转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 105 / 138 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001821 Chr04 NC_080390.1:29728678-29728692promoter 内 3639-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29726378-29728330(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr07G003475 Chr07 NC_080393.1:38971256-38971270promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38971633-38982211(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCTGAACCGTTG
SmilChr08G003791 Chr08 NC_080394.1:43754455-43754469promoter 内 3623-3637 bp - 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43752043-43754091(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCTGAACCGTTG
SmilChr08G004531 Chr08 NC_080394.1:54875603-54875617promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54875982-54878235(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCTGAACCGTTG
SmilChr04G001042 Chr04 NC_080390.1:14841078-14841092promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14841519-14842618(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr04G001822 Chr04 NC_080390.1:29728678-29728692promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29727649-29728251(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr05G003298 Chr05 NC_080391.1:43181630-43181644promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43182071-43183802(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr06G001068 Chr06 NC_080392.1:10576278-10576292promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10576719-10578493(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr06G001140 Chr06 NC_080392.1:11446313-11446327promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11446754-11448502(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr06G002157 Chr06 NC_080392.1:29399454-29399468promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29397279-29399027(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr07G003178 Chr07 NC_080393.1:33846936-33846950promoter 内 3548-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33847389-33849607(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr02G004917 Chr02 NC_080388.1:71188342-71188356promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71186152-71187900(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr04G002158 Chr04 NC_080390.1:34643480-34643494promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34641264-34643038(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr05G004269 Chr05 NC_080391.1:56473719-56473733promoter 内 3535-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56468369-56473267(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACATCAAACCGTTG
SmilChr07G001962 Chr07 NC_080393.1:17141842-17141856promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17140114-17141300(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTGGGT
SmilChr05G004270 Chr05 NC_080391.1:56473719-56473733promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56474280-56476087(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGATGTA
SmilChr07G001829 Chr07 NC_080393.1:15784040-15784054promoter 内 3403-3417 bp - 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15774711-15783456(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACCCAGCGACCGTTG
SmilChr01G005052 Chr01 NC_080387.1:68469287-68469301promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68469935-68470707(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGTATAAACCGTTG
SmilChr06G002606 Chr06 NC_080392.1:37492776-37492790promoter 内 3213-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37457053-37492002(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGACGTAA
SmilChr06G001697 Chr06 NC_080392.1:19457537-19457551promoter 内 3207-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19454511-19456757(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTTGCCAACCGTTG
SmilChr01G001855 Chr01 NC_080387.1:33499860-33499874promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33497684-33499007(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr03G002743 Chr03 NC_080389.1:43590213-43590227promoter 内 3134-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43591080-43592390(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr04G003087 Chr04 NC_080390.1:47473437-47473451promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47471279-47472584(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr08G001513 Chr08 NC_080394.1:12288113-12288127promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12288995-12290488(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:221648-221662promoter 内 3118-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 222531-225167(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGAGAAGACCGTTG
SmilChr08G001768 Chr08 NC_080394.1:14886991-14887005promoter 内 3018-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14887974-14892684(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTGGGT
SmilChr05G004048 Chr05 NC_080391.1:54450727-54450741promoter 内 2990-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54447100-54449730(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCACGAGACCGTTG
SmilChr08G001079 Chr08 NC_080394.1:8308428-8308442promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8306469-8307427(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1863796-1863810promoter 内 2898-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1864899-1867457(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGCAGCAACCGTTG
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30835330-30835344promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGTTTATACCGTTG
SmilChr05G003163 Chr05 NC_080391.1:40410555-40410569promoter 内 2828-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 40411728-40417980(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAAGGAAGACCGTTG
SmilChr04G000973 Chr04 NC_080390.1:13049361-13049375promoter 内 2674-2688 bp - 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13046546-13048048(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr08G003813 Chr08 NC_080394.1:44295908-44295922promoter 内 2655-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44297254-44299352(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGTTAAAACCGTTG
SmilChr04G001378 Chr04 NC_080390.1:22370838-22370852promoter 内 2633-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22372206-22374247(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGAATAGC
SmilChr01G005188 Chr01 NC_080387.1:69587825-69587839promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69589202-69590147(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr05G001930 Chr05 NC_080391.1:19640183-19640197promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19635051-19638809(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATCCCCAACCGTTG
SmilChr01G001302 Chr01 NC_080387.1:25934991-25935005promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25929596-25933565(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr07G001920 Chr07 NC_080393.1:16616636-16616650promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16610623-16615066(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACCCAGCGACCGTTG
SmilChr06G000342 Chr06 NC_080392.1:2563714-2563728promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2565349-2567265(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTAGACCGTTA
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25139554-25139568promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25141207-25144288(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAGAGGACCGTTA
SmilChr07G002102 Chr07 NC_080393.1:19124351-19124365promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19122067-19122675(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr06G000184 Chr06 NC_080392.1:1276191-1276205promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1272280-1274241(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTACTATACCGTTG
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SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22370838-22370852promoter 内 1799-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22367109-22368650(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTATTCGACCGTTT
SmilChr02G003332 Chr02 NC_080388.1:54561648-54561662promoter 内 1796-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54563853-54572590(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACAAGATA
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36096513-36096527promoter 内 1759-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36091412-36094285(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCCCATC
SmilChr04G000553 Chr04 NC_080390.1:6178255-6178269promoter 内 1706-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6173659-6175974(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCTTGAT
SmilChr01G005148 Chr01 NC_080387.1:69261415-69261429promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69257401-69259110(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGTTAGT