoter 内 1771-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 22365800-22367024(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTATCTAGATCTTAA
SmilChr01G000781 Chr01 NC_080387.1:17021054-17021068promoter 内 1631-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 17015675-17018698(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATGCCG
SmilChr04G002419 Chr04 NC_080390.1:38806650-38806664promoter 内 1631-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 38809020-38814236(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACCGTC
SmilChr04G001329 Chr04 NC_080390.1:21466756-21466770promoter 内 1397-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 21460731-21464166(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGGGTT
SmilChr01G004599 Chr01 NC_080387.1:63978849-63978863promoter 内 1042-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 63981808-63989116(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGTAGATCTAGT
SmilChr04G001378 Chr04 NC_080390.1:22369240-22369254promoter 内 1035-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 22372206-22374247(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAAGATCTAGATAG
SmilChr01G001916 Chr01 NC_080387.1:34303937-34303951promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 34307286-34312615(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAAGGG
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49211027-49211041promoter 内 83-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 49203621-49207123(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTAGATCTAGTCGC
SmilChr05G001064 Chr05 NC_080391.1:8797527-8797541promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8795282-8797512(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGATTAGATCTGCT
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31606777-31606791promoter 内 3890-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31598935-31606680(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTTTT
SmilChr04G002127 Chr04 NC_080390.1:34265379-34265393promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34263665-34265248(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAAATGC
SmilChr02G001895 Chr02 NC_080388.1:34252243-34252257promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34249888-34252092(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGACGGATCTGAA
SmilChr03G003529 Chr03 NC_080389.1:53909600-53909614promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53909769-53909904(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAAAGAGATCTGGG
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13224744-13224758promoter 内 3809-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13222908-13224566(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTTTT
SmilChr04G001990 Chr04 NC_080390.1:32208801-32208815promoter 内 3794-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32209008-32211377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTGATAGATCTGAA
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27407282-27407296promoter 内 3725-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27403928-27407020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGGATAGATCTGCG
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SmilChr03G000079 Chr03 NC_080389.1:958213-958227promoter 内 3663-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 955177-957889(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTTTT
SmilChr03G001321 Chr03 NC_080389.1:15465504-15465518promoter 内 3639-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15463229-15465156(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAAATA
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SmilChr04G003852 Chr04 NC_080390.1:54501313-54501327promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54495685-54500833(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAAATTA
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SmilChr03G003434 Chr03 NC_080389.1:52697991-52698005promoter 内 3362-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52698630-52700360(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGACGGATCTGAA
SmilChr03G002639 Chr03 NC_080389.1:41967839-41967853promoter 内 3358-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41968482-41969118(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGGCCC
SmilChr01G003888 Chr01 NC_080387.1:57197645-57197659promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57198320-57204154(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATTAGATCTTAT