转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 104 / 162 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G002225 Chr04 NC_080390.1:35976294-35976312promoter 内 3811-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35976484-35978262(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGAATAGGTCAGTCAACC
SmilChr07G003059 Chr07 NC_080393.1:31977561-31977579promoter 内 3800-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31977762-31979188(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTCTTCCAGAA
SmilChr05G002976 Chr05 NC_080391.1:36281912-36281930promoter 内 3798-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36282115-36285098(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GATTTTTTAGGGGTCAACG
SmilChr06G002791 Chr06 NC_080392.1:40603641-40603659promoter 内 3729-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40601189-40603387(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGTTTTGATT
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43371198-43371216promoter 内 3724-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGCTAGTATCAGTCAACT
SmilChr02G003394 Chr02 NC_080388.1:55052829-55052847promoter 内 3714-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55047713-55052560(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGGATAAAATAGTCAACT
SmilChr06G002110 Chr06 NC_080392.1:28187954-28187972promoter 内 3675-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28187172-28187646(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTTTAGTTTAAGTCAACC
SmilChr01G000751 Chr01 NC_080387.1:16598669-16598687promoter 内 3673-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16598997-16602119(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCGGCCCGTCGGTCAACG
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75088809-75088827promoter 内 3613-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75089197-75093357(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCGGCCCGTCGGTCAACG
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082851-49082869promoter 内 3607-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGTTATTTCTTC
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72491188-72491206promoter 内 3574-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTATTTTTATTAA
SmilChr01G004026 Chr01 NC_080387.1:58670507-58670525promoter 内 3515-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58667914-58670039(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTGCAACGCAAAGTCAACC
SmilChr03G002051 Chr03 NC_080389.1:31061113-31061131promoter 内 3515-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31060250-31060645(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGGTGGTGGCGG
SmilChr03G001621 Chr03 NC_080389.1:20779008-20779026promoter 内 3485-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20776699-20778510(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AATACAGAGAAAGTCAAAG
SmilChr01G005444 Chr01 NC_080387.1:71536884-71536902promoter 内 3451-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71530944-71536352(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGAACCATATAA
SmilChr08G000406 Chr08 NC_080394.1:2847297-2847315promoter 内 3421-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2845636-2846735(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAATTAGATCAAGTCAACT
SmilChr01G001400 Chr01 NC_080387.1:27499817-27499835promoter 内 3407-3425 bp - 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27497994-27499241(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTCAGTCTAGAC
SmilChr03G001635 Chr03 NC_080389.1:21044296-21044314promoter 内 3394-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21042730-21043707(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTGTGAAAATAGTCAACT
SmilChr03G001415 Chr03 NC_080389.1:16798978-16798996promoter 内 3392-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16797549-16798387(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGAATTCTAAT
SmilChr04G000848 Chr04 NC_080390.1:10738721-10738739promoter 内 3380-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10739342-10742141(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTCAGTATCAGTCAACA
SmilChr01G004536 Chr01 NC_080387.1:63519809-63519827promoter 内 3342-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63520468-63524011(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAGGTTAATCAA
SmilChr08G000389 Chr08 NC_080394.1:2730648-2730666promoter 内 3282-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2725545-2729947(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTAGTAAAACAT
SmilChr04G002119 Chr04 NC_080390.1:34182169-34182187promoter 内 3267-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34177739-34181453(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AATTAGGCATAAGTCAACT
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23830239-23830257promoter 内 3258-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23827198-23829514(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTTTAGTCGCAGTCAACT
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52160842-52160860promoter 内 3239-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52157094-52160098(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGACTCGGCCGAGTCAACT
SmilChr07G000656 Chr07 NC_080393.1:4424926-4424944promoter 内 3237-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4425690-4425773(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTAATTGATCA
SmilChr01G000503 Chr01 NC_080387.1:10205124-10205142promoter 内 3235-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10205890-10206875(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCAGTCCGCTGAGTCAACG
SmilChr02G005517 Chr02 NC_080388.1:75286114-75286132promoter 内 3200-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75286915-75287274(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCAAAATACGAGTCAACC
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70980931-70980949promoter 内 3184-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70973790-70980132(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCTGGGGATTAGTCAACC
SmilChr03G004361 Chr03 NC_080389.1:61843349-61843367promoter 内 3180-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61844170-61845864(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTGCACTTGCCA
SmilChr03G000830 Chr03 NC_080389.1:9527345-9527363promoter 内 3124-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9523345-9526486(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGTTGTGATATT
SmilChr01G005253 Chr01 NC_080387.1:70037569-70037587promoter 内 3101-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70038469-70041225(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGATGTCATGGT
SmilChr02G003624 Chr02 NC_080388.1:57556263-57556281promoter 内 2959-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57557305-57575394(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCAAGGACAACAGTCAACC
SmilChr05G001668 Chr05 NC_080391.1:15835432-15835450promoter 内 2945-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15836488-15840714(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTGAATTCAAAGTCAACT
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