转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 101 / 135 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50478845-50478859promoter 内 2071-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 50470002-50476929(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTACCCTTATCATT
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24616533-24616547promoter 内 1964-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 24613175-24614510(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70095890-70095904promoter 内 1788-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 70098103-70106949(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATTAGGTTAAA
SmilChr03G000216 Chr03 NC_080389.1:2511561-2511575promoter 内 1729-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 2513833-2516724(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCTCCCTTATCCCT
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73209063-73209077promoter 内 1642-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 73203421-73206718(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCATCTCTTATCCCC
SmilChr02G003902 Chr02 NC_080388.1:61108583-61108597promoter 内 1589-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 61110995-61114315(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGAGTG
SmilChr03G000589 Chr03 NC_080389.1:6538816-6538830promoter 内 1346-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 6541471-6543443(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATATGTTATCCTT
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73209063-73209077promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 73211862-73215804(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAGATGG
SmilChr01G005376 Chr01 NC_080387.1:70988240-70988254promoter 内 1157-1171 bp + 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 70980715-70985410(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGATGAT
SmilChr02G002119 Chr02 NC_080388.1:37950759-37950773promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 37953812-37955934(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTATATTATCCTA
SmilChr01G005609 Chr01 NC_080387.1:72645128-72645142promoter 内 929-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 72636647-72642070(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAACTTTATCCTA
SmilChr01G002124 Chr01 NC_080387.1:37243207-37243221promoter 内 660-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 37236574-37239880(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCCTTCTTATCCCT
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28817724-28817738promoter 内 547-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 28821178-28822257(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTATAT
SmilChr02G005118 Chr02 NC_080388.1:72683350-72683364promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 72677708-72679716(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAAAAA
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1366065-1366079promoter 内 132-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 1360438-1362210(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGTGCCTTATCTCC
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5568932-5568946promoter 内 132-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 5572801-5575096(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGTGCCTTATCTCC
SmilChr02G003687 Chr02 NC_080388.1:58269949-58269963promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 58273939-58274025(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGAAGCTTATCCCA
SmilChr02G004411 Chr02 NC_080388.1:66439921-66439935promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66439974-66447126(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGATAAAA
SmilChr01G002433 Chr01 NC_080387.1:41894285-41894299promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41894340-41895302(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTCCTTATCAGA
SmilChr01G001533 Chr01 NC_080387.1:29348695-29348709promoter 内 3874-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29345473-29348582(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr02G001901 Chr02 NC_080388.1:34309466-34309480promoter 内 3753-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34308094-34309232(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGCCCTTATCCAA
SmilChr02G003202 Chr02 NC_080388.1:53172978-53172992promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53172149-53172727(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr03G001114 Chr03 NC_080389.1:12851173-12851187promoter 内 3694-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12851480-12855465(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAGCCTTATCAAT
SmilChr01G005339 Chr01 NC_080387.1:70623574-70623588promoter 内 3666-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70623909-70625403(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr02G003898 Chr02 NC_080388.1:61061092-61061106promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61061530-61063572(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATACGC
SmilChr02G004343 Chr02 NC_080388.1:65693030-65693044promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65693477-65704341(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr01G003313 Chr01 NC_080387.1:51846667-51846681promoter 内 3540-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51847128-51853630(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAACCATTATCCTC
SmilChr02G002060 Chr02 NC_080388.1:37085522-37085536promoter 内 3537-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37085986-37092133(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCAACTTATCCAC
SmilChr02G005105 Chr02 NC_080388.1:72580586-72580600promoter 内 3526-3540 bp + 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72581061-72585279(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTCAGCTTATCCCA
SmilChr03G000394 Chr03 NC_080389.1:4314428-4314442promoter 内 3463-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4314966-4315644(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr01G000276 Chr01 NC_080387.1:5466391-5466405promoter 内 3452-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5466940-5467395(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAAATG
SmilChr02G003402 Chr02 NC_080388.1:55164991-55165005promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55165572-55168835(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAAATG
SmilChr02G001365 Chr02 NC_080388.1:25722612-25722626promoter 内 3413-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25723200-25723790(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCCATGTTATCCTT
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56830817-56830831promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56831412-56833232(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATTAGGTTAAC
SmilChr03G000536 Chr03 NC_080389.1:5779456-5779470promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5780085-5827863(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGTGCCTTATCTCC
SmilChr02G004837 Chr02 NC_080388.1:70492431-70492445promoter 内 3343-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70490461-70491787(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTATATTATCCTA
SmilChr03G000924 Chr03 NC_080389.1:10575675-10575689promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10576380-10579464(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr03G000064 Chr03 NC_080389.1:727725-727739promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 725468-727022(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGCATCTTATCCTG
SmilChr02G003138 Chr02 NC_080388.1:52384359-52384373promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52385078-52385840(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGACCATC
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:627322-627336promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGCATCTTATCCTG
SmilChr03G000838 Chr03 NC_080389.1:9586280-9586294promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9587006-9587775(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60478897-60478911promoter 内 3273-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60477960-60478183(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGATCCTTATCGAC
SmilChr02G004416 Chr02 NC_080388.1:66505679-66505693promoter 内 3246-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66500323-66504938(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGACTCTTATCCAA
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51456935-51456949promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAGCCTTATCAAT
SmilChr02G001656 Chr02 NC_080388.1:30729708-30729722promoter 内 3202-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30728396-30728923(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATCATT
SmilChr01G004810 Chr01 NC_080387.1:66306079-66306093promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66306903-66311350(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAGCCTTATCAAT
SmilChr02G003465 Chr02 NC_080388.1:55939462-55939476promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55940312-55951864(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCATGGC
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SmilChr03G001187 Chr03 NC_080389.1:13678668-13678682promoter 内 3062-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13655651-13677743(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr02G002744 Chr02 NC_080388.1:47423818-47423832promoter 内 3048-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47424771-47425681(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACTCCCTTATCTTT