转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 106 / 141 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000073 Chr04 NC_080390.1:679524-679538promoter 内 82-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 683443-684725(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATAACCGACACTC
SmilChr07G004592 Chr07 NC_080393.1:58725399-58725413promoter 内 79-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58719919-58721491(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr08G002247 Chr08 NC_080394.1:20689804-20689818promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20684800-20685889(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTAGTCGGTGGACC
SmilChr06G002173 Chr06 NC_080392.1:29938390-29938404promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29942329-29943651(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCTACCGACAATT
SmilChr01G001218 Chr01 NC_080387.1:24446361-24446375promoter 内 8-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24450354-24518435(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTAAGTCGGTGGCAG
SmilChr08G003308 Chr08 NC_080394.1:34268584-34268598promoter 内 3758-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 34268827-34273915(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTCACCGACGGAT
SmilChr02G001600 Chr02 NC_080388.1:29839051-29839065promoter 内 3749-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 29839303-29853545(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGCGTCGGTGAGAT
SmilChr04G000876 Chr04 NC_080390.1:11116437-11116451promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 11117400-11120160(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATCGTCGGTGAGAA
SmilChr02G001972 Chr02 NC_080388.1:35693704-35693718promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 35694818-35697027(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAATCACCGACGAAA
SmilChr07G004189 Chr07 NC_080393.1:53906056-53906070promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 53907362-53913051(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGGCGGTGGAGT
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21860526-21860540promoter 内 1881-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 21862646-21872150(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTCACCGACGAGC
SmilChr07G001407 Chr07 NC_080393.1:10941419-10941433promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 10944156-10949833(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGACGGTGGATA
SmilChr03G002151 Chr03 NC_080389.1:33460837-33460851promoter 内 1100-1114 bp + 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 33449488-33457950(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTCACCGACGCGC
SmilChr08G002554 Chr08 NC_080394.1:24835537-24835551promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24832088-24835534(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACCCTC
SmilChr08G002539 Chr08 NC_080394.1:24669960-24669974promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24666571-24669921(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACCCTC
SmilChr02G002301 Chr02 NC_080388.1:40605281-40605295promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40603598-40605206(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGTCGCCT
SmilChr04G000079 Chr04 NC_080390.1:718673-718687promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 718781-719961(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGAGTCGGTGTAGG
SmilChr04G002713 Chr04 NC_080390.1:42743175-42743189promoter 内 3860-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42743316-42745112(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCGTCGGTGCTCA
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8382434-8382448promoter 内 3734-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8382701-8383882(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGGTGCCGACAACT
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53228010-53228024promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53228393-53230198(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGACGGTGGATA
SmilChr02G001320 Chr02 NC_080388.1:24544308-24544322promoter 内 3525-3539 bp - 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24544784-24546737(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGTTACCGACAGCG
SmilChr02G003237 Chr02 NC_080388.1:53645889-53645903promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53642064-53645421(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTTACCGACAGTG
SmilChr03G003058 Chr03 NC_080389.1:47475754-47475768promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 47470016-47475285(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGACGGTGGATA
SmilChr05G004393 Chr05 NC_080391.1:57367923-57367937promoter 内 3499-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57368425-57372651(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACAACACCGACGTTG
SmilChr07G001281 Chr07 NC_080393.1:9851678-9851692promoter 内 3472-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9847514-9851163(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACGTCGGTGCCTT
SmilChr07G002317 Chr07 NC_080393.1:21437830-21437844promoter 内 3454-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21435385-21437297(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGTAGGAT
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627033-44627047promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44621596-44626494(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCAGGA
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12240824-12240838promoter 内 3436-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGACGGTGGATA
SmilChr03G001400 Chr03 NC_080389.1:16606049-16606063promoter 内 3353-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16606697-16609108(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGCCGCGT
SmilChr07G003516 Chr07 NC_080393.1:40236117-40236131promoter 内 3344-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40236774-40238485(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTCCACCGCCGTCG
SmilChr08G002769 Chr08 NC_080394.1:27334535-27334549promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27335236-27339332(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATCCACCGTCACCA
SmilChr01G005058 Chr01 NC_080387.1:68496535-68496549promoter 内 3281-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68497255-68498694(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGATACCGACACTG
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39521609-39521623promoter 内 3269-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39522341-39524619(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGTGTCGGTGTTCT
SmilChr02G005317 Chr02 NC_080388.1:74051121-74051135promoter 内 3256-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74047416-74050390(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTAACACCGACAATT
SmilChr01G006070 Chr01 NC_080387.1:76112519-76112533promoter 内 3208-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 76113312-76114864(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGATAA
SmilChr06G001798 Chr06 NC_080392.1:21088214-21088228promoter 内 3109-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21089106-21089585(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATTACCGACACAT
SmilChr08G004510 Chr08 NC_080394.1:54735632-54735646promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54736535-54748296(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGCCGCTA
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SmilChr07G001951 Chr07 NC_080393.1:16985843-16985857promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16983713-16984535(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTTGTCGGTTGCAG