转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 98 / 161 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004237 Chr03 NC_080389.1:60896721-60896734promoter 内 437-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60900285-60905623(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAAAGAA
SmilChr02G002911 Chr02 NC_080388.1:49407935-49407948promoter 内 419-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49411517-49415442(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTCTT
SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3885914-3885927promoter 内 415-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3889500-3892927(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTAAT
SmilChr06G000817 Chr06 NC_080392.1:7698426-7698439promoter 内 410-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7692165-7694848(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAATTTGACTTTTT
SmilChr04G000813 Chr04 NC_080390.1:10206231-10206244promoter 内 406-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10194500-10202649(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACAAGTCAACTCT
SmilChr01G001586 Chr01 NC_080387.1:29866341-29866354promoter 内 397-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29869945-29875021(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTCTT
SmilChr07G001140 Chr07 NC_080393.1:8563277-8563290promoter 内 380-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8556802-8559669(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTAC
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5766278-5766291promoter 内 375-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5769904-5771013(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTGTT
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2580335-2580348promoter 内 359-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAACAAT
SmilChr03G004201 Chr03 NC_080389.1:60632456-60632469promoter 内 336-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60636121-60638293(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTCAA
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3556212-3556225promoter 内 332-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTGTTTGACTTTTC
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40659688-40659701promoter 内 308-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40648123-40656008(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACTTT
SmilChr04G001647 Chr04 NC_080390.1:27398303-27398316promoter 内 301-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27392443-27394616(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACCTC
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38558174-38558187promoter 内 291-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38553610-38554477(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATAT
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641800-16641813promoter 内 280-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr01G004532 Chr01 NC_080387.1:63498945-63498958promoter 内 267-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63493513-63495224(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTATAT
SmilChr07G003968 Chr07 NC_080393.1:50517417-50517430promoter 内 255-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50509583-50513684(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAATGCA
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52957169-52957182promoter 内 251-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52952881-52953432(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACAAGTCAACTGC
SmilChr07G002440 Chr07 NC_080393.1:22831284-22831297promoter 内 232-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22827457-22827528(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr05G003466 Chr05 NC_080391.1:46050605-46050618promoter 内 203-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46045839-46046820(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCATTGACTTTTC
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635743-69635756promoter 内 197-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69627145-69631952(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACCTC
SmilChr01G002800 Chr01 NC_080387.1:46488383-46488396promoter 内 193-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46492191-46494360(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGTTGACTATTG
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73450202-73450215promoter 内 173-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGTTTGACTTTTT
SmilChr05G001872 Chr05 NC_080391.1:18899672-18899685promoter 内 164-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18891763-18895848(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTA
SmilChr06G003201 Chr06 NC_080392.1:44866672-44866685promoter 内 154-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44857057-44862838(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAATTTGACTTTTT
SmilChr05G004275 Chr05 NC_080391.1:56559634-56559647promoter 内 129-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56551739-56555775(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTG
SmilChr04G000255 Chr04 NC_080390.1:2326200-2326213promoter 内 119-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2316991-2322331(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr04G004043 Chr04 NC_080390.1:55665729-55665742promoter 内 63-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55655543-55661804(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr05G001815 Chr05 NC_080391.1:18161358-18161371promoter 内 24-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18165335-18165787(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTG
SmilChr05G003001 Chr05 NC_080391.1:37127313-37127326promoter 内 20-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 37131294-37131878(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGTTGACTATTG
SmilChr04G002698 Chr04 NC_080390.1:42475511-42475524promoter 内 11-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42479501-42481258(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAACTC
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075475-6075488promoter 内 2-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAACAAT
SmilChr05G001248 Chr05 NC_080391.1:10620003-10620016promoter 内 3958-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 10620046-10625383(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAATGAG
SmilChr03G003778 Chr03 NC_080389.1:56926804-56926817promoter 内 3584-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 56925858-56926400(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAC
SmilChr01G001157 Chr01 NC_080387.1:23522098-23522111promoter 内 1744-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 23515547-23519854(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTGC
SmilChr04G000625 Chr04 NC_080390.1:7117121-7117134promoter 内 1502-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 7119620-7122369(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTGC
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SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73632289-73632302promoter 内 2906-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 73633384-73638666(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGTTTGACTTTGA
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