转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 104 / 132 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001703 Chr03 NC_080389.1:22627763-22627773promoter 内 2657-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 22629107-22629454(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTGGTCAACG
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11680496-11680506promoter 内 2126-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 11677945-11678631(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTGGTCAACG
SmilChr01G006037 Chr01 NC_080387.1:75872987-75872997promoter 内 1903-1913 bp - 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 75875085-75878965(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATTGACTTGT
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69517723-69517733promoter 内 1897-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 69512346-69515629(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATTGACTTGT
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34398069-34398079promoter 内 1507-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 34400563-34402953(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAGAGTCAACA
SmilChr02G001180 Chr02 NC_080388.1:21675975-21675985promoter 内 715-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 21671662-21672699(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTAGTCAACC
SmilChr02G002328 Chr02 NC_080388.1:40963594-40963604promoter 内 334-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 40967261-40967923(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr02G000541 Chr02 NC_080388.1:7452892-7452902promoter 内 3922-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7452971-7461152(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7289940-7289950promoter 内 3910-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr01G004436 Chr01 NC_080387.1:62453345-62453355promoter 内 3866-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62453480-62462374(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATTGACTTTG
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58877555-58877565promoter 内 3786-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr01G000430 Chr01 NC_080387.1:8591688-8591698promoter 内 3762-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8591927-8592436(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTAAG
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2919694-2919704promoter 内 3735-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2917171-2919438(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr03G000154 Chr03 NC_080389.1:1679190-1679200promoter 内 3728-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1679463-1682183(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr01G003293 Chr01 NC_080387.1:51622493-51622503promoter 内 3543-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51622951-51629226(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAATG
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47728111-47728121promoter 内 3537-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47728575-47730018(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTCTA
SmilChr02G002916 Chr02 NC_080388.1:49465154-49465164promoter 内 3531-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49465624-49468255(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGAAGTCAAAC
SmilChr01G001511 Chr01 NC_080387.1:28941013-28941023promoter 内 3511-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28941503-28945444(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr02G002427 Chr02 NC_080388.1:42249690-42249700promoter 内 3473-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42250218-42250874(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTAGTCAACC
SmilChr01G001510 Chr01 NC_080387.1:28933337-28933347promoter 内 3016-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28934322-28936840(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr03G001143 Chr03 NC_080389.1:13183952-13183962promoter 内 2977-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13184976-13186188(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTAGTCAACC
SmilChr01G005237 Chr01 NC_080387.1:69937065-69937075promoter 内 2819-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69935416-69935893(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATTGACTTTG
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58822264-58822274promoter 内 2643-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58823622-58827516(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTAAG
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44959591-44959601promoter 内 2598-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr02G002633 Chr02 NC_080388.1:45703734-45703744promoter 内 2559-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45702231-45702302(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr02G000698 Chr02 NC_080388.1:11120663-11120673promoter 内 2516-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11114974-11119188(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACCAAG
SmilChr02G000470 Chr02 NC_080388.1:6350377-6350387promoter 内 2463-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6351915-6354749(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTAAG
SmilChr03G001260 Chr03 NC_080389.1:14544124-14544134promoter 内 2141-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14541501-14542274(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATTGACTTTG
SmilChr01G003204 Chr01 NC_080387.1:50805371-50805381promoter 内 2120-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50807252-50810251(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGAAGTCAAAC
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3624964-3624974promoter 内 2097-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3616537-3623070(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTAAG
SmilChr01G003400 Chr01 NC_080387.1:52703719-52703729promoter 内 2065-2075 bp - 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52700959-52701793(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr01G000072 Chr01 NC_080387.1:1233938-1233948promoter 内 2057-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1235882-1236703(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTAGTCAACC
SmilChr02G004734 Chr02 NC_080388.1:69571285-69571295promoter 内 1970-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69573316-69575562(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATTGACTTTG
SmilChr02G004352 Chr02 NC_080388.1:65784183-65784193promoter 内 1873-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 65776748-65782065(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAATC
SmilChr02G000488 Chr02 NC_080388.1:6686072-6686082promoter 内 1849-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6680556-6683930(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAGAGTCAACA
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