转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 98 / 123 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004278 Chr02 NC_080388.1:64975784-64975798promoter 内 3522-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64976263-64976652(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTGGTTGACTCGTTC
SmilChr01G005245 Chr01 NC_080387.1:69966631-69966645promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69967136-69969848(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTTATA
SmilChr01G005692 Chr01 NC_080387.1:73198966-73198980promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73197240-73198475(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATATTGACTTTTAA
SmilChr01G003668 Chr01 NC_080387.1:55090515-55090529promoter 内 3473-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55091043-55092374(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTACA
SmilChr01G002054 Chr01 NC_080387.1:36331141-36331155promoter 内 3451-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36328002-36330605(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCAAAGTCAAATTA
SmilChr01G003739 Chr01 NC_080387.1:55714095-55714109promoter 内 3384-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55714712-55714784(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACTTTGACTTGAAT
SmilChr02G004622 Chr02 NC_080388.1:68736698-68736712promoter 内 3290-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68737409-68737482(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCGTTGACTAAAAG
SmilChr01G000396 Chr01 NC_080387.1:8137938-8137952promoter 内 3278-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8138661-8141454(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGGAAGTCAAAACA
SmilChr02G002758 Chr02 NC_080388.1:47625728-47625742promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47626563-47627193(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGCTTGACTTACAG
SmilChr01G002078 Chr01 NC_080387.1:36739610-36739624promoter 内 3136-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36740475-36742331(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACAAGTCAATAAA
SmilChr02G003782 Chr02 NC_080388.1:59493925-59493939promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 59490863-59492993(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACAAGTCAATAAA
SmilChr01G000307 Chr01 NC_080387.1:6000740-6000754promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5996885-5999755(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCGTTGACCACCGG
SmilChr02G000204 Chr02 NC_080388.1:2636110-2636124promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2632721-2635088(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATCTTGACTTATTT
SmilChr01G004574 Chr01 NC_080387.1:63792306-63792320promoter 内 2917-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 63789701-63791236(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATATTTGACTTGTTT
SmilChr01G002457 Chr01 NC_080387.1:42184505-42184519promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42185594-42186616(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCAAGTCAAATGT
SmilChr01G000235 Chr01 NC_080387.1:4402266-4402280promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4403386-4405265(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCACAAGTCAAATAA
SmilChr01G000321 Chr01 NC_080387.1:6296966-6296980promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6298110-6298676(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTCCGC
SmilChr01G004903 Chr01 NC_080387.1:67095554-67095568promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67092391-67094412(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACCAACAC
SmilChr01G005774 Chr01 NC_080387.1:73814125-73814139promoter 内 2785-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73815341-73819678(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCATAAGTCAAAATA
SmilChr01G001840 Chr01 NC_080387.1:33340472-33340486promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33337817-33339255(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCTATGACTTTTTC
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64353125-64353139promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAATTCG
SmilChr01G001081 Chr01 NC_080387.1:22234016-22234030promoter 内 2739-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 22235278-22236773(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTATTGACTTGTAC
SmilChr01G004632 Chr01 NC_080387.1:64353125-64353139promoter 内 2724-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64354402-64355717(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGAATTGACTTTTTT
SmilChr01G000397 Chr01 NC_080387.1:8156740-8156754promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8154334-8155411(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTCCGC
SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15896772-15896786promoter 内 2655-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15893831-15895440(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGGTTGACTGCTCA
SmilChr02G000561 Chr02 NC_080388.1:7897872-7897886promoter 内 2611-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7893948-7896496(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTCCGC
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24915652-24915666promoter 内 2602-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACATTGACTTGCAA
SmilChr02G003891 Chr02 NC_080388.1:60997809-60997823promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60999286-61002831(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATACAAGTCAATAGA
SmilChr02G004570 Chr02 NC_080388.1:68211603-68211617promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68207567-68210095(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTCAAGTCAACATA
SmilChr02G003123 Chr02 NC_080388.1:52230919-52230933promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52232452-52238966(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATAAAGTCAATACG
SmilChr01G001208 Chr01 NC_080387.1:24298898-24298912promoter 内 2426-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24300473-24301747(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCTTTTGACTTAGTT
SmilChr02G004571 Chr02 NC_080388.1:68211603-68211617promoter 内 2424-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68213180-68218239(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATGTTGACTTGAGA
SmilChr01G001644 Chr01 NC_080387.1:30472017-30472031promoter 内 2422-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30468589-30470452(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAATAAGTCAAGATA
SmilChr01G002716 Chr01 NC_080387.1:45431238-45431252promoter 内 2360-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45428824-45429611(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTATTT
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20950619-20950633promoter 内 2323-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATGTAGTCAACGGA
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