转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 10 / 134 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002786 Chr01 NC_080387.1:46334330-46334344promoter 内 2025-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 46331419-46332368(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTACTTTT
SmilChr01G003082 Chr01 NC_080387.1:49654095-49654109promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49656255-49665186(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATAATGATGAA
SmilChr02G003123 Chr02 NC_080388.1:52228531-52228545promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52232452-52238966(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACCATC
SmilChr02G003063 Chr02 NC_080388.1:51473299-51473313promoter 内 49-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 51462837-51469361(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACCATC
SmilChr02G004090 Chr02 NC_080388.1:63181571-63181585promoter 内 6-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 63172916-63177590(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATGATGATTAC
SmilChr01G002086 Chr01 NC_080387.1:36847277-36847291promoter 内 3697-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36845998-36846987(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTAATT
SmilChr03G002496 Chr03 NC_080389.1:39758715-39758729promoter 内 3493-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39757655-39758221(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATGATTAA
SmilChr01G002560 Chr01 NC_080387.1:43739779-43739793promoter 内 3480-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43740300-43741517(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGGCAATGATTGC
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71124229-71124243promoter 内 3080-3094 bp - 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 71121235-71123322(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATGAA
SmilChr01G005285 Chr01 NC_080387.1:70214864-70214878promoter 内 2966-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70215899-70216693(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTAATGATTAA
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70119449-70119463promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTAATGATTAA
SmilChr02G000217 Chr02 NC_080388.1:2833796-2833810promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 2827451-2832527(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATGATTAA
SmilChr01G005787 Chr01 NC_080387.1:73951646-73951660promoter 内 2619-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 73953028-73956878(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAGGATT
SmilChr01G002945 Chr01 NC_080387.1:48286465-48286479promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 48288240-48296978(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACCACA
SmilChr01G002852 Chr01 NC_080387.1:47109862-47109876promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 47111854-47114130(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGACATAATGATTAC
SmilChr01G005381 Chr01 NC_080387.1:71040485-71040499promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 71042821-71045287(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATGAA
SmilChr01G002561 Chr01 NC_080387.1:43739779-43739793promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43742300-43747956(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGGCAATGATTGC
SmilChr02G004091 Chr02 NC_080388.1:63181571-63181585promoter 内 1386-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63178134-63178970(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATGATGATTAC
SmilChr02G001735 Chr02 NC_080388.1:31892796-31892810promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 31887148-31890166(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTAATGATTAA
SmilChr01G001848 Chr01 NC_080387.1:33417313-33417327promoter 内 1007-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 33420307-33422898(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTATGATA
SmilChr01G004966 Chr01 NC_080387.1:67766129-67766143promoter 内 705-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 67769425-67778147(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTATAGTT
SmilChr02G004410 Chr02 NC_080388.1:66430511-66430525promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 6 66420343-66428750(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGATAATGATGAT
SmilChr01G005337 Chr01 NC_080387.1:70602398-70602412promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 70602943-70604862(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTACAAAT
SmilChr01G000696 Chr01 NC_080387.1:15593971-15593985promoter 内 2760-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 15595212-15597503(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTATAATGATTAT
SmilChr02G003163 Chr02 NC_080388.1:52670552-52670566promoter 内 2574-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 52666333-52669139(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATGATC
SmilChr01G005461 Chr01 NC_080387.1:71625146-71625160promoter 内 2352-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 71618637-71623511(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCACC
SmilChr01G005250 Chr01 NC_080387.1:70024228-70024242promoter 内 1769-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 70026460-70028817(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGATAATGATGAT
SmilChr03G001039 Chr03 NC_080389.1:12112101-12112115promoter 内 2465-2479 bp - 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 12113637-12118189(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACATTA
SmilChr03G002665 Chr03 NC_080389.1:42350636-42350650promoter 内 2398-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 42352239-42358802(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGATAATGATGAT
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58586371-58586385promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 58578309-58584765(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACTGTAATGATTAT
SmilChr03G000445 Chr03 NC_080389.1:4785143-4785157promoter 内 1654-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 4778237-4782810(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACATTA
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34815623-34815637promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 34813516-34815484(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACATGC
SmilChr01G004994 Chr01 NC_080387.1:67982644-67982658promoter 内 3814-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 67978779-67982471(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGCTAATGATGAT
SmilChr03G003313 Chr03 NC_080389.1:51371427-51371441promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 51370311-51371096(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCACC
SmilChr01G004086 Chr01 NC_080387.1:59269165-59269179promoter 内 3442-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 59269724-59273514(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCACC
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