转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 1 / 151 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55083238-55083250promoter 内 2066-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 55085173-55089489(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr04G001472 Chr04 NC_080390.1:24155948-24155960promoter 内 3266-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 24156683-24167333(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCTTC
SmilChr03G001938 Chr03 NC_080389.1:27516531-27516543promoter 内 2664-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 27517868-27523585(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr02G004736 Chr02 NC_080388.1:69587974-69587986promoter 内 1650-1662 bp + 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 69581968-69585635(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAGGTAGGTGAG
SmilChr02G002135 Chr02 NC_080388.1:38468042-38468054promoter 内 981-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 38464018-38465034(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr05G000106 Chr05 NC_080391.1:686908-686920promoter 内 553-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 680867-683472(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr02G003610 Chr02 NC_080388.1:57358207-57358219promoter 内 2155-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57353334-57356373(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTTC
SmilChr03G001361 Chr03 NC_080389.1:15977079-15977091promoter 内 996-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15973052-15974086(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTTC
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60531309-60531321promoter 内 850-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAGGTAGGTGAG
SmilChr03G003098 Chr03 NC_080389.1:48036484-48036496promoter 内 761-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48039724-48041670(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:587306-587318promoter 内 426-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 582624-583743(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G001508 Chr01 NC_080387.1:28906989-28907001promoter 内 38-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28910952-28915196(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTTC
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2262767-2262779promoter 内 5-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2266763-2270938(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTTC
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63347585-63347597promoter 内 2450-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 4 63342734-63346046(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACC
SmilChr01G002080 Chr01 NC_080387.1:36750210-36750222promoter 内 40-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 4 36743335-36746261(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCACC
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69179317-69179329promoter 内 3685-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 69170025-69179013(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGAG
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76010307-76010319promoter 内 1523-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 76012785-76016993(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACC
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28821809-28821821promoter 内 3889-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGAG
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45754962-45754974promoter 内 3658-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGAG
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834601promoter 内 3581-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACC
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63871527-63871539promoter 内 3101-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACC
SmilChr01G000987 Chr01 NC_080387.1:20872490-20872502promoter 内 2161-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 20874330-20876202(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCATC
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22847771-22847783promoter 内 1427-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 22850345-22851537(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATGGTAGGTGAG
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834601promoter 内 1115-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACC
SmilChr01G000985 Chr01 NC_080387.1:20872490-20872502promoter 内 1007-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 20868374-20869508(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATGGTAGGTGAG
SmilChr04G001719 Chr04 NC_080390.1:28446049-28446061promoter 内 3966-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 28446084-28449000(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCTC
SmilChr04G002390 Chr04 NC_080390.1:38415982-38415994promoter 内 3936-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 38414320-38415929(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCATT
SmilChr03G001647 Chr03 NC_080389.1:21401181-21401193promoter 内 2636-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 21402546-21406376(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCTC
SmilChr05G000079 Chr05 NC_080391.1:407032-407044promoter 内 1959-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 403881-405002(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCATT
SmilChr04G001720 Chr04 NC_080390.1:28455465-28455477promoter 内 3968-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28455498-28458394(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCTC
SmilChr05G000329 Chr05 NC_080391.1:2459697-2459709promoter 内 2544-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 2447409-2458252(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr01G000923 Chr01 NC_080387.1:19570689-19570701promoter 内 2499-2511 bp - 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 19564842-19569199(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCC
SmilChr03G002617 Chr03 NC_080389.1:41571707-41571719promoter 内 2438-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 41573270-41573341(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr04G004185 Chr04 NC_080390.1:56409255-56409267promoter 内 2178-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 56404228-56407444(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCTCT
SmilChr01G004662 Chr01 NC_080387.1:64726148-64726160promoter 内 1958-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 64721669-64724117(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43045615-43045627promoter 内 1173-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 43048443-43049618(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTGAG
SmilChr04G002882 Chr04 NC_080390.1:45034381-45034393promoter 内 788-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45037594-45039789(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr05G000792 Chr05 NC_080391.1:6212614-6212626promoter 内 502-514 bp + 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 6216113-6218034(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTCT
SmilChr03G003948 Chr03 NC_080389.1:58534120-58534132promoter 内 3981-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 58531954-58534112(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCC
SmilChr03G000097 Chr03 NC_080389.1:1083686-1083698promoter 内 3848-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 1082174-1083545(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCC
SmilChr01G002758 Chr01 NC_080387.1:45922882-45922894promoter 内 3815-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 45921453-45922708(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCTCT
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74852031-74852043promoter 内 3540-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGGTAGGTGGG
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SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12458866-12458878promoter 内 3021-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 12459846-12461298(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTGAG
SmilChr03G002561 Chr03 NC_080389.1:40794967-40794979promoter 内 2862-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 40796106-40802176(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr04G002227 Chr04 NC_080390.1:35987418-35987430promoter 内 2691-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 35988728-35991869(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCC
SmilChr03G003278 Chr03 NC_080389.1:50778233-50778245promoter 内 2674-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 50776229-50776918(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTCT
SmilChr01G002081 Chr01 NC_080387.1:36754450-36754462promoter 内 2082-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 36756369-36761002(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCATT
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7816849-7816861promoter 内 2031-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 7818819-7822732(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGGG
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25062272-25062284promoter 内 1982-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCC